[日本語] English
万見
- EMDB-9907: RdRp complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9907
タイトルRdRp complexRNA依存性RNAポリメラーゼ
マップデータNone
試料
  • ウイルス: Cypovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 5種
キーワードCypovirus / Transcription (転写 (生物学)) / RNA-dependent RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / VIRAL PROTEIN-RNA complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / CPV Capsid shell protein VP1, small protrusion domain / Inner layer core protein VP1-like, C-terminal / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Viral structural protein 4 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / VP1 / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Cypovirus 1 (サポウイルス 1) / Cypovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li XW
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of RdRps Within a Transcribing dsRNA Virus Provides Insights Into the Mechanisms of RNA Synthesis.
著者: Xiaowu Li / Li Wang / Xurong Wang / Wenyuan Chen / Tao Yang / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng /
要旨: RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) catalyze RNA synthesis of RNA viruses. During initiation of RNA synthesis, the RdRp catalyzes the formation of the first dinucleotide, acting as primer for ...RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) catalyze RNA synthesis of RNA viruses. During initiation of RNA synthesis, the RdRp catalyzes the formation of the first dinucleotide, acting as primer for subsequent processive RNA elongation. Here, we present the structure of the RdRp complexes in the dinucleotide primed state in situ within a transcribing cypovirus under near physiological conditions using cryo-electron microscopy. The 3' end of RNA templates, paired RNA dinucleotide primer, incoming nucleotide, and catalytic divalent cations in the RdRp were resolved at 3.8 Å resolution. The end of the RNA template and the dinucleotide is buttressed by the aromatic tyrosine in a loop from the RdRp bracelet domain. Our structure reveals the interactions between the nucleotide substrates and the conserved residues during the RdRp initiation, and the coordinated structural changes preceding the elongation stage. In addition, it provides the direct evidence for existence of the slow step of the dinucleotide primed state in the viral RdRp transcription.
履歴
登録2019年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月20日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6k32
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6k32
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9907.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 43.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.27 Å/pix.
x 225 pix.
= 285.75 Å		1.27 Å/pix.
x 225 pix.
= 285.75 Å		1.27 Å/pix.
x 225 pix.
= 285.75 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.27 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 25.0 / ムービー #1: 25
最小 - 最大-93.427059999999997 - 161.941570000000013
平均 (標準偏差)2.236893 (±16.143709999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-348-310-253
サイズ225225225
Spacing225225225
セルA=B=C: 285.75 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.271.271.27
M x/y/z225225225
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z285.750285.750285.750
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ929262
NX/NY/NZ290290360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-310-348-253
NC/NR/NS225225225
D min/max/mean-93.427161.9422.237

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Cypovirus

全体名称: Cypovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Cypovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Viral structural protein 4
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-D(*(3PO))-R(*AP*G)-3'
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 7-METHYLGUANOSINE7-メチルグアノシン
  • リガンド: DIPHOSPHATE
  • リガンド: 2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate)
  • リガンド: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: Cypovirus

超分子名称: Cypovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 / NCBI-ID: 10981 / 生物種: Cypovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

