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- PDB-2jmg: Solution structure of V7R mutant of HIV-1 myristoylated matrix protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jmg
タイトルSolution structure of V7R mutant of HIV-1 myristoylated matrix protein
要素Gag polyproteinGroup-specific antigen
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / V7R mutant of HIV-1 myristoylated matrix protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / DNA polymerase; domain 1 ...Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / DNA polymerase; domain 1 / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ミリスチン酸 / Gag protein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Saad, J.S. / Loeliger, E. / Luncsford, P. / Liriano, M. / Tai, J. / Kim, A. / Miller, J. / Joshi, A. / Freed, E.O. / Summers, M.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Point mutations in the HIV-1 matrix protein turn off the myristyl switch.
著者: Saad, J.S. / Loeliger, E. / Luncsford, P. / Liriano, M. / Tai, J. / Kim, A. / Miller, J. / Joshi, A. / Freed, E.O. / Summers, M.F.
履歴
登録2006年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年8月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_2 / diffrn ...database_2 / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0212
ポリマ－14,7931
非ポリマー2281
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Gag polyprotein / Group-specific antigen


分子量: 14792.679 Da / 分子数: 1 / 断片: MATRIX DOMAIN, RESIDUES 2-132 / 変異: V7R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirusレンチウイルス属 / 遺伝子: gag / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72497, UniProt: Q6E183*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1232D 1H-1H NOESY
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1523D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-100% 13C, U-100% 15N] HIV-1 V7R-myrMA, 50 mM Sodium phosphate, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O, 10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-100% 15N] HIV-1 V7R-myrMA, 50 mM Sodium phosphate, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O, 10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
solution31 mM HIV-1 V7R-myrMA, 50 mM Sodium phosphate, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O, 10% D2Osample_390% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMHIV-1 V7R-myrMA[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMHIV-1 V7R-myrMA[U-100% 15N]2
1 mMHIV-1 V7R-myrMAnatural abundance3
50 mMSodium phosphatenatural abundance1
50 mMSodium phosphatenatural abundance2
50 mMSodium phosphatenatural abundance3
100 mMNaClnatural abundance1
100 mMNaClnatural abundance2
100 mMNaClnatural abundance3
5 mMDTTnatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance2
5 mMDTTnatural abundance3
試料状態pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software名称: CYANA / 開発者: Guntert, Mumenthaler and Wuthrich / 分類: 精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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