+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1scm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF THE REGULATORY DOMAIN OF SCALLOP MYOSIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | CALCIUM-BINDING PROTEIN (カルシウム結合タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myosin filament / myosin complex / myofibril / cytoskeletal motor activity / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Argopecten irradians (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Cohen, C. / Xie, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: Structure of the regulatory domain of scallop myosin at 2.8 A resolution. 著者: Xie, X. / Harrison, D.H. / Schlichting, I. / Sweet, R.M. / Kalabokis, V.N. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1990 タイトル: Isolation of the Regulatory Domain of Scallop Myosin: Role of the Essential Light Chain in Calcium Binding 著者: Kwon, H. / Goodwin, E.B. / Nyitray, L. / Berliner, E. / O'Neall-Hennessey, E. / Melandri, F.D. / Szent-Gyorgyi, A.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1scm.cif.gz | 84.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1scm.ent.gz | 62.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1scm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/1scm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/1scm | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: LEU B 12 - PRO B 13 OMEGA =217.43 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7483.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Argopecten irradians (無脊椎動物) 参照: UniProt: P24733 | ||
---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 16516.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Argopecten irradians (無脊椎動物) 参照: UniProt: P13543 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 16791.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Argopecten irradians (無脊椎動物) 参照: UniProt: P07291 | ||
#4: 化合物 | 配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / タイプ: NSLS |
---|---|
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 10352 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 30711 / Rmerge(I) obs: 0.113 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.8→10 Å 詳細: THE ELECTRON DENSITY FOR LEU (B12) AND PRO (B13) WHICH ARE THE FIRST TWO RESIDUES IN THE RLC IS NOT CLEAR ENOUGH TO DEFINE THE GEOMETRY WELL.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 8960 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.76 |