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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hrc | ||||||
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タイトル | 1.7 angstrom structure of human ferrochelatase variant R115L | ||||||
要素 | Ferrochelatase鉄付加酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Heme synthesis / Ferrochelatase (鉄付加酵素) / Protoporphyrin IX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protoporphyrinogen IX metabolic process / regulation of hemoglobin biosynthetic process / regulation of eIF2 alpha phosphorylation by heme / detection of UV / iron-responsive element binding / response to platinum ion / protoporphyrin ferrochelatase / response to insecticide / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process ...protoporphyrinogen IX metabolic process / regulation of hemoglobin biosynthetic process / regulation of eIF2 alpha phosphorylation by heme / detection of UV / iron-responsive element binding / response to platinum ion / protoporphyrin ferrochelatase / response to insecticide / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / ferrochelatase activity / heme A biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / response to methylmercury / response to arsenic-containing substance / ヘム / heme biosynthetic process / response to light stimulus / cholesterol metabolic process / cellular response to dexamethasone stimulus / 赤血球形成 / generation of precursor metabolites and energy / response to lead ion / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / response to ethanol / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / heme binding / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Medlock, A. / Swartz, L. / Dailey, T.A. / Dailey, H.A. / Lanzilotta, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Substrate interactions with human ferrochelatase 著者: Medlock, A. / Swartz, L. / Dailey, T.A. / Dailey, H.A. / Lanzilotta, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hrc.cif.gz | 181 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hrc.ent.gz | 140.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hrc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/2hrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/2hrc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 41134.348 Da / 分子数: 2 / 変異: R115L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: jm109 / 遺伝子: FECH / プラスミド: pTRCHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22830, protoporphyrin ferrochelatase |
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-非ポリマー , 6種, 617分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CHD / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M calcium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 30% v/v PEG MME 550, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月18日 |
放射 | モノクロメーター: 0.98 angstroms / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 100689 / Num. obs: 100275 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 29.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Rsym value: 0.147 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HRK 解像度: 1.7→41.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1948100.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.5561 Å2 / ksol: 0.369932 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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