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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1and | ||||||
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タイトル | ANIONIC TRYPSIN MUTANT WITH ARG 96 REPLACED BY HIS | ||||||
要素 | ANIONIC TRYPSIN | ||||||
キーワード | SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / TRYPSIN (トリプシン) / ANIONIC (イオン) / HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Neutrophil degranulation / collagen catabolic process / トリプシン / 消化 / response to nutrient / serine-type endopeptidase activity ...抗微生物ペプチド / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Neutrophil degranulation / collagen catabolic process / トリプシン / 消化 / response to nutrient / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus rattus (エジプトネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Fletterick, R.J. / Mcgrath, M.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Structure of an engineered, metal-actuated switch in trypsin. 著者: McGrath, M.E. / Haymore, B.L. / Summers, N.L. / Craik, C.S. / Fletterick, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1and.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1and.ent.gz | 41.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1and.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/1and ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/1and | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23795.791 Da / 分子数: 1 / 変異: R96H / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00763, トリプシン |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 化合物 | ChemComp-BEN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 13200 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.07 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 26500 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→7 Å / Rfactor Rwork: 0.161 / Rfactor obs: 0.161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |