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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dar | ||||||
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タイトル | ELONGATION FACTOR G IN COMPLEX WITH GDP | ||||||
要素 | ELONGATION FACTOR GEF-G | ||||||
キーワード | TRANSLATIONAL GTPASE / RIBOSOMAL TRANSLOCASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Al-Karadaghi, S. / Aevarsson, A. / Garber, M. / Zheltonosova, J. / Liljas, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: The structure of elongation factor G in complex with GDP: conformational flexibility and nucleotide exchange. 著者: al-Karadaghi, S. / Aevarsson, A. / Garber, M. / Zheltonosova, J. / Liljas, A. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Ribosomal Translocase: Elongation Factor G from Thermus Thermophilus 著者: Aevarsson, A. / Brazhnikov, E. / Garber, M. / Zheltonosova, J. / Chirgadze, Y. / Al-Karadaghi, S. / Svensson, L.A. / Liljas, A. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994 タイトル: The Crystal Structure of Elongation Factor G Complexed with Gdp, at 2.7 A Resolution 著者: Czworkowski, J. / Wang, J. / Steitz, T.A. / Moore, P.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dar.cif.gz | 137.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dar.ent.gz | 105.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dar.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/1dar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/1dar | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76977.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.62 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 3 / 詳細: pH 3. | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Reshetnikova, L. S., (1983) FEBS Lett., 154, 149. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→10 Å / Num. obs: 32595 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 46 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 284145 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 46 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0 詳細: ATOMS WITH ZERO OCCUPANCY COULD NOT BE LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAP. RESIDUES 39 - 66 (THE EFFECTOR LOOP) COULD NOT BE LOCALIZED IN THE ELECTRON DENSITY MAP. DOMAIN III (APPROXIMATELY ...詳細: ATOMS WITH ZERO OCCUPANCY COULD NOT BE LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAP. RESIDUES 39 - 66 (THE EFFECTOR LOOP) COULD NOT BE LOCALIZED IN THE ELECTRON DENSITY MAP. DOMAIN III (APPROXIMATELY RESIDUES 400 - 480) IS DISORDERED. SOME PARTS WERE MODELED AS POLYALANINE. THESE INCLUDE RESIDUES 433 - 442, 448 - 456, 466 - 476.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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