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- PDB-2htm: Crystal structure of TTHA0676 from Thermus thermophilus HB8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2htm
タイトルCrystal structure of TTHA0676 from Thermus thermophilus HB8
要素
  • Putative thiamine biosynthesis protein ThiS
  • Thiazole biosynthesis protein thiG
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / thiamin biosynthesis / ThiG / Thermus thermophilus HB8 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


thiazole synthase / sulfurtransferase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / nucleotide binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Thiazole synthase / ThiS, thiamine-biosynthesis / Thiazole synthase ThiG / Thiazole biosynthesis protein ThiG / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Thiazole synthase / ThiS, thiamine-biosynthesis / Thiazole synthase ThiG / Thiazole biosynthesis protein ThiG / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Roll / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiazole synthase / Thiamine biosynthesis protein ThiS / Sulfur carrier protein ThiS
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sugahara, M. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of TTHA0676 from Thermus thermophilus HB8
著者: Sugahara, M. / Kunishima, N.
履歴
登録2006年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiazole biosynthesis protein thiG
B: Thiazole biosynthesis protein thiG
C: Thiazole biosynthesis protein thiG
D: Thiazole biosynthesis protein thiG
E: Putative thiamine biosynthesis protein ThiS
F: Putative thiamine biosynthesis protein ThiS
G: Putative thiamine biosynthesis protein ThiS
H: Putative thiamine biosynthesis protein ThiS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,4608
ポリマ－142,4608
非ポリマー00
水6,467359
1
A: Thiazole biosynthesis protein thiG
B: Thiazole biosynthesis protein thiG
E: Putative thiamine biosynthesis protein ThiS
F: Putative thiamine biosynthesis protein ThiS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2304
ポリマ－71,2304
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area24940 Å2
手法PISA
2
C: Thiazole biosynthesis protein thiG
D: Thiazole biosynthesis protein thiG
G: Putative thiamine biosynthesis protein ThiS
H: Putative thiamine biosynthesis protein ThiS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2304
ポリマ－71,2304
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area25520 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17830 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area46030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.339, 73.511, 100.911
Angle α, β, γ (deg.)68.64, 80.16, 79.09
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a tetramer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Thiazole biosynthesis protein thiG


分子量: 28482.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
組織: HB8 / プラスミド: pET-11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKG7
#2: タンパク質
Putative thiamine biosynthesis protein ThiS


分子量: 7132.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
組織: HB8 / プラスミド: pET-11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKG8, UniProt: Q72KL7*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, HEPES, pH 7.5, microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 53298 / Num. obs: 53298 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 44.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5282 / Rsym value: 0.328 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WV2

1wv2


解像度: 2.3→19.96 Å / Isotropic thermal model: Anisotrop / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2670 -RANDOM
Rwork0.253 ---
all0.253 53295 --
obs0.253 53295 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.25 Å20.44 Å2-4.76 Å2
2---3.09 Å20.33 Å2
3----12.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9033 0 0 359 9392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.027
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 225 -
Rwork0.363 --
obs-4417 84.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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