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- PDB-2f37: Crystal structure of the ankyrin repeat domain of human TRPV2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f37
タイトルCrystal structure of the ankyrin repeat domain of human TRPV2
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ankyrin repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion transmembrane transporter activity / growth cone membrane / 知覚 / TRPチャネル / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / plasma membrane => GO:0005886 / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity ...monoatomic ion transmembrane transporter activity / growth cone membrane / 知覚 / TRPチャネル / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / plasma membrane => GO:0005886 / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / メラノソーム / monoatomic ion channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / response to heat / 細胞膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 / Domain of unknown function DUF3447 / Ankyrin repeat-containing domain / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 / Domain of unknown function DUF3447 / Ankyrin repeat-containing domain / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ion transport domain / Ion transport protein / Αソレノイド / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者McCleverty, C.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the human TRPV2 channel ankyrin repeat domain.
著者: McCleverty, C.J. / Koesema, E. / Patapoutian, A. / Lesley, S.A. / Kreusch, A.
履歴
登録2005年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0154
ポリマ－55,8232
非ポリマー1922
水7,008389
1
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0072
ポリマ－27,9111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0072
ポリマ－27,9111
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.657, 93.657, 265.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-682-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 / TrpV2 / osm-9-like TRP channel 2 / OTRPC2 / Vanilloid receptor-like protein 1 / VRL-1


分子量: 27911.254 Da / 分子数: 2 / 断片: ankyrin repeat domain (residues 69-319) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPV2, VRL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q9Y5S1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes, 1.5 M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月20日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 83694 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22862 3848 5 %RANDOM
Rwork0.2066 ---
all0.21 83694 --
obs0.20771 72681 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.038 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å2-0.23 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3888 0 10 389 4287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9745397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2595515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.43624.67182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50415677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2451525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3730.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023011
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22805
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.9340.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.52507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67424036
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05731461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2784.51351
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 257 -
Rwork0.262 5266 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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