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万見
- PDB-2nan: NMR structure of human DCL-1 (CD302) extracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nan
タイトルNMR structure of human DCL-1 (CD302) extracellular domain
要素CD302 antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / C-type lectin like receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


微絨毛 / 食作用 / filopodium / signaling receptor activity / 細胞皮質 / carbohydrate binding / membrane => GO:0016020 / external side of plasma membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Pospisilova, E. / Kukacka, Z. / Kavan, D. / Novak, P. / Chmelik, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of human DCL-1 (CD302) extracellular domain
著者: Pospisilova, E. / Kukacka, Z. / Kavan, D. / Novak, P. / Chmelik, J.
履歴
登録2016年1月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD302 antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2281
ポリマ－16,2281
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CD302 antigen / C-type lectin BIMLEC / C-type lectin domain family 13 member A / DEC205-associated C-type lectin 1 ...C-type lectin BIMLEC / C-type lectin domain family 13 member A / DEC205-associated C-type lectin 1 / Type I transmembrane C-type lectin receptor DCL-1


分子量: 16227.978 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain residues 23-161 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD302, CLEC13A, DCL1, KIAA0022 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q8IX05

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CO
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1613D HN(CA)CB
1713D CBCA(CO)NH
1812D 1H-13C HSQC aliphatic
1912D 1H-13C HSQC aromatic
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
11213D 1H-13C NOESY aromatic
11313D 1H-15N TOCSY
11413D H(CC)(CO)NH
11513D (H)CC(CO)NH
11612D (HB)CB(CGCD)HD
11713D (H)CCH-TOCSY
11813D (H)CCH-TOCSY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD302, 25 mM PIPES, 50 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCD302-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
25 mMPIPES-21
50 mMsodium chloride-31
1 mMsodium azide-41
90 %H2O-51
10 %D2O-61
試料状態pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddard構造決定
SparkyGoddard精密化
SparkyBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readchemical shift assignment
SparkyBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
SparkyBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddard構造決定
SparkyGoddard精密化
SparkyBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readchemical shift assignment
SparkyBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
SparkyBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 4588 / NOE intraresidue total count: 1504 / NOE long range total count: 1555 / NOE medium range total count: 624 / NOE sequential total count: 905 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 114 / Protein psi angle constraints total count: 114
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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