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- PDB-1dp7: COCRYSTAL STRUCTURE OF RFX-DBD IN COMPLEX WITH ITS COGNATE X-BOX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dp7
タイトルCOCRYSTAL STRUCTURE OF RFX-DBD IN COMPLEX WITH ITS COGNATE X-BOX BINDING SITE
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*(BRU)P*TP*AP*CP*CP*AP*(BRU)P*GP*GP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
  • MHC CLASS II TRANSCRIPTION FACTOR HRFX1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / WINGED HELIX / MHC CLASS II TRANSCRIPTION FACTOR / PROTEIN-DNA COCRYSTAL STRUCTURE / NOVEL MODE OF DNA RECOGNITION / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 免疫応答 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質
類似検索 - 分子機能
RFX1 transcription activation region / RFX1 transcription activation region / RFX-like DNA-binding protein / RFX DNA-binding domain / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...RFX1 transcription activation region / RFX1 transcription activation region / RFX-like DNA-binding protein / RFX DNA-binding domain / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / MHC class II regulatory factor RFX1
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Chen, H. / Cornille, F. / Roques, B.P. / Reith, W. / Mach, B. / Burley, S.K.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Structure of the winged-helix protein hRFX1 reveals a new mode of DNA binding.
著者: Gajiwala, K.S. / Chen, H. / Cornille, F. / Roques, B.P. / Reith, W. / Mach, B. / Burley, S.K.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Co-crystal structure of the HNF-3/fork head DNA-recognition motif resembles histone H5
著者: Clark, K.L. / Halay, E.D. / Lai, E. / Burley, S.K.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of globular domain of histone H5 and its implications for nucleosome binding
著者: Ramakrishnan, V. / Finch, J. / Graziano, V. / Sweet, R.
#3: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1996
タイトル: A consensus motif in the RFX DNA binding domain and binding domain mutants with altered specificity
著者: Emery, P. / Strubin, M. / Hofmann, K. / Bucher, P. / Mach, B. / Reith, W.
#4: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1994
タイトル: RFX1, a transactivator of hepatitis B virus enhancer I, belongs to a novel family of homodimeric and heterodimeric DNA-binding proteins
著者: Reith, W. / Ucla, C. / Barras, E. / Gaud, A. / Durand, B. / Herrero-Sanchez, C. / Kobr, M. / Mach, B.
#5: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998
タイトル: DNA binding properties of a chemically synthesized DNA binding domain of hRFX1
著者: Cornille, F. / Emery, P. / Schuler, W. / Lenoir, C. / Mach, B. / Roques, B.P. / Reith, W.
履歴
登録1999年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*CP*GP*(BRU)P*TP*AP*CP*CP*AP*(BRU)P*GP*GP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
P: MHC CLASS II TRANSCRIPTION FACTOR HRFX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0875
ポリマ－13,8572
非ポリマー2303
水2,234124
1
D: DNA (5'-D(*CP*GP*(BRU)P*TP*AP*CP*CP*AP*(BRU)P*GP*GP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
P: MHC CLASS II TRANSCRIPTION FACTOR HRFX1
ヘテロ分子

D: DNA (5'-D(*CP*GP*(BRU)P*TP*AP*CP*CP*AP*(BRU)P*GP*GP*TP*AP*AP*CP*G)-3')
P: MHC CLASS II TRANSCRIPTION FACTOR HRFX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,17510
ポリマ－27,7144
非ポリマー4616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)72.843, 42.752, 52.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.21, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*(BRU)P*TP*AP*CP*CP*AP*(BRU)P*GP*GP*TP*AP*AP*CP*G)-3')


分子量: 5027.931 Da / 分子数: 1 / 断片: X-BOX / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 MHC CLASS II TRANSCRIPTION FACTOR HRFX1 / REGULATORY FACTOR X


分子量: 8829.081 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA BINDING DOMAIN / Mutation: C24N,C30S / 由来タイプ: 合成
詳細: SEQUENCE TAKEN FROM HUMAN MHC CLASS II TRANSCRIPTION FACTOR
参照: UniProt: P22670
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 400, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MAGNESIUM ACETATE11
2SODIUM CACODYLATE11
3PEG 40011
4PEG 40012
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %PEG4001reservoir
280 mMmagnesium acetate1reservoir
350 mMcacodylate1reservoir
41

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11201
21201
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンCHESS F210.9201
シンクロトロンNSLS X9A20.92
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD1999年2月3日
ADSC QUANTUM 42CCD1999年2月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.92011
20.921
反射解像度: 1.5→10 Å / Num. obs: 22780 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / % possible all: 94.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.5→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1947 10 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.192 22780 --
obs0.192 19335 79.3 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.162 Å20 Å20 Å2
2---3.466 Å20 Å2
3---0.304 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数624 325 10 131 1090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.79
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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