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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bt0 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF UBIQUITIN-LIKE PROTEIN, RUB1 | ||||||
要素 | PROTEIN (UBIQUITIN-LIKE PROTEIN 7, RUB1) | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / RUB1 / UBIQUITIN-LIKE PROTEIN (ユビキチン様タンパク質) / ARABIDOPSIS (シロイヌナズナ属) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethylene biosynthetic process / response to auxin / protein neddylation / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / protein ubiquitination / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 細胞核 / 細胞膜 ...ethylene biosynthetic process / response to auxin / protein neddylation / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / protein ubiquitination / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Delacruz, W.P. / Fisher, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: The rub family of ubiquitin-like proteins. Crystal structure of Arabidopsis rub1 and expression of multiple rubs in Arabidopsis. 著者: Rao-Naik, C. / delaCruz, W. / Laplaza, J.M. / Tan, S. / Callis, J. / Fisher, A.J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Structure of Ubiquitin Refined at 1.8 Angstroms Resolution 著者: Vijay-Kumar, S. / Bugg, C.E. / Cook, W.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bt0.cif.gz | 29 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bt0.ent.gz | 18 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bt0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/1bt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/1bt0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ubiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8484.797 Da / 分子数: 1 / 変異: T1M, M2L, A60N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SHE7 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 7919 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.051 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 23228 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1UBI WITH NON-CONSERVED RESIDUES TRUNCATED INTO ALANINE 解像度: 1.7→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 461 Å2 / ksol: 1.018 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.246 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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