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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ia9 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATYPICAL PROTEIN KINASE DOMAIN OF A TRP CA-CHANNEL, CHAK (AMPPNP COMPLEX) | ||||||
要素 | TRANSIENT RECEPTOR POTENTIAL-RELATED PROTEIN | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ALPHA/BETA / PROTEIN KINASE LIKE FOLD / ATP-GRASP FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular magnesium ion homeostasis / calcium-dependent cell-matrix adhesion / varicosity / TRPチャネル / actomyosin structure organization / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / necroptotic process / monoatomic cation channel activity / ruffle ...intracellular magnesium ion homeostasis / calcium-dependent cell-matrix adhesion / varicosity / TRPチャネル / actomyosin structure organization / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / necroptotic process / monoatomic cation channel activity / ruffle / protein tetramerization / calcium channel activity / 記憶 / synaptic vesicle membrane / calcium ion transport / kinase activity / actin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Yamaguchi, H. / Matsushita, M. / Nairn, A.C. / Kuriyan, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of the atypical protein kinase domain of a TRP channel with phosphotransferase activity. 著者: Yamaguchi, H. / Matsushita, M. / Nairn, A.C. / Kuriyan, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ia9.cif.gz | 125.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ia9.ent.gz | 103.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ia9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/1ia9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/1ia9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32246.873 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CHAK / プラスミド: PFASTBAC-HTA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q923J1, EC: 2.7.1.37 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DTT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, ammonium phosphate, AMPPNP, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 詳細: used macroseeding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.96487 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月31日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96487 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 53680 / Num. obs: 53642 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 36.404 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 6.8 / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 5217 / Rsym value: 18.5 / % possible all: 92.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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