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- EMDB-6710: Structure of the 30S small subunit of chloroplast ribosome from s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6710
タイトルStructure of the 30S small subunit of chloroplast ribosome from spinach
マップデータ
試料
  • 複合体: 30S small subunit of chloroplast ribosome from spinach
    • タンパク質・ペプチド: x 25種
    • RNA: x 1種
キーワードCryo-EM (低温電子顕微鏡法) / ribosome (リボソーム) / chloroplast ribosome (葉緑体)
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / primary metabolic process / mitochondrial small ribosomal subunit / 色素体 / 葉緑体 / ribosomal small subunit binding / 葉緑体 / ribosomal small subunit biogenesis ...plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / primary metabolic process / mitochondrial small ribosomal subunit / 色素体 / 葉緑体 / ribosomal small subunit binding / 葉緑体 / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / ミトコンドリア / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosomal protein S1-like ...Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosomal protein S1-like / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / 30S ribosomal protein / S1 domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / S1 domain / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / RNA認識モチーフ / Ribosomal protein S3, bacterial-type / RNA認識モチーフ / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / Ribosomal protein S5, bacterial-type / RNA recognition motif domain / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein cS22 / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein cS23 / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c ...Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein cS22 / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein cS23 / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Small ribosomal subunit protein uS2c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein bS16c / Small ribosomal subunit protein bS1c / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy / 30S ribosomal protein S20, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS13c / Small ribosomal subunit protein cS22 / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Small ribosomal subunit protein cS23 / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS5c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Ahmed T / Shi J
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
MOEAcRF Tier 1, 2014-T1-001-019 (RG32/14) シンガポール
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: Unique localization of the plastid-specific ribosomal proteins in the chloroplast ribosome small subunit provides mechanistic insights into the chloroplastic translation.
著者: Tofayel Ahmed / Jian Shi / Shashi Bhushan /
要旨: Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, ...Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, cS23, bTHXc, cL37 and cL38) which have been suggested to play important regulatory roles in translation. However, their exact locations on the chloroplast ribosome remain elusive due to lack of a high-resolution structure, hindering our progress to understand their possible roles. Here we present a cryo-EM structure of the 70S chloroplast ribosome from spinach resolved to 3.4 Å and focus our discussion mainly on the architecture of the 30S small subunit (SSU) which is resolved to 3.7 Å. cS22 localizes at the SSU foot where it seems to compensate for the deletions in 16S rRNA. The mRNA exit site is highly remodeled due to the presence of cS23 suggesting an alternative mode of translation initiation. bTHXc is positioned at the SSU head and appears to stabilize the intersubunit bridge B1b during thermal fluctuations. The translation factor plastid pY binds to the SSU on the intersubunit side and interacts with the conserved nucleotide bases involved in decoding. Most of the intersubunit bridges are conserved compared to the bacteria, except for a new bridge involving uL2c and bS6c.
履歴
登録2017年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月7日-
マップ公開2017年6月7日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5x8r
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6710.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6710.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.17213282 - 0.3157689
平均 (標準偏差)0.0006205938 (±0.008562695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 403.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z403.200403.200403.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.1720.3160.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 30S small subunit of chloroplast ribosome from spinach

全体名称: 30S small subunit of chloroplast ribosome from spinach
要素
  • 複合体: 30S small subunit of chloroplast ribosome from spinach
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: protein S20
    • タンパク質・ペプチド: protein S21
    • タンパク質・ペプチド: protein plastid pY
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: protein cS23
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: protein cS22
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14, chloroplasticリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: protein bTHXc
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S1, chloroplasticリボソーム

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超分子 #1: 30S small subunit of chloroplast ribosome from spinach

超分子名称: 30S small subunit of chloroplast ribosome from spinach
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#26
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 1.7 MDa

+
分子 #1: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 26.736141 KDa
配列文字列: MTRRYWNINL EEMMEAGVHF GHGTRKWNPR MSPYISAKCK GIHIINLTRT ARFLSEACDL VFDASSRGKQ FLIVGTKNKA ADSVARAAI RARCHYVNKK WLGGMLTNWS TTETRLHKFR DLRMEQTAGR LARLPKRDAA VVKRQLSHLQ TYLGGIKYMT G LPDIVIIV ...文字列:
MTRRYWNINL EEMMEAGVHF GHGTRKWNPR MSPYISAKCK GIHIINLTRT ARFLSEACDL VFDASSRGKQ FLIVGTKNKA ADSVARAAI RARCHYVNKK WLGGMLTNWS TTETRLHKFR DLRMEQTAGR LARLPKRDAA VVKRQLSHLQ TYLGGIKYMT G LPDIVIIV DQQEEYTALR ECITLGIPTI CLIDTNCNPD LADISIPAND DAIASIRLIL TKLVFAICEG RSSYIRNP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2c

