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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q6a | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Nak channel D66E mutant | ||||||
要素 | Potassium channel proteinカリウムチャネル | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / INVERTED TEEPEE / HELIX BUNDLE (ヘリックスバンドル) / TETRAMER (四量体) / CENTRAL CAVITY / ION BINDING (イオン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (セレウス菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Alam, A. / Shi, N. / Jiang, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Structural insight into Ca2+ specificity in tetrameric cation channels. 著者: Alam, A. / Shi, N. / Jiang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2q6a.cif.gz | 55.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2q6a.ent.gz | 39.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2q6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q6a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: ROTATION MATRIX: 1.00000 -0.00001 -0.00001 -0.00001 -1.00000 -0.00001 -0.00001 0.00001 -1.00000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.00176 85.48581 129.57211 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12843.319 Da / 分子数: 2 / 変異: D66E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (セレウス菌) / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue / 参照: UniProt: Q81HW2 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 200 mM CaCl2, 100 mM Tris-HCl, 37-42% PEG400, 4% t-Butanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9805 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月13日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9805 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 14211 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.147 / Net I/σ(I): 9.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
Phasing MR | Rfactor: 0.431 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.645 / Cor.coef. Io to Ic: 0.664
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2AHZ 解像度: 2.6→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Authors state that some electron density that belongs to lipid molecules is not continuous and was modeled as water molecules for convenience.
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溶媒の処理 | Bsol: 70.323 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.645 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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