PDB-1ygt: Dynein Light Chain TcTex-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ygt

タイトル

Dynein Light Chain TcTex-1

要素

Cytoplasmic dynein light chain

ダイニン

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Domain Swapping

機能・相同性

機能・相同性情報

Neutrophil degranulation /

dynein complex /

cytoplasmic dynein complex / retrograde axonal transport / dynein light intermediate chain binding / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / spermatid development / axon cytoplasm / determination of adult lifespan ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Williams, J.C. / Xie, H. / Hendrickson, W.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of dynein light chain TcTex-1.
著者: Williams, J.C. / Xie, H. / Hendrickson, W.A.

履歴

登録	2005年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ygt.cif.gz	38 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ygt.ent.gz	24.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ygt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/1ygt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/1ygt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5cwq-d 6z28-d 5jsj-2 5zsz-d 3hem-d 5jsg-2 6q4l-d 6e7f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytoplasmic dynein light chain

ヘテロ分子

12.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytoplasmic dynein light chain

ヘテロ分子

A: Cytoplasmic dynein light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.598, 60.598, 48.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-169- HOH
2	1	A-184- HOH
3	1	A-256- HOH

詳細

The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations:y,x,-z.

#1: タンパク質	Cytoplasmic dynein light chain / ダイニン / TCTEX-1 protein homolog 分子量: 12491.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Dlc90F, Tctex / プラスミド: pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q94524
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.2	45
2	2.2	45

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法	9.5	0.1M CHES, pH 9.5, 2.4 M (NH4)2SO4 and 0.1M Li2SO4, vapor diffusion, temperature 293K
293	2	蒸気拡散法	9.5	0.1M CHES, pH 9.5, 2.4 M (NH4)2SO4 and 0.1M Li2SO4, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X4A	1	0.99187, 0.97950, 0.97897, 0.96672
シンクロトロン	NSLS	X4A	2	0.99187, 0.97950, 0.97897, 0.96672

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2000年9月4日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2000年9月7日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.99187	1
2	0.9795	1
3	0.97897	1
4	0.96672	1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 10932 / Num. obs: 10932 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1.613 / Net I/σ(I): 37.6

反射シェル

解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Num. unique all: 1122 / Χ²: 1.183 / % possible all: 96.9

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.7 Å / D res low: 26.21 Å / FOM acentric: 0.723 / FOM centric: 0.592 / Reflection acentric: 10133 / Reflection centric: 1302

