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万見
- PDB-2ncs: NMR assignment and structure of a peptide derived from the membra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ncs
タイトルNMR assignment and structure of a peptide derived from the membrane proximal external region of HIV-1 gp41 in the presence of dodecylphosphocholine micelles
要素Envelope glycoprotein gp41
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / neutralizing epitope / peptide vaccine (ペプチドワクチン)
機能・相同性Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜 / Env polyprotein
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Jimenez, M. / Nieva, J.L. / Rujas, E. / Partida-Hanon, A. / Bruix, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis for broad neutralization of HIV-1 through the molecular recognition of 10E8 helical epitope at the membrane interface.
著者: Rujas, E. / Caaveiro, J.M. / Partida-Hanon, A. / Gulzar, N. / Morante, K. / Apellaniz, B. / Garcia-Porras, M. / Bruix, M. / Tsumoto, K. / Scott, J.K. / Jimenez, M.A. / Nieva, J.L.
履歴
登録2016年4月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6251
ポリマ－4,6251
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp41


分子量: 4624.687 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 95-121 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q66X49

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-1H TOCSY
1422D 1H-1H NOESY
1522D 1H-13C HSQC aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM 10E8p, 20 mM [U-2H] DPC, 2 mM HEPES, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM 10E8p, 20 mM [U-2H] DPC, 2 mM HEPES, 0.1 mM DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mM10E8p-11
20 mMDPC-2[U-2H]1
2 mMHEPES-31
0.1 mMDSS-41
0.5 mM10E8p-52
20 mMDPC-6[U-2H]2
2 mMHEPES-72
0.1 mMDSS-82
試料状態イオン強度: 2 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle restraints
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 445 / NOE intraresidue total count: 198 / NOE medium range total count: 134 / NOE sequential total count: 113 / Protein phi angle constraints total count: 26 / Protein psi angle constraints total count: 26
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.002 Å / Distance rms dev error: 0.003 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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