[日本語] English
万見
- PDB-1elp: GAMMA-D CRYSTALLIN STRUCTURE AT 1.95 A RESOLUTION -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1elp
タイトルGAMMA-D CRYSTALLIN STRUCTURE AT 1.95 A RESOLUTION
要素GAMMA-D CRYSTALLIN
キーワードEYE LENS PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / 視覚
類似検索 - 分子機能
クリスタリン / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin D
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chirgadze, Yu.N. / Driessen, H.P.C. / Wright, G. / Slingsby, C. / Hay, R.E. / Lindley, P.F.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structure of bovine eye lens gammaD (gammaIIIb)-crystallin at 1.95 A.
著者: Chirgadze, Y.N. / Driessen, H.P. / Wright, G. / Slingsby, C. / Hay, R.E. / Lindley, P.F.
#1: ジャーナル: Exp.Eye Res. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Calf Eye Lens Gamma-Crystallin Iiib at 2.5 A Resolution: Its Relation to Function
著者: Chirgadze, Yu. / Nevskaya, N. / Vernoslova, E. / Nikonov, S. / Sergeev, Yu. / Brazhnikov, E. / Fomenkova, N. / Lunin, V. / Urzhumtsev, A.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1988
タイトル: Surface Interactions of Gamma-Crystallins in the Crystal Medium in Relation to Their Association in the Eye Lens
著者: Sergeev, Y.V. / Chirgadze, Y.N. / Mylvaganam, S.E. / Driessen, H. / Slingsby, C. / Blundell, T.L.
#3: ジャーナル: Mol.Biol.(Moscow) / 年: 1987
タイトル: [the Key Role of the Residue 103 in the Surface Interactions of Gamma-Crystallins]
著者: Sergeev, Iu.V. / Chirgadze, Iu.N. / Driessen, H. / Slingsby, C. / Blundell, T.L.
#4: ジャーナル: Mol.Biol.(Engl.Transl.) / 年: 1987
タイトル: Key Role of Residue 103 in Surface Interactions of Gamma-Crystallins
著者: Sergeev, Yu.V. / Chirgadze, Yu.N. / Driessen, H. / Slingsby, C. / Blundell, T.L.
#5: ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1986
タイトル: Spatial Structure of Gamma-Crystallin Iiib from Calf Eye Lens at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Chirgadze, Yu.N. / Nevskaya, N.A. / Fomenkova, N.P. / Nikonov, S.V. / Sergeev, Yu.V. / Brazhnikov, E.V. / Garber, M.B. / Lunin, V.Yu. / Urzumtsev, A.P. / Vernoslova, E.A.
#6: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1985
タイトル: Phase Improvement in Protein Crystallography Using a Mixed Electron Density Model
著者: Lunin, V.Yu. / Urzhumtsev, A.G. / Vernoslova, E.A. / Chirgadze, Yu.N. / Nevskaya, N.A. / Fomenkova, N.P.
#7: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1984
タイトル: Improvement of Protein Phases by Coarse Model Modification
著者: Lunin, V.Yu. / Urzhumtsev, A.G.
#8: ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1981
タイトル: Structure of Gamma-Crystallin Iiib from the Eye Lens of the Calf at 3 Angstroms Resolution
著者: Chirgadze, Yu.N. / Sergeev, Yu.V. / Fomenkova, N.P. / Oreshin, V.D. / Nikonov, S.V.
#9: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1981
タイトル: Polypeptide Chain Pathway in Gamma-Crystallin Iiib from Calf Lens at 3 A Resolution
著者: Chirgadze, Yu.N. / Sergeev, Yu.V. / Fomenkova, N.P. / Oreshin, V.D.
#10: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1980
タイトル: Structure of Gamma-Crystallin Iiib from Calf Lens at 5 A Resolution
著者: Chirgadze, Y.N. / Oreshin, V.D. / Sergeev, Y.V. / Nikonov, S.V. / Lunin, V.Y.
#11: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Crystallographic Study of Gamma-Crystallins from Calf Lens
著者: Chirgadze, Y.N. / Nikonov, S.V. / Garber, M.B. / Reshetnikova, L.S.
#12: ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1976
タイトル: Growing Single Crystals of Gamma Crystallin from the Calf Crystalline Lens
著者: Garber, M.B. / Reshetnikova, L.S.
履歴
登録1995年12月20日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GAMMA-D CRYSTALLIN
B: GAMMA-D CRYSTALLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5562
ポリマ－41,5562
非ポリマー00
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.810, 70.030, 117.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 GAMMA-D CRYSTALLIN


分子量: 20778.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: EYE / 組織: EYE LENSLens (anatomy) / 参照: UniProt: P08209
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 57 %
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃ / pH: 7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11 %protein11
21 mMdithiothreitol11

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 33667 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / Num. measured all: 144932

-
解析

ソフトウェア
名称分類
RESTRAIN精密化
DENZOデータ削減
精密化解像度: 1.95→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.204 --
obs-33104 95.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 0 219 3147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.924
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: RESTRAIN / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る