PDB-2for: Crystal Structure of the Shigella flexneri Farnesyl Pyrophosphate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2for

タイトル

Crystal Structure of the Shigella flexneri Farnesyl Pyrophosphate Synthase Complex with an Isopentenyl Pyrophosphate

要素

Geranyltranstransferase

(2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

BISPHOSPHONATE (ビスホスホネート) / ISOPRENYL SYNTHASE /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI /

Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

farnesyl diphosphate biosynthetic process /

geranyltranstransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Minasov, G. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Shigella flexneri Farnesyl Pyrophosphate Synthase Complex with an Isopentenyl Pyrophosphate
著者: Minasov, G. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2006年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2011年10月5日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2for.cif.gz	130.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2for.ent.gz	102.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2for.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/2for ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/2for	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6sxn-1 7lbj-d 5xn6-3 4lfe-d 3oac-2 1iew-d 3wlj-d 3zl6-d 3wlh-d 6k6l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc27281

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Geranyltranstransferase

B: Geranyltranstransferase

ヘテロ分子

71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.664, 75.664, 216.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

詳細

Chains A and B represent the biological assembly, which is dimer

#1: タンパク質	Geranyltranstransferase / (2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ / E.C.2.5.1.10 / Farnesyl-diphosphate synthase / FPP synthase 分子量: 34924.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 株: 301 / 遺伝子: AAP15892 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 参照: GenBank: 24050587, UniProt: A0A0H2UXE9*PLUS, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-IPR / ISOPENTYL PYROPHOSPHATE / 二りん酸α-イソペンチル分子量: 248.108 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄O₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES sodium salt, 0.4M Sodium phosphate, 0.4M Potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月30日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→65.51 Å / Num. all: 45940 / Num. obs: 45940 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 57.66
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 5.37 % / R_merge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 6624 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→65.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 11.046 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Atomic isotropic B-factor refineme / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2329	2321	5 %	RANDOM
R_work	0.18115	-	-	-
all	0.18369	-	-	-
obs	0.18369	43786	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.734 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.17 Å²	-0.59 Å²	0 Å²
2-	-	-1.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→65.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4261	0	63	348	4672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.994	6043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.391	5	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.01	24.359	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.928	15	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.288	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.149	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.215	1.5	2952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.806	2	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.057	3	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.377	4.5	1496

