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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aq2 | |||||||||
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タイトル | PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASE | |||||||||
要素 | PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASEホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ | |||||||||
キーワード | KINASE (キナーゼ) / TRANSPHOSPHORYLATING / P-LOOP (Walkerモチーフ) / PROTEIN-ATP COMPLEX / NUCLEOTIDE-TRIPHOSPHATE HYDROLASE / LYASE (リアーゼ) / GLUCONEOGENESIS (糖新生) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) activity / 糖新生 / calcium ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Tari, L.W. / Matte, A. / Goldie, H. / Delbaere, L.T.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Mg(2+)-Mn2+ clusters in enzyme-catalyzed phosphoryl-transfer reactions. 著者: Tari, L.W. / Matte, A. / Goldie, H. / Delbaere, L.T. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of Escherichia Coli Phosphoenolpyruvate Carboxykinase: A New Structural Family with the P-Loop Nucleoside Triphosphate Hydrolase Fold 著者: Matte, A. / Goldie, H. / Sweet, R.M. / Delbaere, L.T. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Snapshot of an Enzyme Reaction Intermediate in the Structure of the ATP-Mg2+-Oxalate Ternary Complex of Escherichia Coli Pep Carboxykinase 著者: Tari, L.W. / Matte, A. / Pugazhenthi, U. / Goldie, H. / Delbaere, L.T. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystallization of the Calcium-Activated Phosphoenolpyruvate Carboxykinase from Escherichia Coli K12 著者: Delbaere, L.T. / Vandonselaar, M. / Glaeske, D. / Jabs, C. / Goldie, H. #4: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1990 タイトル: Sequence of the Pcka Gene of Escherichia Coli K-12: Relevance to Genetic and Allosteric Regulation and Homology of E. Coli Phosphoenolpyruvate Carboxykinase with the Enzymes from ...タイトル: Sequence of the Pcka Gene of Escherichia Coli K-12: Relevance to Genetic and Allosteric Regulation and Homology of E. Coli Phosphoenolpyruvate Carboxykinase with the Enzymes from Trypanosoma Brucei and Saccharomyces Cerevisiae 著者: Medina, V. / Pontarollo, R. / Glaeske, D. / Tabel, H. / Goldie, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aq2.cif.gz | 123.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aq2.ent.gz | 93.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aq2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aq2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1aylS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59709.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ORDERED MAGNESIUM AND MANGANESE IONS OBSERVED BOUND TO ATP 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 解説: NATIVE PROMOTER OF E. COLI PCKA GENE, HIGHLY AEROBIC GROWTH TO EARLY STATIONARY PHASE IN THE ABSENCE OF CARBOHYDRATES 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子 (発現宿主): PCKA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P22259, phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) |
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-非ポリマー , 5種, 236分子
#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#5: 化合物 | ChemComp-PYR / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | pH: 4.4 / 詳細: pH 4.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1996年10月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→60 Å / Num. obs: 39324 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 4.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→3 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 85 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AYL 解像度: 1.9→6 Å / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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