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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hpe | ||||||
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タイトル | COMPARISON OF THE STRUCTURES OF HIV-2 PROTEASE COMPLEXES IN THREE CRYSTAL SPACE GROUPS WITH AN HIV-1 PROTEASE COMPLEX STRUCTURE | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE(ACID PROTEASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency ...HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Mulichak, A.M. / Watenpaugh, K.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Comparison of the Structures of HIV-2 Protease Complexes in Three Crystal Space Groups with an HIV-1 Protease Complex Structure 著者: Mulichak, A.M. / Watenpaugh, K.D. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: The Crystallographic Structure of the Protease from Human Immunodeficiency Virus Type 2 with Two Synthetic Peptidic Transition State Analog Inhibitors 著者: Mulichak, A.M. / Hui, J.O. / Tomasselli, A.G. / Heinrikson, R.L. / Curry, K.A. / Tomich, C.-S. / Thaisrivongs, S. / Sawyer, T.K. / Watenpaugh, K.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hpe.cif.gz | 52.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hpe.ent.gz | 37.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hpe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/2hpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/2hpe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10712.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04584 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THERE IS A PEPTIDE FRAGMENT IN THE SUBSTRATE BINDING POCKET. BECAUSE THE SIDE GROUPS ARE NOT KNOWN ...THERE IS A PEPTIDE FRAGMENT IN THE SUBSTRATE BINDING POCKET. BECAUSE THE SIDE GROUPS ARE NOT KNOWN FOR CERTAIN, THE RESIDUES HAVE ALL BEEN REPRESENTE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 % |
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-データ収集
反射 | 解像度: 1→10 Å / Num. obs: 10638 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 2 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 2 詳細: ATOMS WITH B-FACTORS GREATER THAN 70.0 A**2 MAY BE CONSIDERED TO BE DISORDERED OR NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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