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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r6a | ||||||
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タイトル | Structure of the dengue virus 2'O methyltransferase in complex with s-adenosyl homocysteine and ribavirin 5' triphosphate | ||||||
要素 | Genome polyprotein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ribavirin 5'-triphosphate / dengue virus / 2'O methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / : / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / : / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dengue virus 2 Puerto Rico/PR159-S1/1969 (デング熱ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Benarroch, D. / Egloff, M.P. / Mulard, L. / Romette, J.L. / Canard, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: A structural basis for the inhibition of the NS5 dengue virus mRNA 2'-O-methyltransferase domain by ribavirin 5'-triphosphate. 著者: Benarroch, D. / Egloff, M.P. / Mulard, L. / Guerreiro, C. / Romette, J.L. / Canard, B. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2002 タイトル: An RNA cap (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase in the flavivirys RNA polymerase NS5:crystal structure and functional characterization 著者: EGLOFF, M.P. / BENARROCH, D. / SELISKO, B. / ROMETTE, J.L. / CANARD, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r6a.cif.gz | 70 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r6a.ent.gz | 50.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/1r6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/1r6a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33145.672 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA-directed RNA polymerase (residue 2492-2784) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dengue virus 2 Puerto Rico/PR159-S1/1969 (デング熱ウイルス) 属: Flavivirus / 生物種: Dengue virus / 株: PR159-S1 / 遺伝子: NS5 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[pREP4] / 参照: UniProt: P12823, RNA依存性RNAポリメラーゼ | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-SAH / | #4: 化合物 | ChemComp-RVP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: Na Citrate 0.1 M, AS 0.5 M, LiSO4 1.2 M, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 11869 / Num. obs: 11869 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 4.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.73 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 92.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→25 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
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