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.965156 KDa
配列文字列: MGQKINPLGF RLGTTQSHYS LWFSQPKNYA EGLQEDQKIR DCIKNYVQKN TKTSSGVEGI ARIEIQKRID LIQVIIHMGF PKLLIENRP QGVEDLKINV QKELNCVNRK LNIAITRIAK PYGDPNILAE FIAGQLKSRV SFRKAMKKAI ELTEQADTKG I QIQIAGRI ...文字列:
MGQKINPLGF RLGTTQSHYS LWFSQPKNYA EGLQEDQKIR DCIKNYVQKN TKTSSGVEGI ARIEIQKRID LIQVIIHMGF PKLLIENRP QGVEDLKINV QKELNCVNRK LNIAITRIAK PYGDPNILAE FIAGQLKSRV SFRKAMKKAI ELTEQADTKG I QIQIAGRI DGKEIARIEW IREGRVPLQT IRAKIDYCAY TVRTIYGVLG IKIWIFMGEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3c

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 27.69658 KDa
配列文字列: CIKKDDIDIT FFEQDNPDEE ITFDPPEKPE GYIPPRAVDE PPFESEEEIA LAYEELYGAA YSGESLLGND VYAMDSKIKK ATGFGSKSK KEKIRDGFEE NVVQVRRVTK VVKGGKHMRF RAIVVVGDKK GQVGVGVGKA KEVVSAVQKA AVDARRNIIT V PMTKYLTF ...文字列:
CIKKDDIDIT FFEQDNPDEE ITFDPPEKPE GYIPPRAVDE PPFESEEEIA LAYEELYGAA YSGESLLGND VYAMDSKIKK ATGFGSKSK KEKIRDGFEE NVVQVRRVTK VVKGGKHMRF RAIVVVGDKK GQVGVGVGKA KEVVSAVQKA AVDARRNIIT V PMTKYLTF PHRNEADYGA ARVMLRPAAP GTGVIAGGAV RTVLEMAGVE NALGKQLGSN NALNNARATI VAVQTMRQFS DV ARDRGIP MEELWK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5c

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.341423 KDa
配列文字列:
DFSGSFFEGG FGGLDEDPPS TPPAGLAVEE KPEPQCPPGL RQYETMAVLR PDMTEDERLT LTQKYEELLV AGGAMYVEVF NRGVIPLAY SIKRKNKAGE TNNYLDGIYL LFTYFTKPES ISPLEAALVT DDDVIRSSSF KIRKRKY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6c alpha

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.378309 KDa
配列文字列:
MSRRGTVEEK TAKSDPIYRN RLVNMLVNRI LKHGKKSLAY QILYRAVKKI QQKTETNPLS VLRQAIRGVT PDIAVKARRV GGSTHQVPI EIGSTQGKAL AIRWLLGAAR KRPGRNMAFK LSSELVDAAK GSGDAVRKKE ETHRMAEANR AFAHFR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.527256 KDa
配列文字列:
MGKDTIADII TCIRNADMNR KGTVRIVSTN ITENIVKILL REGFIENARK HQERNKYFLV LTLRHRRNKK GPYLNTFHLK RVSRPGLRI YSNYQRIPRI LGGMGIAILS TSRGIMTDRE ARLEGIGGEI LCYIW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8c

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S9, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S9, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.092791 KDa
配列文字列:
TSATAPVEVA ETADLEKFVK SRLPGGFAAQ TVIGTGRRKC AIARVVLQEG TGKFIINYRD AKEYLQGNPL WLQYVKTPLA TLGYETNYD VFVKAHGGGL SGQAQAISLG VARALLKVSA SHRAPLKQEG LLTRDSRIVE RKKPGLKKAR KAPQFSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9c

+
分子 #8: protein S10

分子名称: protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.882167 KDa
配列文字列:
SFEDGSETSK ISIAADSDQM APKQKIRIKL RSYWVPLIED SCKQIMDAAR TTNAKIMGPV PLPTKKRIYC VLKSPHVHKD ARFHFEIRT HQRLIDILYP TAQTIDSLMQ LDLPAGVDVE VKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10c

