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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gqj | |||||||||
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タイトル | Structure of Pseudomonas cellulosa alpha-D-glucuronidase complexed with xylobiose | |||||||||
要素 | ALPHA-D-GLUCURONIDASE | |||||||||
キーワード | GLUCURONIDASE / (ALPHA-BETA)8 BARREL / GLYCOSIDE HYDROLASE (グリコシダーゼ) / XYLOBIOSE (キシロビオース) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucuronoxylan catabolic process / キシラン α-1,2-グルクロノシダーゼ / xylan alpha-1,2-glucuronosidase activity / alpha-glucuronidase activity / cell outer membrane / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | PSEUDOMONAS CELLULOSA (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Nurizzo, D. / Nagy, T. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: The Structural Basis for Catalysis and Specificity of the Pseudomonas Cellulosa Alpha-Glucuronidase, Glca67A 著者: Nurizzo, D. / Nagy, T. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 8-STRANDED BARRELS THESE ARE REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gqj.cif.gz | 322.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gqj.ent.gz | 258.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gqj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gqj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80439.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS CELLULOSA (バクテリア) 株: NCIMB-10462 / プラスミド: PTN1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3) / 参照: UniProt: B3PC73*PLUS, EC: 3.2.1.139 #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-CO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30MG/ML, 15% PEG3350, 250MM MGCL2, 5MM TRIS PH8.0, 20% ETHYLENE GLYCOL 100MM XYLOTRIOSE, pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月15日 / 詳細: MSC/RIGAKU FOCUSSING MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 109005 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 108980 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.4 % / Num. unique obs: 5331 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NATIVE ALPHA-D-GLUCURONIDASE 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.964 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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