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- PDB-1a45: GAMMAF CRYSTALLIN FROM BOVINE LENS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a45
タイトルGAMMAF CRYSTALLIN FROM BOVINE LENS
要素GAMMAF CRYSTALLIN
キーワードEYE LENS PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / 視覚
類似検索 - 分子機能
クリスタリン / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin F
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Norledge, B.V. / Hay, R. / Bateman, O.A. / Slingsby, C. / White, H.E. / Moss, D.S. / Lindley, P.F. / Driessen, H.P.C.
引用
ジャーナル: Exp.Eye Res. / 年: 1997
タイトル: Towards a molecular understanding of phase separation in the lens: a comparison of the X-ray structures of two high Tc gamma-crystallins, gammaE and gammaF, with two low Tc gamma- ...タイトル: Towards a molecular understanding of phase separation in the lens: a comparison of the X-ray structures of two high Tc gamma-crystallins, gammaE and gammaF, with two low Tc gamma-crystallins, gammaB and gammaD.
著者: Norledge, B.V. / Hay, R.E. / Bateman, O.A. / Slingsby, C. / Driessen, H.P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Packing Interactions in the Eye-Lens. Structural Analysis, Internal Symmetry and Lattice Interactions of Bovine Gamma Iva-Crystallin
著者: White, H.E. / Driessen, H.P. / Slingsby, C. / Moss, D.S. / Lindley, P.F.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988
タイトル: The Use of Pseudosymmetry in the Rotation Function of Gamma Iva-Crystallin
著者: White, H.E. / Driessen, H.P. / Slingsby, C. / Moss, D.S. / Turnell, W.G. / Lindley, P.F.
#3: ジャーナル: Exp.Eye Res. / 年: 1983
タイトル: Purification and Crystallization of Mammalian Lens Gamma-Crystallins
著者: Slingsby, C. / Miller, L.R.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1978
タイトル: The Low-Resolution Structure Analysis of the Lens Protein Gamma-Crystallin
著者: Blundell, T.L. / Lindley, P.F. / Moss, D.S. / Slingsby, C. / Tickle, I.J. / Turnell, W.G.
履歴
登録1998年2月10日処理サイト: BNL
置き換え1998年6月17日ID: 2GCR
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMAF CRYSTALLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9851
ポリマ－20,9851
非ポリマー00
水3,729207
1
A: GAMMAF CRYSTALLIN

A: GAMMAF CRYSTALLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9712
ポリマ－41,9712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)35.100, 46.200, 186.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 GAMMAF CRYSTALLIN


分子量: 20985.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: LENS / 参照: UniProt: P23005
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUES HAVE BEEN NUMBERED ACCORDING TO THE HOMOLOGY WITH BOVINE LENS GAMMA B-CRYSTALLIN. ...THE RESIDUES HAVE BEEN NUMBERED ACCORDING TO THE HOMOLOGY WITH BOVINE LENS GAMMA B-CRYSTALLIN. THEREFORE, THERE IS A GAP AT RESIDUE 85 (NORLEDGE ET AL., 1997).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 %
解説: DATA WERE COLLECTED USING THE OSCILLATION METHOD ON AN ARNDT-WONACOTT CAMERA. THERE IS INCOMPLETE DATA TO 2.1 A.
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
pH: 6.86 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
113 %(w/v)PEG60001drop
20.05 Msodium phosphate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.5418
検出器検出器: FILM / 日付: 1983年6月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→24 Å / Num. obs: 6300 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.104

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
HANEEF精密化
HARRIS精密化
HOWLIN精密化
KHAN精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GCR

4gcr


解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 0
詳細: THE AUTHORS ALSO USED REFINEMENT PROGRAM RESTRAIN (DRIESSEN, HANEEF, HARRIS, HOWLIN, KHAN & MOSS, J. APPL. CRYSTALLOGR. 22, 510, 1989).
Rfactor反射数%反射
Rwork0.186 --
obs0.186 6115 88.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1481 0 0 207 1688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.623
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.478
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.478

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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