+
分子 #1: RNA-dependent RNA polymerase

分子名称: RNA-dependent RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
分子量理論値: 137.058922 KDa
組換発現生物種: invertebrate environmental sample (環境試料)
配列文字列: TKLHNTIFSE TRKFTRESFK EIEHLTARLA NDRVARHDFL FNTSIVLISD YSGEDSNGNQ LQATITIPNE IINPKEYDPS DYPLAEDES FFKQGHKYDY LVTFRAGSLT NTYEPKTKMY KLHAALDKLM HVKQRKSRFA DLWRELCAVI ASLDVWYQTT N YPLRTYVK ...文字列:
TKLHNTIFSE TRKFTRESFK EIEHLTARLA NDRVARHDFL FNTSIVLISD YSGEDSNGNQ LQATITIPNE IINPKEYDPS DYPLAEDES FFKQGHKYDY LVTFRAGSLT NTYEPKTKMY KLHAALDKLM HVKQRKSRFA DLWRELCAVI ASLDVWYQTT N YPLRTYVK LLFHKGDEFP FYESPSQDRI IFNDKSVASI LPTFVYTCCQ VGTAIMSGIL THVESIVAMN HFLHCAKDSY ID EKLKIKG IGRSWYQEAL HNVCQATVPV WSQFNEVIGH RTKSTSEPHF VSSTFISLRA KRAELLYPEF NAYINRAIQL SKT QNDVAN YYAACRAMTN DGTFLATLTE LSLDAAVFPR IEQHLVTRPA VLMSNTRHES LKQKYTNGVG SIAQSYLSSF TDEI AKRVN GRHHDEAWLN FLTTSSPGRK LTEIEKLEVG GDVAAWSNSR IVMQAVFARE YRTPERIFKS LKAPIKLVER QQSDR RQRA ISGLDNDRLF LSFMPYTIGK QIYELNDNAA QGKQAGNAFD IGEMLYWTSQ RNVLLSSIDV AGMDASVTTN TKDIYN TFV LDVASKCTVP RFGPYYAKNM EVFEAGNRQS QVRYVNAAWQ ACALEAANSQ TSTSYESEIF GQVKNAEGTY PSGRADT ST HHTVLLQGLV RGNELKRASD GKNSCLATIK ILGDDIMEIF QGSESDTYDH AVSNASILNE SGFATTAELS QNSIVLLQ Q LVVNGTFWGF ADRISLWTRE DTKDIGRLNL AMMELNALID DLVFRVRRPE GLKMLGFFCG AICLRRFTLS VDNKLYDST YNNLSKYMTL TKYDKNPDSD STLMSLILPL AWLFMPRGGE YPAYPFERRD GTFTEDESMF TARGAYKRRL LYDVSNIGEM IQQNSMALD DDLLHEYGFT GALLLIDLNI LDLIDEVKKE DISPVKVSEL ATSLEQLGKL GEREKSRRAA SDLKIRGHAL S NDIVYGYG LQEKIQKSAM ATKETTVQSK RVSSRLHDVI VAKTRDYKIS TIPADALHLH EFEVEDVTVD LLPHAKHTSY SS LAYNMSF GSDGWFAFAL LGGLDRSANL LRLDVASIRG NYHKFSYDDP VFKQGYKIYK SDATLLNDFF TAISAGPKEQ GIL LRAFAY YSLYGNVEYH YVLSPRQLFF LSDNPVSAER LVRIPPKYYV STQCRALYNI FSYLHILRSI ANNRGKRLKM VLHP GLIAY VRG

UniProtKB: RNA依存性RNAポリメラーゼ

+
分子 #2: Viral structural protein 4

分子名称: Viral structural protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
分子量理論値: 63.379449 KDa
組換発現生物種: invertebrate environmental sample (環境試料)
配列文字列: FAIDPLKHSK LYEEYGLYLR PHQINQEIKP TTIKKKELAP TIRSIKYASL IHSMLAEHAA RHNGTLINPR MYADMITLGN TKVTVTKGT PKAQIDTLKM NGLTVVSKSR RNNKKKPVSD TTATIDENTN AIVTYKALTE MSTLIESFRL PSGLTLIIFD D EKYQSLIP ...文字列:
FAIDPLKHSK LYEEYGLYLR PHQINQEIKP TTIKKKELAP TIRSIKYASL IHSMLAEHAA RHNGTLINPR MYADMITLGN TKVTVTKGT PKAQIDTLKM NGLTVVSKSR RNNKKKPVSD TTATIDENTN AIVTYKALTE MSTLIESFRL PSGLTLIIFD D EKYQSLIP NYINQLIAYT QPHIIPTWQG IADFSDTYLR SYFKRPFELT ASNLAAPQKH NLSPMTRSIF NNTGREDAVI RK LYGYGEY VFIKYEGCLI TWTGIYGEVT MMVNLSKRDL GLDVGDDYLK EYKKLLFYGV ITDAIPSGIS TRSTIMKISP HKM MNPSGG ALAVLSKFLE AVVSTNVINA TLVVYAEKGA GKTSFLSTYA EQLSLASGQV VGHLSSDAYG RWLAKTKDIE EPSF AYDYV LSLDTDDNES YYEQKASELL MSHGISEVAQ YELLSVRKKI KMMDEMNEVL IAQLENADTH SERNFYYMVS TGKTT PRIL IVEGHFNAQD ATIARTDTTV LLRTINDTTQ AMRDRQRGGV VQLFLRDTYY RLLPALHTTV YPFEMLESIK RWKWV

UniProtKB: Viral structural protein 4

+
分子 #5: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
分子量理論値: 136.769422 KDa
組換発現生物種: invertebrate environmental sample (環境試料)
配列文字列: VQSRTDVFNE QFANEALHPM TKVIFNGLDV NTEVQPLSDD FKQISDPKGY LTYSVKYEDQ FTKKDKLRAS EADDRIVGPT VNLFKYGAA VVNIDLNRDF FDTATGIDLT KGIPLVQDLL VPIGVTAGAE QSAEYVSGLL MVLFKVMTDN RLVIVGETTT P MSNTLSTV ...文字列:
VQSRTDVFNE QFANEALHPM TKVIFNGLDV NTEVQPLSDD FKQISDPKGY LTYSVKYEDQ FTKKDKLRAS EADDRIVGPT VNLFKYGAA VVNIDLNRDF FDTATGIDLT KGIPLVQDLL VPIGVTAGAE QSAEYVSGLL MVLFKVMTDN RLVIVGETTT P MSNTLSTV VNNVLRTTYH NNVGVNPALL RDFTQVNWLN RDITNMLQQA GTKYGLGLTE TRLDYVRLVK TIVGHALNID HF AASVLNI NLRALMEANV TADDRIKALQ AHSMISTQFH GPNQGALRPE LAFDHDHIIR CLMLAAANYP RLEGIIVQIN TGY VASANV IRPVSEKRYF PENLEQNQSA ARLVSAVKAR ASEADISSIH LAIAREVSPM FNVHELKKIA ESFEDPSSIV VVLE FILFA LFFPTEFNRI KGDIQNVLLL FFSRWYPVEY GIFIQRGATY TINAAGEFEF SGRNEKWDQS LYLSEHFPAL FSDVP LAGA NTIIAIMRLF TPQGFLRTDD LAIAANFPRA SRNPQTYIPY TNQRGTVTNE FASRFRTIVA TLANVVNERA VQDDMQ KAT RSCTKQWLRH LETQFDNIAV AHTDHLSVVY ATMSNFMLNF TNNFSGNHAT FKPDQYVITS PEGSYKPIIE RQGETVD GL TIIDTSIVWP ILCQCTYPLV RQSGKGVDAV SIMEEIVYPD PSTTLSQSLS VAQVLSKLTL PDAFINMILS GGDSVVMR T YQTEADDDLD EGIRMTTYDQ YLSHIRERLH ITNVPDPIYI TGASTPDQIA ASVQATHVAV VLYQSGVING SASTYLREN EVLVVMPDYY DVVSRFANAN LQMNNNRYHE SVLEIADIFD QADFIQTSDA VRQLRALMPT LSTSQIRHAI ERIAQITDVD STDYGKLTL RFLGTLTRSL KMQNAQIRRI RPDGTVLRYD DQIDIEAFRW SRYFLDELRL RRLSVGLRLI TNPRIARRFD G VRIMYLTD DDPDPDFVPD VPEGYVAVQY AHRLFSSSLA NKRNRVTYTH PPTGMAYPSP TGRPHVHMTI NERAGMSKLV AD NIIASVI KSNWVVDIHD IEYTAEVMTP SEGYTQHVDA ESIMTAPKGK LFHLQFMDGL LRPEPSAFDP PASGEDMRLI YPL QPISVA RSMRAIVNHN EVDRPRGAVA PSSYEMDTGT LSRNGDLLYS PVANGQVGIP KLEVDHISFS NVVSMMTANI RTGD DMAVE RVNPDDVRAI NIRNA

UniProtKB: VP1

+
分子 #6: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
分子量理論値: 135.002609 KDa
組換発現生物種: invertebrate environmental sample (環境試料)
配列文字列: ALHPMTKVIF NGLDVNTEVQ PLSDDFKQIS DPKGYLTYSV KYEDQFTKKD KLRASEADDR IVGPTVNLFK YGAAVVNIDL NRDFFDTAT GIDLTKGIPL VQDLLVPIGV TAGAEQSAEY VSGLLMVLFK VMTDNRLVIV GETTTPMSNT LSTVVNNVLR T TYHNNVGV ...文字列:
ALHPMTKVIF NGLDVNTEVQ PLSDDFKQIS DPKGYLTYSV KYEDQFTKKD KLRASEADDR IVGPTVNLFK YGAAVVNIDL NRDFFDTAT GIDLTKGIPL VQDLLVPIGV TAGAEQSAEY VSGLLMVLFK VMTDNRLVIV GETTTPMSNT LSTVVNNVLR T TYHNNVGV NPALLRDFTQ VNWLNRDITN MLQQAGTKYG LGLTETRLDY VRLVKTIVGH ALNIDHFAAS VLNINLRALM EA NVTADDR IKALQAHSMI STQFHGPNQG ALRPELAFDH DHIIRCLMLA AANYPRLEGI IVQINTGYVA SANVIRPVSE KRY FPENLE QNQSAARLVS AVKARASEAD ISSIHLAIAR EVSPMFNVHE LKKIAESFED PSSIVVVLEF ILFALFFPTE FNRI KGDIQ NVLLLFFSRW YPVEYGIFIQ RGATYTINAA GEFEFSGRNE KWDQSLYLSE HFPALFSDVP LAGANTIIAI MRLFT PQGF LRTDDLAIAA NFPRASRNPQ TYIPYTNQRG TVTNEFASRF RTIVATLANV VNERAVQDDM QKATRSCTKQ WLRHLE TQF DNIAVAHTDH LSVVYATMSN FMLNFTNNFS GNHATFKPDQ YVITSPEGSY KPIIERQGET VDGLTIIDTS IVWPILC QC TYPLVRQSGK GVDAVSIMEE IVYPDPSTTL SQSLSVAQVL SKLTLPDAFI NMILSGGDSV VMRTYQTEAD DDLDEGIR M TTYDQYLSHI RERLHITNVP DPIYITGAST PDQIAASVQA THVAVVLYQS GVINGSASTY LRENEVLVVM PDYYDVVSR FANANLQMNN NRYHESVLEI ADIFDQADFI QTSDAVRQLR ALMPTLSTSQ IRHAIERIAQ ITDVDSTDYG KLTLRFLGTL TRSLKMQNA QIRRIRPDGT VLRYDDQIDI EAFRWSRYFL DELRLRRLSV GLRLITNPRI ARRFDGVRIM YLTDDDPDPD F VPDVPEGY VAVQYAHRLF SSSLANKRNR VTYTHPPTGM AYPSPTGRPH VHMTINERAG MSKLVADNII ASVIKSNWVV DI HDIEYTA EVMTPSEGYT QHVDAESIMT APKGKLFHLQ FMDGLLRPEP SAFDPPASGE DMRLIYPLQP ISVARSMRAI VNH NEVDRP RGAVAPSSYE MDTGTLSRNG DLLYSPVANG QVGIPKLEVD HISFSNVVSM MTANIRTGDD MAVERVNPDD VRAI NIRNA

