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- PDB-1e7n: The N-terminal domain of beta-B2-crystallin resembles the putativ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e7n
タイトルThe N-terminal domain of beta-B2-crystallin resembles the putative ancestral homodimer
要素BETA-CRYSTALLIN B2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / EYE LENS PROTEIN / DOMAIN INTERACTIONS / 2-FOLD SYMMETRY
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / camera-type eye development / lens development in camera-type eye / 視覚 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-crystallin B2 / クリスタリン / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-crystallin B2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Clout, N.J. / Basak, A. / Wieligmann, K. / Bateman, O.A. / Jaenicke, R. / Slingsby, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The N-Terminal Domain of Betab2-Crystallin Resembles the Putative Ancestral Homodimer.
著者: Clout, N.J. / Basak, A. / Wieligmann, K. / Bateman, O.A. / Jaenicke, R. / Slingsby, C.
履歴
登録2000年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-CRYSTALLIN B2
B: BETA-CRYSTALLIN B2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8222
ポリマ－23,8222
非ポリマー00
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-1.9 kcal/mol
Surface area9000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.960, 110.960, 29.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.178, 0.984, -0.004), (0.984, 0.178, 0.013), (0.013, -0.001, -1)
ベクター: -0.49859, -0.23629, 46.97172)

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要素

#1: タンパク質 BETA-CRYSTALLIN B2 / BETA-B2 CRYSTALLIN / BETA-CRYSTALLIN BP


分子量: 11911.123 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 2-107 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P62696
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細DOMINANT COMPONENT OF EYE LENS IN VERTEBRATE
配列の詳細ONLY N-TERMINAL DOMAIN PRESENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlprotein1drop
20.2 Mmagnesium acetate tetrahydrate1reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoir
415 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / タイプ: PHOTON FACTORY / 波長: 0.96
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→20 Å / Num. obs: 9079 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
CNS0.9位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE N-TERMINAL 13 RESIDUE EXTENSION WAS NOT SEEN IN THE DENSITY C-TERMINAL LAST FOUR RESIDUES WERE NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 446 4.9 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 9056 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å23.87 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---0.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1403 0 0 61 1464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 73 4.9 %
Rwork0.262 1425 -
obs--99.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.2049
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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