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- PDB-1a2q: SUBTILISIN BPN' MUTANT 7186 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a2q
タイトルSUBTILISIN BPN' MUTANT 7186
要素SUBTILISIN BPN'
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / SPORULATION (胞子)
機能・相同性
機能・相同性情報


サブチリシン / sporulation resulting in formation of a cellular spore / fibrinolysis / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アセトン / Subtilisin BPN'
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / DIFFERENCE MAP / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gilliland, G.L. / Whitlow, M. / Howard, A.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Large increases in general stability for subtilisin BPN' through incremental changes in the free energy of unfolding.
著者: Pantoliano, M.W. / Whitlow, M. / Wood, J.F. / Dodd, S.W. / Hardman, K.D. / Rollence, M.L. / Bryan, P.N.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1987
タイトル: Protein Engineering of Subtilisin Bpn': Enhanced Stabilization Through the Introduction of Two Cysteines to Form a Disulfide Bond
著者: Pantoliano, M.W. / Ladner, R.C. / Bryan, P.N. / Rollence, M.L. / Wood, J.F. / Poulos, T.L.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1986
タイトル: Proteases of Enhanced Stability: Characterization of a Thermostable Variant of Subtilisin
著者: Bryan, P.N. / Rollence, M.L. / Pantoliano, M.W. / Wood, J. / Finzel, B.C. / Gilliland, G.L. / Howard, A.J. / Poulos, T.L.
#3: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1971
タイトル: Atomic Coordinates for Subtilisin Bpn' (or Novo)
著者: Alden, R.A. / Birktoft, J.J. / Kraut, J. / Robertus, J.D. / Wright, C.S.
履歴
登録1998年1月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUBTILISIN BPN'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8765
ポリマ－27,6801
非ポリマー1964
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.640, 79.450, 37.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SUBTILISIN BPN'


分子量: 27679.691 Da / 分子数: 1 / 変異: T22C, S87C, G169A, N218S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
株: GX7186 / 細胞内の位置: SECRETED分泌 / プラスミド: PGX7186 / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): GX7186 / 参照: UniProt: P00782, サブチリシン
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACN / ACETONE / アセトン / アセトン


分子量: 58.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.25 % / 解説: THE DIFFRACTION DATA STATISTICS HAVE BEEN LOST.
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: CRYSTAL WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION OF 10 MG/ML PROTEIN IN 50 MM MES PH 6.5, 25 MM CACL2 AGAINST 55% ACETONE., vapor diffusion
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Bryan, P.N., (1986) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 1, 326.
pH: 9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
155 %acetone1reservoir
250 mMglycine-NaOH1droppH9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1987年1月31日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: HUBER MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.75 Å / Num. obs: 14470

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
PROLSQ/PROFFTモデル構築
PROFFT精密化
PROLSQ精密化
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE MAP / 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.145 -
all-14470
obs-13002
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1937 0 10 200 2147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0360.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.6461
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.0872
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.3091.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.0193
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0190.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1910.3
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.160.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1270.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1270.2
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.47.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor11.810
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor31.510
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor13.27.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.145
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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