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.927551 KDa
配列文字列:
MAKPIPKIGS RRNGRISSRK SARKIPKGVI HVQASFNNTI VTVTDVRGRV VSWASAGTCG FRGTKRGTPF AAQTAAGNAI RTVVEQGMQ RAEVMIKGPG LGRDAALRAI RRSGILLSFV RDVTPMPHNG CRPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11c

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.794261 KDa
配列文字列:
MPTIKQLIRN TRQPIRNVTK SPALRGCPQR RGTCTRVYTI TPKKPNSALR KVARVRLTSG FEITAYIPGI GHNLQEHSVV LVRGGRVKD LPGVRYHIVR GTLDAVGVKD RQQGRSKYGV KKPK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S13, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S13, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.418822 KDa
配列文字列:
ARGRSSSVSF PAPKKGGIGH GGLQIECIRI GGVEIPNHKR VEYSLQYIHG IGRSRSRQIL LDLNFDNKVT KDLSEEEVII LRKEKRFNR VAIERLKEIR CYRGIRHKLG LPVRGQRTKN NCRTLKG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13c

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.778763 KDa
配列文字列:
MKKNSFISVI SDEKKEENKG SVEFQVFCFT NKIRRLTLHL ELHKKDYSSQ RGLRKTLGKR QRLLAYLLKI NGVRYKELIS KLNIRELKT R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15c

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.454237 KDa
配列文字列:
MVKLRLKRCG RKQRAVYRIV AIDVRSRREG RDLQKVGFYD PIKSQTYLNV PAILDFLEKG AQPTETVYDI LKRAEVFKEF RLNQTKFN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16c

+
分子 #14: protein S17

分子名称: protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.195099 KDa
配列文字列:
MRSMQGKVIC ATNDKTVNVE VVRLAPHPKY KRRVRKKKKY QAHDPDNQFK VGDWVQLDKC RPISKTKTFL AVAPEGRQSS ATRPKPIQA ASDELGIPLE SQVEGDKTV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17c

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.079137 KDa
配列文字列:
MDKSKRPFIK SKRSFRRRLP PIQSGDRIDY RNMSLISRFI SEQGKILSRR VNRLTLKQQR LITSAIKQAR ILSLLPFLNN EKQFERTES TTRTANFRTK NK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18c

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.6325 KDa
配列文字列:
MTRSLKKNPF VANHLLRKIE KLNKKAEKEI IVTWSRASTI IPTMIGHTIA IHNGREHLPI YITDRMVGHK LGEFAPTLNF RGHAKNDNK SRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19c

+
分子 #17: protein S20

分子名称: protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.17809 KDa
配列文字列:
ADSAAKRTRQ AETRRLRNKA RKSEVKTRMR KVFEALDALK KKSGASTEEL VPIDNLIAEA YSAIDKAVVK GTLHRNTAAR RKSRLARNK KVVEIHHGWY TPSLAPTNV

+
分子 #18: protein S21

分子名称: protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.096171 KDa
配列文字列:
ISSKKHENAA IAKKEEYPGD LMAVVCPSLA FSNTLYFRSA YNVQVLVDDN ENEERLLNRF RREVMRAGVI QECKRRRYFE NKQEEKKRK HREAAKRNSR RRRGPFRGPF PGKEEATKVD KKEDDGDNWD MPEGGAPF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21c

+
分子 #19: protein plastid pY

分子名称: protein plastid pY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 26.85133 KDa
配列文字列: SWDGPLSSVK LILQGRNLEV SDNVRSHVED KVGKSVAKHS HLVREVDVRL SARGGDLSKG PKLRRCEVTL FTKRHGVIRA EEDAESLYS SIDLVSSIIQ RKLRKIKDKV SDHGRHMKGF NRSKVRDPEP VRITREEVLE EVESAPAPVS VEDDDFIEEV V RTKYFDMP ...文字列:
SWDGPLSSVK LILQGRNLEV SDNVRSHVED KVGKSVAKHS HLVREVDVRL SARGGDLSKG PKLRRCEVTL FTKRHGVIRA EEDAESLYS SIDLVSSIIQ RKLRKIKDKV SDHGRHMKGF NRSKVRDPEP VRITREEVLE EVESAPAPVS VEDDDFIEEV V RTKYFDMP PLTITEAVEQ LENVDHDFYA FRNEETGDIN ILYKRKEGGY GLIIPKDGKT EKLESLPVQT DKQPSFAE

