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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1amm | ||||||
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タイトル | 1.2 ANGSTROM STRUCTURE OF GAMMA-B CRYSTALLIN AT 150K | ||||||
要素 | GAMMA B-CRYSTALLIN | ||||||
キーワード | CRYSTALLIN (クリスタリン) / EYE LENS PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kumaraswamy, V.S. / Lindley, P.F. / Slingsby, C. / Glover, I.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: An eye lens protein-water structure: 1.2 A resolution structure of gammaB-crystallin at 150 K. 著者: Kumaraswamy, V.S. / Lindley, P.F. / Slingsby, C. / Glover, I.D. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: Structure of the Bovine Eye Lens Protein Gamma B (Gamma II) Crystallin at 1.47 Angstroms 著者: Najmudin, S. / Nalini, V. / Driessen, H.P.C. / Slingsby, C. / Blundell, T.L. / Moss, D.S. / Lindley, P.F. #2: ジャーナル: J.Chem.Soc.,Faraday Trans. / 年: 1993 タイトル: Structure of Gammab-Crystallin at 150K 著者: Lindley, P.F. / Najmudin, S. / Bateman, O. / Slingsby, C. / Myles, D.D. / Kumaraswamy, S. / Glover, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1amm.cif.gz | 55.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1amm.ent.gz | 39.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1amm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/1amm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/1amm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20992.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: EYE / 組織: EYE LENSLens (anatomy) / 参照: UniProt: P02526 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 0 K / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: CEA FILM / 検出器: FILM / 日付: 1992年8月1日 / 詳細: FOCUSSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.18→20 Å / Num. obs: 45977 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 88 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 173126 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88 % / Num. unique obs: 5317 / Num. measured obs: 16578 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.2→12 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 8.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.07 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: RESTRAIN / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 49721 / Rfactor obs: 0.185 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |