+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dsv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF THE MMTV NUCLEOCAPSID PROTEIN (C-TERMINAL ZINC FINGER) | ||||||
要素 | NUCLEIC ACID BINDING PROTEIN P14 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / CCHC type zinc finger / VIRUS/VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR | ||||||
データ登録者 | Klein, D.J. / Johnson, P.E. / Zollars, E.S. / De Guzman, R.N. / Summers, M.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: The NMR structure of the nucleocapsid protein from the mouse mammary tumor virus reveals unusual folding of the C-terminal zinc knuckle. 著者: Klein, D.J. / Johnson, P.E. / Zollars, E.S. / De Guzman, R.N. / Summers, M.F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dsv.cif.gz | 196.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1dsv.ent.gz | 161.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dsv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1dsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1dsv | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3522.127 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL ZINC FINGER OF NUCLEOCAPSID PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス) 属: Betaretrovirus / プラスミド: PET-3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSE / 参照: UniProt: P11284 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
---|
-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM unlabelled MMTV Nc, 25 mM acetate (d3), pH 7.0, 20 mM NaCl, 0.1 mM ZnCl2, 0.1 mM BME 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: ~50 mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 25 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | ソフトェア番号: 1 詳細: data was collected on the intact nucleocapsid protein but the structures of the N- and C-terminal zinc fingers were calculated independently. These two domains do not interact with each other | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest target function | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |