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万見
- PDB-1eb6: Deuterolysin from Aspergillus oryzae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eb6
タイトルDeuterolysin from Aspergillus oryzae
要素NEUTRAL PROTEASE IIプロテアーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / METALLOPROTEINASE (金属プロテアーゼ) / ZINC (亜鉛) / NEUTRAL PROTEASE II (プロテアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


デューテロリシン / metalloendopeptidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M35, deuterolysin / Deuterolysin metalloprotease (M35) family / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutral protease 2
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS ORYZAE (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 1 Å
データ登録者McAuley, K.E. / Jia-Xing, Y. / Dodson, E.J. / Lehmbeck, J. / Ostergaard, P.R. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: A Quick Solution: Ab Initio Structure Determination of a 19 kDa Metalloproteinase Using Acorn
著者: Mcauley, K.E. / Jia-Xing, Y. / Dodson, E.J. / Lehmbeck, J. / Ostergaard, P.R. / Wilson, K.S.
履歴
登録2001年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUTRAL PROTEASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2835
ポリマ－19,0321
非ポリマー2524
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)38.430, 34.764, 60.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NEUTRAL PROTEASE II / プロテアーゼ / NPII / DEUTEROLYSIN


分子量: 19031.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ASPERGILLUS ORYZAE (米麹菌) / 参照: UniProt: P46076, デューテロリシン
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THERMOSTABLE METALLOPROTEASE. SHOWS HIGH ACTIVITIES FOR BASIC NUCLEAR SUBSTRATES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 1.8M NA,K PHOSPHATE, 0.1M HEPES PH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 mg/mlprotein1drop
21.8 Msodium potassium phosphate1reservoir
30.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→30 Å / Num. obs: 82199 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1→1.02 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 99.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.0.36精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1→57.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.22 / SU ML: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.017 / ESU R Free: 0.019 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.126 2439 3 %RANDOM
Rwork0.104 ---
obs-78791 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→57.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1335 0 13 259 1607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211429
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3991.9671943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg4.15232737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02256
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.5230.3372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.330.31214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.9780.521
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.5193
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.35
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.140.327
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.534
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6631.5884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.50521426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5883539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0384.5504
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1→1.03 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.2 186
Rwork0.199 5780
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.0.36 18/01/2001 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.103 / Rfactor Rfree: 0.126 / Rfactor Rwork: 0.104
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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