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- PDB-1lnq: CRYSTAL STRUCTURE OF MTHK AT 3.3 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lnq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MTHK AT 3.3 A
要素POTASSIUM CHANNEL RELATED PROTEIN
キーワードMETAL TRANSPORT / rossmann fold (ロスマンフォールド) / helix bundle (ヘリックスバンドル) / membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 ...Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / イオンチャネル / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-gated potassium channel MthK
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jiang, Y. / Lee, A. / Chen, J. / Cadene, M. / Chait, B.T. / Mackinnon, R.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE AND MECHANISM OF A CALCIUM-GATED POTASSIUM CHANNEL
著者: JIANG, Y. / LEE, A. / CHEN, J. / CADENE, M. / CHAIT, B.T. / MACKINNON, R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: THE OPEN PORE CONFORMATION OF POTASSIUM CHANNELS
著者: JIANG, Y. / LEE, A. / CHEN, J. / CADENE, M. / CHAIT, B.T. / MACKINNON, R.
履歴
登録2002年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POTASSIUM CHANNEL RELATED PROTEIN
B: POTASSIUM CHANNEL RELATED PROTEIN
C: POTASSIUM CHANNEL RELATED PROTEIN
D: POTASSIUM CHANNEL RELATED PROTEIN
E: POTASSIUM CHANNEL RELATED PROTEIN
F: POTASSIUM CHANNEL RELATED PROTEIN
G: POTASSIUM CHANNEL RELATED PROTEIN
H: POTASSIUM CHANNEL RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,17016
ポリマ－298,8498
非ポリマー3218
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40390 Å2
ΔGint-337 kcal/mol
Surface area105650 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)137.000, 137.000, 373.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質
POTASSIUM CHANNEL RELATED PROTEIN / mthk channels


分子量: 37356.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: mth1520 / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): xl1blue / 参照: UniProt: O27564
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEGMME350, CaCl2, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mMLDAO1drop
220 mMTris1droppH8.0
3100 mM1dropKCl
415.0 mg/mlprotein1drop
523-26 %PEG350 MME1reservoir
6100 mMMES1reservoirpH6.5
7200 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.1
シンクロトロンALS 5.0.221
シンクロトロンCHESS F130.95
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
211
30.951
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 59900 / Num. obs: 56550 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.12
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 4224 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 71
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.3→46.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 2869 5.1 %RANDOM
Rwork0.301 ---
obs0.301 56550 95.3 %-
all-59900 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.0014 Å2 / ksol: 0.245281 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 84.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.91 Å218.33 Å20 Å2
2--16.91 Å20 Å2
3----33.82 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.54 Å / Luzzati sigma a free: 0.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→46.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16888 0 8 0 16896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 405 5.3 %
Rwork0.395 7222 -
obs--77.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.299 / Rfactor Rfree: 0.315 / Rfactor Rwork: 0.299
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.413 / Rfactor Rwork: 0.395 / Rfactor obs: 0.395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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