UniProtKB: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic

+
分子 #21: protein cS23

分子名称: protein cS23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.808066 KDa
配列文字列:
VAPETISDVA IMGNEVDIDD DLLVNKEKLK VLVKPMDKPR LVLKFIWMEK NIGLALDQTI PGHGTVPLSP YYFWPRKDAW EELKVLLEN KPWISQKQMI ILLNQATDII NLWQQSGGNL AS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein cS23

+
分子 #22: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.454531 KDa
配列文字列: MSRYRGPRFK KIRRLGALPG LTNKRPRAGS DLRNQSRSGK RSQYRIRLEE KQKLRFHYGI TERQLLKYVR IARKAKGSTG QVLLQLLEM RLDNILFRLG MAPTIPGARQ LVNHRHILVN GRIVDIPSYR CKPQDTIMAR DEQKSIALIQ NSLDLSPREE L PKHLTLNP ...文字列:
MSRYRGPRFK KIRRLGALPG LTNKRPRAGS DLRNQSRSGK RSQYRIRLEE KQKLRFHYGI TERQLLKYVR IARKAKGSTG QVLLQLLEM RLDNILFRLG MAPTIPGARQ LVNHRHILVN GRIVDIPSYR CKPQDTIMAR DEQKSIALIQ NSLDLSPREE L PKHLTLNP FPYKGLVNQI IDSKWVGLKI NELLVVEYYS RQT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4c

+
分子 #23: protein cS22

分子名称: protein cS22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 21.691145 KDa
配列文字列: VVTEETSSSS TASSSSDGEG ARRLYVGNIP RNLNNDELRT IVEEHGAIEI AEVMYDKYSG RSRRFGFVTM KTVEDANAVI EKLNDTEIG GRKIKVNITE KPLEGMDIAT TQAEDSQFVE SPYKVYIGNL AKTVTNELLK DFFSEKGKVL GAKVQRTPGT S KSNGFGFV ...文字列:
VVTEETSSSS TASSSSDGEG ARRLYVGNIP RNLNNDELRT IVEEHGAIEI AEVMYDKYSG RSRRFGFVTM KTVEDANAVI EKLNDTEIG GRKIKVNITE KPLEGMDIAT TQAEDSQFVE SPYKVYIGNL AKTVTNELLK DFFSEKGKVL GAKVQRTPGT S KSNGFGFV SFSSEEEVEA AIQALNNSVL EGQKIRVNKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein cS22

+
分子 #24: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 11.809832 KDa
配列文字列:
MARKSLIQRE KKRRNLEQKY HLIRRSSKQE IRKVTSLSDK WEIHGKLQSP PRNSAPARLH RRCFLTGRPR ANIRDFGLSG HILREMVHT CLLPGATRSS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14c

+
分子 #25: protein bTHXc

分子名称: protein bTHXc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 5.188887 KDa
配列文字列:
GRGDRKTAKG KRFNHSFGNA RPKNKNKGRG PPKAPIFPKG DPSQKED

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bTHXc

+
分子 #26: 30S ribosomal protein S1, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 40.472961 KDa
配列文字列: AVAVSNAQTR ERQKLKQLFE DAYERCRNAP MEGVSFTIDD FHTALDKYDF NSEMGSRVKG TVFCTDANGA LVDITAKSSA YLPLAEACI YRIKNVEEAG IIPGVREEFV IIGENEADDS LILSLRQIQY ELAWERCRQL QAEDVVVKGK IVGANKGGVV A LVEGLRGF ...文字列:
AVAVSNAQTR ERQKLKQLFE DAYERCRNAP MEGVSFTIDD FHTALDKYDF NSEMGSRVKG TVFCTDANGA LVDITAKSSA YLPLAEACI YRIKNVEEAG IIPGVREEFV IIGENEADDS LILSLRQIQY ELAWERCRQL QAEDVVVKGK IVGANKGGVV A LVEGLRGF VPFSQISSKS SAEELLEKEI PLKFVEVDEE QSRLVMSNRK AMADSQAQLG IGSVVTGTVQ SLKPYGAFID IG GINGLLH VSQISHDRVS DIATVLQPGD TLKVMILSHD RERGRVSLST KKLEPTPGDM IRNPKLVFEK AEEMAQTFRQ RIA QAEAMA RADMLRFQPE SGLTLSSDGI LGPLTSDLPA EGLDLSVVPP AVES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS1c

