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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j2p | ||||||
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タイトル | alpha-ring from the proteasome from archaeoglobus fulgidus | ||||||
要素 | Proteasome alpha subunit | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / proteasome (プロテアソーム) / alpha-ring | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Groll, M. / Brandstetter, H. / Bartunik, H. / Bourenkow, G. / Huber, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003 タイトル: Investigations on the Maturation and Regulation of Archaebacterial Proteasomes 著者: Groll, M. / Brandstetter, H. / Bartunik, H. / Bourenkow, G. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j2p.cif.gz | 349.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j2p.ent.gz | 285.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j2p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j2p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27694.027 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29760, proteasome endopeptidase complex #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 3M 1,6-Hexandiol, 85mM Magnesiumchlorid, 100mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 24 ℃ / pH: 4.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 1248529 / Num. obs: 67959 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.63 Å / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 1248529 / Rmerge(I) obs: 0.043 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.367 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: proteasome from thermoplasma acidophilum 解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2800328.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.3397 Å2 / ksol: 0.297951 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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