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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mf6 | ||||||
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タイトル | Transducin gamma subunit, C-terminal domain 60-71, rhodopsin-bound state: Ensemble of 15 models determined by TrNOE spectroscopy | ||||||
要素 | Guanine nucleotide-binding protein G(T)gamma-T1 subunit | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / G-protein (Gタンパク質) / transducin / rhodopsin (ロドプシン) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / gamma subunit / bound conformation / C-terminal domain (C末端) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 eye photoreceptor cell development / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor ...eye photoreceptor cell development / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / phototransduction / protein localization / photoreceptor disc membrane / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G protein-coupled receptor signaling pathway 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Distance geomerty, high-temperature molecular dynamics, simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Kisselev, O.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2003 タイトル: RHODOPSIN CONTROLS A CONFORMATIONAL SWITCH ON THE TRANSDUCIN gamma SUBUNIT 著者: Kisselev, O.G. / Downs, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mf6.cif.gz | 52.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mf6.ent.gz | 35.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mf6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/1mf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/1mf6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1338.552 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 60-71 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in bos taurus (bovine). 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02698 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
-試料調製
詳細 | 内容: 0.1 mM Rhodopsin, 2 mM peptide DKNPFKELKGGC-farnesyl. 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | pH: 7 / 温度: 277 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Distance geomerty, high-temperature molecular dynamics, simulated annealing ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |