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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1elo | ||||||
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タイトル | ELONGATION FACTOR G WITHOUT NUCLEOTIDE | ||||||
要素 | ELONGATION FACTOR GEF-G | ||||||
キーワード | ELONGATION FACTOR / RIBOSOMAL TRANSLOCASE / GTP BINDING PROTEIN / HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Aevarsson, A. / Brazhnikov, E. / Garber, M. / Zheltonosova, J. / Chirgadze, Yu. / Al-Karadaghi, S. / Svensson, L.A. / Liljas, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 1994 タイトル: Three-dimensional structure of the ribosomal translocase: elongation factor G from Thermus thermophilus. 著者: A AEvarsson / E Brazhnikov / M Garber / J Zheltonosova / Y Chirgadze / S al-Karadaghi / L A Svensson / A Liljas / 要旨: The crystal structure of Thermus thermophilus elongation factor G without guanine nucleotide was determined to 2.85 A. This GTPase has five domains with overall dimensions of 50 x 60 x 118 A. The GTP ...The crystal structure of Thermus thermophilus elongation factor G without guanine nucleotide was determined to 2.85 A. This GTPase has five domains with overall dimensions of 50 x 60 x 118 A. The GTP binding domain has a core common to other GTPases with a unique subdomain which probably functions as an intrinsic nucleotide exchange factor. Domains I and II are homologous to elongation factor Tu and their arrangement, both with and without GDP, is more similar to elongation factor Tu in complex with a GTP analogue than with GDP. Domains III and V show structural similarities to ribosomal proteins. Domain IV protrudes from the main body of the protein and has an extraordinary topology with a left-handed cross-over connection between two parallel beta-strands. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: The Structure of Elongation Factor G in Complex with Gdp: Conformational Flexibility and Nucleotide Exchange 著者: Al-Karadaghi, S. / Aevarsson, A. / Zheltonosova, J. / Garber, M. / Liljas, A. #2: ジャーナル: J.Mol.Evol. / 年: 1995 タイトル: Structure-Based Sequence Alignment of Elongation Factors TU and G with Related Gtpases Involved in Translation 著者: Aevarsson, A. #3: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Ribosomal Proteins and Elongation Factors 著者: Liljas, A. / Garber, M. #4: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994 タイトル: The Crystal Structure of Elongation Factor G Complexed with Gdp, at 2.7 A Resolution 著者: Czworkowski, J. / Wang, J. / Steitz, T.A. / Moore, P.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1elo.cif.gz | 118.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1elo.ent.gz | 89.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1elo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/1elo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/1elo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76977.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Casale, E., (1991) J. Mol. Biol., 222, 447. / PH range low: 7 / PH range high: 4.4 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 0 詳細: PLEASE NOTE THAT THE "EFFECTOR" REGION (RESIDUES 40 - 67) IS INVISIBLE AND DOMAIN III IS DISORDERED AND POORLY VISIBLE IN MAPS. ASSIGNMENT OF SEQUENCE AND THE MODEL OF DOMAIN III IS VERY ...詳細: PLEASE NOTE THAT THE "EFFECTOR" REGION (RESIDUES 40 - 67) IS INVISIBLE AND DOMAIN III IS DISORDERED AND POORLY VISIBLE IN MAPS. ASSIGNMENT OF SEQUENCE AND THE MODEL OF DOMAIN III IS VERY UNCERTAIN (RESIDUES 400 - 475). TEMPERATURE FACTORS HAVE NOT BEEN REFINED AND SOLVENT MOLECULES HAVE NOT BEEN INCLUDED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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