[日本語] English
万見
- PDB-1h4c: Biochemical and Structural Analysis of the Molybdenum Cofactor Bi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h4c
タイトルBiochemical and Structural Analysis of the Molybdenum Cofactor Biosynthesis protein MobA
要素MOLYBDOPTERIN-GUANINE DINUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN A
キーワードMOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS / MOLYBDOPTERIN NUCLEOTIDYL-TRANSFERASE / GTP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


bis(molybdopterin guanine dinucleotide)molybdenum biosynthetic process / molybdenum cofactor guanylyltransferase / molybdenum cofactor guanylyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / GTP binding / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Molybdenum cofactor guanylyltransferase / MobA-like NTP transferase / MobA-like NTP transferase domain / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / : / Molybdenum cofactor guanylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Guse, A. / Stevenson, C.E.M. / Kuper, J. / Buchanan, G. / Schwarz, G. / Mendel, R.R. / Lawson, D.M. / Palmer, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Biochemical and Structural Analysis of the Molybdenum Cofactor Biosynthesis Protein Moba
著者: Guse, A. / Stevenson, C.E.M. / Kuper, J. / Buchanan, G. / Schwarz, G. / Giordano, G. / Magalon, A. / Mendel, R.R. / Lawson, D.M. / Palmer, T.
履歴
登録2003年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MOLYBDOPTERIN-GUANINE DINUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8914
ポリマ－22,5001
非ポリマー3913
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.465, 41.737, 54.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2148-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 MOLYBDOPTERIN-GUANINE DINUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN A / PROTEIN FA


分子量: 22499.699 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FULL LENGTH CONSTRUCT WAS C-TERMINALLY EXTENDED WITH A 7-RESIDUE NICKEL AFFINITY TAG OF SEQUENCE SER-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: JM109
解説: MUTATION INTRODUCED BY 3-WAY PCR AND VERIFIED BY DNA SEQUENCING
Variant: M15[PREP4] / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / Variant (発現宿主): M15[PREP4] / 参照: UniProt: P32173
#2: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン / リチウム


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細LINKS A GUANOSINE 5'-PHOSPHATE TO MOLYDOPTERIN (MPT) FORMING MOLYBDOPTERIN GUANINE DINUCLEOTIDE ...LINKS A GUANOSINE 5'-PHOSPHATE TO MOLYDOPTERIN (MPT) FORMING MOLYBDOPTERIN GUANINE DINUCLEOTIDE (MGD). THE ENZYME EXISTS AS A MONOMER IN SOLUTION AND IS A MEMBER OF THE MOBA FAMILY OF PROTEIN. ENGINEERED MUTATION ARG 19 ALA
配列の詳細R19A MUTANT C-TERMINAL TAG: SER-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT CONCENTRATION 12 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION CONSISTING OF 20% (V/V) ISOPROPANO 2% (W/V) PEG 1500, IN 100 MM CITRIC ACID ...詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT CONCENTRATION 12 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION CONSISTING OF 20% (V/V) ISOPROPANO 2% (W/V) PEG 1500, IN 100 MM CITRIC ACID BROUGHT TO PH 5.5 WITH NAOH. CRYSTALS GROW AT 4 DEG. C AND TAKE UP TO 8 WEEK TO REACH FULL SIZE.
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Stevenson, C.E., (2000) Structure, 8, 1115.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
220 %(v/v)isopropanol1reservoir
32 %(w/v)PEG15001reservoir
4100 mMcitric acid1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1.2
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40 Å / Num. obs: 21329 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 36.9
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.141 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 83.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E5K

1e5k


解像度: 1.65→54.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 1.648 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1068 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs-20261 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→54.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1423 0 27 182 1632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0211484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.9672031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2055187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2810.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2531.5935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19621495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0683549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7184.5536
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.231 70
Rwork0.217 1258
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.211 / Rfactor Rwork: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.851
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 1.69 Å / Rfactor Rfree: 0.231 / Num. reflection Rfree: 70 / Rfactor Rwork: 0.217 / Num. reflection Rwork: 1258 / Total num. of bins used: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る