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Yorodumi- PDB-2qru: Crystal structure of an alpha/beta hydrolase superfamily protein ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qru | ||||||
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Title | Crystal structure of an alpha/beta hydrolase superfamily protein from Enterococcus faecalis | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Enterococcus faecalis / alpha/beta-hydrolase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Enterococcus faecalis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Volkart, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Structure of an alpha/beta hydrolase superfamily protein from Enterococcus faecalis. Authors: Cuff, M.E. / Volkart, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2qru.cif.gz | 77.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2qru.ent.gz | 59.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2qru.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/2qru | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | Authors state that the biological unit assembly has not been determined experimentally and that the monomeric prediction is based on crystal packing. |
-Components
#1: Protein | Mass: 31376.150 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus faecalis (bacteria) / Strain: V583 / Gene: EF_0381 / Plasmid: pMCSG7 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q838Q5 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-PO4 / | ||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.01M MgCl2, 10% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97878, 0.97894 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: CUSTOM-MADE / Detector: CCD / Date: Mar 20, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 9.1 / Number: 246257 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.38 / D res high: 1.65 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 36066 / % possible obs: 99 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. all: 36066 / Num. obs: 36066 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.384 / Net I/σ(I): 9.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.71 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 3433 / Χ2: 0.806 / % possible all: 94.5 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.65 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.318 / FOM acentric: 0.325 / FOM centric: 0.172 / Reflection: 35870 / Reflection acentric: 34208 / Reflection centric: 1662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 1.65 Å / Lowest resolution: 50 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 35870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.65→33.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.285 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.094 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.619 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→33.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 12.2237 Å / Origin y: 22.0434 Å / Origin z: 12.9173 Å
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