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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fze | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN | ||||||
要素 | (FIBRINOGENフィブリノゲン) x 3 | ||||||
キーワード | BLOOD COAGULATION (凝固・線溶系) / PLASMA / PLATELET (血小板) / FIBRINOGEN (フィブリノゲン) / FIBRIN (フィブリン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / blood coagulation, fibrin clot formation / Α顆粒 / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) ...platelet maturation / blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / blood coagulation, fibrin clot formation / Α顆粒 / cellular response to leptin stimulus / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / protein secretion / protein polymerization / Integrin cell surface interactions / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of vasoconstriction / fibrinolysis / cell adhesion molecule binding / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / 血小板 / response to calcium ion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / extracellular vesicle / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / 細胞皮質 / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / 獲得免疫系 / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Amyloid fiber formation / external side of plasma membrane / 小胞体 / signaling receptor binding / 自然免疫系 / シナプス / structural molecule activity / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Everse, S.J. / Spraggon, G. / Veerapandian, L. / Doolittle, R.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Conformational changes in fragments D and double-D from human fibrin(ogen) upon binding the peptide ligand Gly-His-Arg-Pro-amide. 著者: Everse, S.J. / Spraggon, G. / Veerapandian, L. / Doolittle, R.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fze.cif.gz | 283.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fze.ent.gz | 232.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fze.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/1fze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/1fze | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10244.963 Da / 分子数: 2 / 断片: FRAGMENT D / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BLOOD血液 / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P02671 #2: タンパク質 | 分子量: 37691.992 Da / 分子数: 2 / 断片: FRAGMENT D / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BLOOD血液 / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P02675 #3: タンパク質 | 分子量: 36223.281 Da / 分子数: 2 / 断片: FRAGMENT D / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BLOOD血液 / 組織: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P02679 #4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1998年2月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. obs: 35615 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.104 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 413251 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FZA 解像度: 3→30 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 53.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |