+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7103 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of E.coli his pause elongation complex without pause hairpin | |||||||||
マップデータ | CryoEM structure of E.coli his pause elongation complex without pause hairpin | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | DNA-dependent RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / paused elongation complex / transcription-dna-rna complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kang JY / Darst SA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2018 タイトル: RNA Polymerase Accommodates a Pause RNA Hairpin by Global Conformational Rearrangements that Prolong Pausing. 著者: Jin Young Kang / Tatiana V Mishanina / Michael J Bellecourt / Rachel Anne Mooney / Seth A Darst / Robert Landick / 要旨: Sequence-specific pausing by RNA polymerase (RNAP) during transcription plays crucial and diverse roles in gene expression. In bacteria, RNA structures are thought to fold within the RNA exit channel ...Sequence-specific pausing by RNA polymerase (RNAP) during transcription plays crucial and diverse roles in gene expression. In bacteria, RNA structures are thought to fold within the RNA exit channel of the RNAP and can increase pause lifetimes significantly. The biophysical mechanism of pausing is uncertain. We used single-particle cryo-EM to determine structures of paused complexes, including a 3.8-Å structure of an RNA hairpin-stabilized, paused RNAP that coordinates RNA folding in the his operon attenuation control region of E. coli. The structures revealed a half-translocated pause state (RNA post-translocated, DNA pre-translocated) that can explain transcriptional pausing and a global conformational change of RNAP that allosterically inhibits trigger loop folding and can explain pause hairpin action. Pause hairpin interactions with the RNAP RNA exit channel suggest how RNAP guides the formation of nascent RNA structures. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7103.map.gz | 115.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-7103-v30.xml emd-7103.xml | 23 KB 23 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7103.png | 55 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7103.cif.gz | 8.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7103 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7103 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CryoEM structure of E.coli his pause elongation complex without pause hairpin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : E.coli his pause elongation complex without pause hairpin
+超分子 #1: E.coli his pause elongation complex without pause hairpin
+分子 #1: DNA (32-MER)
+分子 #2: DNA (32-MER)
+分子 #3: RNA (29-MER)
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris pH8.0, 150 mM potassium glutamate, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT |
グリッド | モデル: C-flat / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 29500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-50 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2910 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 72.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 408000 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 43900 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-6bjs: |