Phasing MAD set

最高解像度: 1.76 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	R kraut acentric	R kraut centric	Power acentric	Power centric
ISO01	0	0	0.016	0.112	0	0
ANO01	0.953	0	0.021	0.152	1.038	0
ISO02	0.463	0.522	0.03	0.218	3.543	2.195
ANO02	0.78	0	0.021	0.148	1.928	0
ISO03	0.447	0.491	0.025	0.181	3.614	2.537
ANO03	0.518	0	0.034	0.245	3.167	0
ISO04	0.751	0.766	0.036	0.257	1.707	0.982
ANO04	0.64	0	0.039	0.277	2.709	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	R kraut acentric	R kraut centric	Power acentric	Power centric
ISO01	6.194-26.21	0	0	0.01	0.034	0	0
ISO01	3.884-6.194	0	0	0.01	0.057	0	0
ISO01	3.028-3.884	0	0	0.011	0.078	0	0
ISO01	2.561-3.028	0	0	0.014	0.132	0	0
ISO01	2.26-2.561	0	0	0.016	0.171	0	0
ISO01	2.047-2.26	0	0	0.02	0.273	0	0
ISO01	1.886-2.047	0	0	0.03	0.485	0	0
ISO01	1.757-1.886	0	0	0.046	0.77	0	0
ANO01	6.194-26.21	0.852	0	0.012	0.043	2.031	0
ANO01	3.884-6.194	0.917	0	0.011	0.061	1.455	0
ANO01	3.028-3.884	0.938	0	0.014	0.099	1.611	0
ANO01	2.561-3.028	0.934	0	0.016	0.158	1.555	0
ANO01	2.26-2.561	0.961	0	0.022	0.229	1.134	0
ANO01	2.047-2.26	0.971	0	0.028	0.374	0.803	0
ANO01	1.886-2.047	0.982	0	0.046	0.74	0.649	0
ANO01	1.757-1.886	0.995	0	0.082	1.372	0.407	0
ISO02	6.194-26.21	0.479	0.526	0.041	0.14	4.587	2.399
ISO02	3.884-6.194	0.467	0.542	0.025	0.138	3.632	2.13
ISO02	3.028-3.884	0.496	0.518	0.028	0.209	3.702	2.4
ISO02	2.561-3.028	0.477	0.524	0.031	0.296	3.724	2.545
ISO02	2.26-2.561	0.443	0.48	0.027	0.286	3.857	2.36
ISO02	2.047-2.26	0.418	0.504	0.028	0.378	3.596	1.754
ISO02	1.886-2.047	0.433	0.514	0.033	0.529	3.389	1.758
ISO02	1.757-1.886	0.472	0.517	0.045	0.73	2.87	2.057
ANO02	6.194-26.21	0.537	0	0.013	0.043	4.739	0
ANO02	3.884-6.194	0.682	0	0.012	0.068	2.519	0
ANO02	3.028-3.884	0.674	0	0.014	0.101	2.937	0
ANO02	2.561-3.028	0.714	0	0.017	0.165	2.567	0
ANO02	2.26-2.561	0.817	0	0.02	0.209	2.114	0
ANO02	2.047-2.26	0.872	0	0.025	0.345	1.611	0
ANO02	1.886-2.047	0.953	0	0.043	0.688	1.123	0
ANO02	1.757-1.886	0.976	0	0.072	1.157	0.831	0
ISO03	6.194-26.21	0.435	0.475	0.031	0.105	4.762	3.003
ISO03	3.884-6.194	0.416	0.469	0.018	0.096	4.216	2.906
ISO03	3.028-3.884	0.445	0.45	0.02	0.148	4.261	2.902
ISO03	2.561-3.028	0.417	0.484	0.023	0.219	4.489	2.94
ISO03	2.26-2.561	0.412	0.466	0.023	0.242	4.023	2.496
ISO03	2.047-2.26	0.424	0.546	0.026	0.345	3.733	2.142
ISO03	1.886-2.047	0.488	0.605	0.038	0.591	2.964	2.082
ISO03	1.757-1.886	0.583	0.651	0.062	0.992	2.22	1.444
ANO03	6.194-26.21	0.33	0	0.022	0.076	6.416	0
ANO03	3.884-6.194	0.427	0	0.02	0.108	4.403	0
ANO03	3.028-3.884	0.38	0	0.023	0.167	4.776	0
ANO03	2.561-3.028	0.417	0	0.029	0.278	4.362	0
ANO03	2.26-2.561	0.525	0	0.035	0.363	3.328	0
ANO03	2.047-2.26	0.62	0	0.044	0.581	2.703	0
ANO03	1.886-2.047	0.755	0	0.068	1.073	2.032	0
ANO03	1.757-1.886	0.902	0	0.117	1.875	1.388	0
ISO04	6.194-26.21	0.734	0.803	0.034	0.117	1.957	1.728
ISO04	3.884-6.194	0.654	0.696	0.02	0.108	2.163	1.434
ISO04	3.028-3.884	0.7	0.742	0.025	0.188	2.228	1.062
ISO04	2.561-3.028	0.722	0.744	0.03	0.289	2.738	1.248
ISO04	2.26-2.561	0.722	0.728	0.033	0.341	2.459	0.742
ISO04	2.047-2.26	0.74	0.767	0.04	0.53	1.595	0.775
ISO04	1.886-2.047	0.821	0.811	0.068	1.054	0.996	0.344
ISO04	1.757-1.886	0.879	0.911	0.119	1.914	0.531	0.254
ANO04	6.194-26.21	0.339	0	0.018	0.061	6.595	0
ANO04	3.884-6.194	0.45	0	0.016	0.09	4.427	0
ANO04	3.028-3.884	0.45	0	0.021	0.157	4.274	0
ANO04	2.561-3.028	0.534	0	0.03	0.291	3.699	0
ANO04	2.26-2.561	0.646	0	0.039	0.411	2.831	0
ANO04	2.047-2.26	0.773	0	0.054	0.722	2.132	0
ANO04	1.886-2.047	0.907	0	0.097	1.499	1.402	0
ANO04	1.757-1.886	0.979	0	0.154	2.472	0.951	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	26.175	3.535	43.483	X	400	1
2	18.777	30.199	46.979	X	400	1
3	-2.783	6.395	42.733	X	400	1
4	13.899	25.461	1.455	X	400	1

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
4.74-26.21	0.9	0.768	418	164
3.38-4.74	0.845	0.742	793	169
2.77-3.38	0.854	0.701	1063	164
2.4-2.77	0.842	0.65	1264	170
2.15-2.4	0.798	0.554	1426	176
1.96-2.15	0.733	0.491	1620	167
1.82-1.96	0.614	0.402	1723	156
1.7-1.82	0.506	0.384	1826	136

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	4	位相決定
ARP/wARP		モデル構築
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→6 Å / WR_factor R_free: 0 / WR_factor R_work: 0.21751 / FOM work R set: 0.81783 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: mon_lib of CCP4-refmac

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	501	5 %	Random
R_work	0.19304	-	-	-
all	0.2	10140	-	-
obs	0.2	10140	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	813	0	5	148	966

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	o_angle_deg	1.7
X-RAY DIFFRACTION	o_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	o_angle_d	0.033

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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