[日本語] English
万見
- PDB-1exm: CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS ELONGATION FACTOR TU (E... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1exm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS ELONGATION FACTOR TU (EF-TU) IN COMPLEX WITH THE GTP ANALOGUE GPPNHP.
要素ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / GTPASE (GTPアーゼ) / MOLECULAR SWITCH / TRNA (転移RNA) / RIBOSOME (リボソーム) / Q-BETA REPLICASE / CHAPERONE (シャペロン) / DISULFIDE ISOMERASE (プロテインジスルフィドイソメラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Elongation factor Tu-A
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hogg, T. / Mesters, J.R. / Hilgenfeld, R.
引用
ジャーナル: The Ribosome: Structure, Function, Antibiotics, and Cellular Interactions
年: 2000
タイトル: Insights into the GTPase Mechanism of EF-Tu from Structural Studies
著者: Hilgenfeld, R. / Mesters, J.R. / Hogg, T.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of active elongation factor Tu reveals major domain rearrangements
著者: Berchtold, H. / Reshetnikova, L. / Reiser, C.O.A. / Schirmer, N.K. / Sprinzl, M. / Hilgenfeld, R.
#2: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1992
タイトル: Crystals of intact elongation factor Tu from Thermus thermophilus diffracting to 1.45 Angstrom resolution.
著者: Reshetnikova, L. / Schirmer, N.K. / Reiser, C.O.A. / Berchtold, H. / Storm, R. / Hilgenfeld, R. / Sprinzl, M.
#3: ジャーナル: CURR.OPIN.STRUCT.BIOL. / 年: 1995
タイトル: REGULATORY GTPASES
著者: HILGENFELD, R.
履歴
登録2000年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.62024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2563
ポリマ－44,7101
非ポリマー5472
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.500, 99.500, 40.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-565-

HOH

21A-621-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ELONGATION FACTOR TU (EF-TU) / EF-TU


分子量: 44709.887 Da / 分子数: 1 / 断片: INTACT WILD-TYPE EF-TU / 由来タイプ: 天然
詳細: BINARY COMPLEX WITH GUANOSINE-5'-(BETA,GAMMA-IMIDO) TRIPHOSPHATE (GPPNHP)
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P60338
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20mM Sodium cacodylate, 5mM Magnesium sulfate, 38-44% Ammonium sulfate, 7-10 mg/mL EF-Tu, molar ratio EF-Tu:GppNHp = 1:5, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極ELLIOTT GX-2111.5418
シンクロトロンSRS PX9.620.87
検出器
タイプID検出器
ENRAF-NONIUS FAST1DIFFRACTOMETER
ENRAF-NONIUS FAST2DIFFRACTOMETER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.871
反射Num. all: 47681 / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2
反射 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Num. unique all: 4693 / % possible all: 43.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
MADNESSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.7→14.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2172 4.6 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 47681 73.7 %-
all-49853 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.19 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.29 Å20 Å21.07 Å2
2---4.87 Å20 Å2
3----0.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→14.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3178 0 33 252 3463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.312.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.623
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.235
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 205 4.4 %
Rwork0.331 4488 -
obs--43.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る