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	129	-
R_work	0.341	2741	-
obs	-	-	82.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.4089	-9.3945	1.1123	9.9592	-1.1567	4.537	-0.6493	-1.5469	0.4115	1.0651	1.1155	0.9175	-0.4457	-0.592	-0.4662	0.0749	0.1613	0.221	0.1903	0.2721	-0.0164	-17.1343	31.5153	6.7409
2	11.0954	-3.2525	1.2563	4.7859	0.022	2.5508	-0.2553	-1.5135	-0.0153	0.7557	0.5631	1.2154	-0.3158	-0.3852	-0.3078	-0.0833	0.0656	0.1638	-0.0661	0.2062	0.0095	-17.1252	33.07	0.7755
3	5.8665	-0.1398	-1.4513	6.7796	-0.667	2.9573	-0.1375	-0.6125	-0.3138	0.3411	0.4241	1.5629	0.0466	-0.1377	-0.2866	-0.1988	0.0847	0.0354	-0.1706	0.2021	0.0058	-16.7438	29.1749	-2.1919
4	4.8626	-0.0128	-0.0772	10.254	-0.4556	1.3689	-0.1983	-0.4245	0.7783	0.4574	0.4463	0.2636	-0.4064	0.2158	-0.248	-0.1379	0.0192	0.0168	-0.1281	-0.0358	-0.3038	-3.2179	35.6315	-2.3465
5	5.4535	-1.4532	-0.4278	11.0091	-3.8969	6.5092	0.1917	0.2002	-0.3503	-0.4869	-0.1083	1.3809	-0.1692	-0.1028	-0.0834	-0.161	0.084	-0.2444	-0.2378	0.0388	-0.0061	-14.8492	27.2071	-12.8471
6	2.654	3.8136	-4.3524	24.5023	-23.2302	23.0156	0.3623	0.5461	-0.3884	-1.0136	-0.0989	0.1229	0.3234	-0.4315	-0.2634	0.1176	0.1511	-0.1889	-0.1768	0.0394	-0.1847	-14.8192	43.0665	-23.7526
7	3.8432	-0.1787	-1.7165	6.837	-1.4518	4.9436	-0.0247	-0.0319	-0.5759	-0.848	-0.001	2.4753	0.4849	-0.5208	0.0257	-0.1234	0.0226	-0.2955	-0.1684	0.0795	0.6734	-26.0139	27.7123	-12.9572
8	11.5335	7.1417	-2.4671	16.0908	-1.5425	8.3712	0.0544	0.1981	-1.4084	-0.0431	-0.1591	0.8606	0.4647	-0.6607	0.1047	-0.0883	0.0721	-0.1579	-0.132	0.1019	0.0972	-23.5137	41.9628	-14.224
9	6.2656	2.3501	-0.8031	11.9569	-1.2896	2.424	0.0806	-0.1596	-0.6875	-0.4293	0.0472	1.3632	-0.0954	-0.2602	-0.1278	-0.0079	0.133	-0.2083	-0.1476	0.0611	-0.0101	-26.7285	47.691	-16.3066
10	12.885	11.0982	-1.5237	29.4024	1.4752	9.8086	-0.1991	-0.1689	-0.0785	0.1903	0.5082	1.7365	-1.103	-0.6931	-0.3091	0.0456	0.1636	0.0643	-0.0283	0.2464	0.4036	-30.3748	43.7573	-5.8644
11	22.0482	-16.638	-0.2697	17.9746	-3.8695	3.0647	0.5944	0.6624	-1.4887	-2.1012	-0.8652	0.5943	0.2234	0.1506	0.2708	0.5196	0.1383	-0.2753	0.0547	-0.1826	-0.3612	4.3837	8.8292	-24.2592
12	3.1686	-1.7049	-0.7691	9.2872	-0.1837	1.0596	0.5428	0.4071	-0.2542	-1.1444	-0.2355	0.2219	0.1252	0.1912	-0.3073	-0.0146	0.1134	-0.1333	-0.1588	0	-0.4048	1.0062	17.7751	-17.4208
13	5.5519	-1.2445	-0.8884	6.9889	-0.2554	2.0471	0.4094	0.1907	-0.3422	-0.9164	-0.2133	0.3325	0.0077	0.1711	-0.1961	-0.0724	0.0907	-0.1388	-0.2064	0.0083	-0.4113	-1.8069	21.7078	-15.7265
14	17.0835	-0.5614	7.5249	10.6163	0.1745	7.0212	-0.4712	-0.5408	0.5327	0.7897	0.3498	-0.4221	-0.2635	0.4564	0.1214	-0.165	0.1117	-0.0579	-0.1051	0.0316	-0.3225	1.888	19.4116	-0.2406
15	30.8123	5.0252	17.9269	6.2319	-2.057	15.6925	-0.2677	-0.9345	-0.2063	0.5375	0.0243	0.013	-0.0986	0.122	0.2434	-0.186	0.1023	-0.0497	-0.0415	0.015	-0.379	11.2852	13.9933	5.9602
16	9.4265	-0.1777	3.5362	8.8747	3.5482	5.2125	0.0495	-0.2795	-1.5314	-0.1156	0.0772	1.3772	0.2961	-0.2464	-0.1267	-0.1922	0.0569	-0.1289	-0.2073	0.1298	0.0383	-3.9544	5.3938	-6.0984
17	20.0268	5.5209	4.4926	9.1943	1.6611	2.4854	0.1144	0.0142	-0.2782	0.3258	0.2577	0.8033	0.0419	0.4309	-0.3721	-0.1469	0.1267	-0.0285	-0.1481	0.0874	-0.3158	6.9409	4.4677	-3.3569
18	9.718	4.2259	6.119	13.419	0.8557	14.5772	-0.1431	0.6933	0.504	-0.5817	0.4093	-0.4687	-0.3024	1.1835	-0.2662	-0.2567	0.0418	-0.0278	0.2369	-0.0104	-0.2798	22.5361	11.9624	-0.9551
19	22.3231	13.6275	5.7808	18.3591	4.4072	6.5702	-0.0863	-0.7326	-1.8847	0.6916	0.4067	0.0616	0.7889	0.3438	-0.3204	-0.0013	0.2371	-0.0609	-0.0938	0.1287	-0.1348	10.3735	-3.9558	-2.8653
20	29.6475	8.7608	2.1442	19.7053	3.2134	6.9321	0.0921	-0.0352	-0.6158	-0.4331	0.1261	-0.0232	-0.0385	0.7767	-0.2182	-0.0128	0.1004	-0.0857	-0.1297	0.0153	-0.4146	11.8134	-0.7007	-12.2032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 30	26 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	31 - 59	55 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	60 - 83	84 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	84 - 125	108 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	126 - 168	150 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	169 - 179	193 - 203
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	180 - 208	204 - 232
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	209 - 224	233 - 248
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	225 - 281	249 - 305
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	282 - 299	306 - 323
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	1 - 22	25 - 46
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	23 - 91	47 - 115
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	92 - 138	116 - 162
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	139 - 168	163 - 192
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	169 - 179	193 - 203
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	180 - 205	204 - 229
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	206 - 221	230 - 245
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	222 - 259	246 - 283
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	260 - 281	284 - 305
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	282 - 298	306 - 322

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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