UniProtKB: VP1

+
分子 #7: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
分子量理論値: 137.422234 KDa
組換発現生物種: invertebrate environmental sample (環境試料)
配列文字列: KKPPTVVQSR TDVFNEQFAN EALHPMTKVI FNGLDVNTEV QPLSDDFKQI SDPKGYLTYS VKYEDQFTKK DKLRASEADD RIVGPTVNL FKYGAAVVNI DLNRDFFDTA TGIDLTKGIP LVQDLLVPIG VTAGAEQSAE YVSGLLMVLF KVMTDNRLVI V GETTTPMS ...文字列:
KKPPTVVQSR TDVFNEQFAN EALHPMTKVI FNGLDVNTEV QPLSDDFKQI SDPKGYLTYS VKYEDQFTKK DKLRASEADD RIVGPTVNL FKYGAAVVNI DLNRDFFDTA TGIDLTKGIP LVQDLLVPIG VTAGAEQSAE YVSGLLMVLF KVMTDNRLVI V GETTTPMS NTLSTVVNNV LRTTYHNNVG VNPALLRDFT QVNWLNRDIT NMLQQAGTKY GLGLTETRLD YVRLVKTIVG HA LNIDHFA ASVLNINLRA LMEANVTADD RIKALQAHSM ISTQFHGPNQ GALRPELAFD HDHIIRCLML AAANYPRLEG IIV QINTGY VASANVIRPV SEKRYFPENL EQNQSAARLV SAVKARASEA DISSIHLAIA REVSPMFNVH ELKKIAESFE DPSS IVVVL EFILFALFFP TEFNRIKGDI QNVLLLFFSR WYPVEYGIFI QRGATYTINA AGEFEFSGRN EKWDQSLYLS EHFPA LFSD VPLAGANTII AIMRLFTPQG FLRTDDLAIA ANFPRASRNP QTYIPYTNQR GTVTNEFASR FRTIVATLAN VVNERA VQD DMQKATRSCT KQWLRHLETQ FDNIAVAHTD HLSVVYATMS NFMLNFTNNF SGNHATFKPD QYVITSPEGS YKPIIER QG ETVDGLTIID TSIVWPILCQ CTYPLVRQSG KGVDAVSIME EIVYPDPSTT LSQSLSVAQV LSKLTLPDAF INMILSGG D SVVMRTYQTE ADDDLDEGIR MTTYDQYLSH IRERLHITNV PDPIYITGAS TPDQIAASVQ ATHVAVVLYQ SGVINGSAS TYLRENEVLV VMPDYYDVVS RFANANLQMN NNRYHESVLE IADIFDQADF IQTSDAVRQL RALMPTLSTS QIRHAIERIA QITDVDSTD YGKLTLRFLG TLTRSLKMQN AQIRRIRPDG TVLRYDDQID IEAFRWSRYF LDELRLRRLS VGLRLITNPR I ARRFDGVR IMYLTDDDPD PDFVPDVPEG YVAVQYAHRL FSSSLANKRN RVTYTHPPTG MAYPSPTGRP HVHMTINERA GM SKLVADN IIASVIKSNW VVDIHDIEYT AEVMTPSEGY TQHVDAESIM TAPKGKLFHL QFMDGLLRPE PSAFDPPASG EDM RLIYPL QPISVARSMR AIVNHNEVDR PRGAVAPSSY EMDTGTLSRN GDLLYSPVAN GQVGIPKLEV DHISFSNVVS MMTA NIRTG DDMAVERVNP DDVRAINIRN A

UniProtKB: VP1

+
分子 #3: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
分子量理論値: 1.507928 KDa
配列文字列:
UUACU

+
分子 #4: RNA (5'-D(*(3PO))-R(*AP*G)-3'

分子名称: RNA (5'-D(*(3PO))-R(*AP*G)-3' / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
分子量理論値: 869.394 Da
配列文字列:
(3PO)AG

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: 7-METHYLGUANOSINE

分子名称: 7-METHYLGUANOSINE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG7
分子量理論値: 298.275 Da
Chemical component information

ChemComp-MG7:
7-METHYLGUANOSINE / N7-メチルグアノシン / 7-メチルグアノシン

+
分子 #10: DIPHOSPHATE

分子名称: DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: DPO
分子量理論値: 173.943 Da
Chemical component information

ChemComp-DPO:
DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト / ピロリン酸塩

+
分子 #11: 2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate)

分子名称: 2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate) / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: A2M
分子量理論値: 361.248 Da
Chemical component information

ChemComp-0AV:
2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate)

+
分子 #12: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: UTP
分子量理論値: 484.141 Da
Chemical component information

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM / ウリジン三リン酸

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100000

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る