+
分子 #20: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 20 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 483.4665 KDa
配列文字列: UCUCAUGGAG AGUUCGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCAUGCUU AACACAUGCA AGUCGGACGG GAAGUGGUGU UUCCAGUGG CGGACGGGUG AGUAACGCGU AAGAACCUGC CCUUGGGAGG GGAACAACAG CUGGAAACGG CUGCUAAUAC C CCGUAGGC ...文字列:
UCUCAUGGAG AGUUCGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCAUGCUU AACACAUGCA AGUCGGACGG GAAGUGGUGU UUCCAGUGG CGGACGGGUG AGUAACGCGU AAGAACCUGC CCUUGGGAGG GGAACAACAG CUGGAAACGG CUGCUAAUAC C CCGUAGGC UGAGAAGCAA AAGGAGGAAU CCGCCCGAGG AGGGGCUCGC GUCUGAUUAG CUAGUUGGUG AGGUAAUAGC UU ACCAAGG CGAUGAUCAG UAGCUGGUCC GAGAGGAUGA UCAGCCACAC UGGGACUGAG ACACGGCCCA GACUCCUACG GGA GGCAGC AGUGGGGAAU UUUCCGCAAU GGGCGAAAGC CUGACGGAGC AAUGCCGCGU GGAGGCAGAA GGCCCACGGG UCGU GAACU UCUUUUCCCG GAGAAGAAGC AAUGACGGUA UCCGGGGAAU AAGCAUCGGC UAACUCUGUG CCAGCAGCCG CGGUA AGAC AGAGGAUGCA AGCGUUAUCC GGAAUGAUUG GGCGUAAAGC GUCUGUAGGU GGCUUUUUAA GUCCGCCGUC AAAUCC CAG GGCUCAACCC UGGACAGGCG GUGGAAACUA CCAAGCUGGA GUACGGUAGG GGCAGAGGGA AUUUCCGGUG GAGCGGU GA AAUGCGUAGA GAUCGGAAAG AACACCAACG GCGAAAGCAC UCUGCUGGGC CGACACUGAC ACUGAGAGAC GAAAGCUA G GGGAGCGAAU GGGAUUAGAU ACCCCAGUAG UCCUAGCCGU AAACGAUGGA UACUAGGCGC UGUGCGUAUC GACCCGUGC AGUGUUGUAG CUAACGCGUU AAGUAUCCCG CCUGGGGAGU ACGUUCGCAA GAAUGAAACU CAAAGGAAUU GACGGGGGCC CGCACAAGC GGUGGAGCAU GUGGUUUAAU UCGAUGCAAA GCGAAGAACC UUACCAGGGC UUGACAUGCC GCGAAUCCUC U UGAAAGAG AGGGGUGCCU UCGGGAACGC GGACACAGGU GGUGCAUGGC UGUCGUCAGC UCGUGCCGUA AGGUGUUGGG UU AAGUCCC GCAACGAGCG CAACCCUCGU GUUUAGUUGC CAACGUUGAG UUUGGAACCC UGAACAGACU GCCGGUGAUA AGC CGGAGG AAGGUGAGGA UGACGUCAAG UCAUCAUGCC CCUUAUGCCC UGGGCGACAC ACGUGCUACA AUGGCCGGGA CAAA GGGUC GCGAUCCCGC GAGGGUGAGC UAACCCCAAA AACCCGUCCU CAGUUCGGAU UGCAGGCUGC AACUCGCCUG CAUGA AGCC GGAAUCGCUA GUAAUCGCCG GUCAGCCAUA CGGCGGUGAA UUCGUUCCCG GGCCUUGUAC ACACCGCCCG UCACAC UAU GGGAGCUGGC CAUGCCCGAA GUCGUUACCU UAACCGCAAG GAGGGGGAUG CCGAAGGCAG GGCUAGUGAC UGGAGUG AA GUCGUAACAA GGUAGCCGUA CUGGAAGGUG CGGCUGGAUC ACCUCCUUU

GENBANK: GENBANK: AJ400848.1

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 20 mM Tris HCl, pH 7.6, 100 mM KCl, 10 mM MgOAc, 100 mM sucrose, 7 mM 2-mercaptoethanol, 1 unit/ml RNase inhibitor, 0.1% protease inhibitor
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.4 µm / 倍率（補正後）: 133333 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3161 / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 187946
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 81305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る