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万見
- EMDB-6479: Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6479
タイトルStructure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex
マップデータReconstruction of the yeast proteasome lid sub-complex
試料
  • 試料: Recombinant yeast 26S proteasome lid complex
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome lid sub-complex
キーワードProteasome (プロテアソーム) / deubiquitinase (脱ユビキチン化酵素) / Rpn11 / protein homeostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


SAGA complex localization to transcription regulatory region / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / transcription export complex 2 / protein deneddylation / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome / proteasome regulatory particle / proteasome regulatory particle, lid subcomplex ...SAGA complex localization to transcription regulatory region / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / transcription export complex 2 / protein deneddylation / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome / proteasome regulatory particle / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / mitochondrial fission / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ub-specific processing proteases / proteasome binding / regulation of protein catabolic process / protein deubiquitination / proteasome storage granule / proteasome assembly / enzyme regulator activity / mRNA export from nucleus / protein folding chaperone / Neutrophil degranulation / proteasome complex / double-strand break repair via homologous recombination / metallopeptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rpn9, C-terminal helix / Rpn9 C-terminal helix / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / DSS1/SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / DSS1/SEM1 family ...Rpn9, C-terminal helix / Rpn9 C-terminal helix / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / DSS1/SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / DSS1/SEM1 family / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 C-terminal domain / DSS1_SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn6, N-terminal / 6S proteasome subunit Rpn6, C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN6 N-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN6 C-terminal helix domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / Proteasome/cyclosome repeat / PCI/PINT associated module / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / TPR repeat region circular profile. / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / TPR repeat profile. / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome complex subunit SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN12 / 26S proteasome regulatory subunit RPN3 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 / 26S proteasome regulatory subunit RPN9 / 26S proteasome regulatory subunit RPN7 / 26S proteasome regulatory subunit RPN8 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 / 26S proteasome regulatory subunit RPN6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Dambacher CM / Worden EJ / Herzik MA / Martin A / Lander GC
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Atomic structure of the 26S proteasome lid reveals the mechanism of deubiquitinase inhibition.
著者: Corey M Dambacher / Evan J Worden / Mark A Herzik / Andreas Martin / Gabriel C Lander /
要旨: The 26S proteasome is responsible for the selective, ATP-dependent degradation of polyubiquitinated cellular proteins. Removal of ubiquitin chains from targeted substrates at the proteasome is a ...The 26S proteasome is responsible for the selective, ATP-dependent degradation of polyubiquitinated cellular proteins. Removal of ubiquitin chains from targeted substrates at the proteasome is a prerequisite for substrate processing and is accomplished by Rpn11, a deubiquitinase within the 'lid' sub-complex. Prior to the lid's incorporation into the proteasome, Rpn11 deubiquitinase activity is inhibited to prevent unwarranted deubiquitination of polyubiquitinated proteins. Here we present the atomic model of the isolated lid sub-complex, as determined by cryo-electron microscopy at 3.5 Å resolution, revealing how Rpn11 is inhibited through its interaction with a neighboring lid subunit, Rpn5. Through mutagenesis of specific residues, we describe the network of interactions that are required to stabilize this inhibited state. These results provide significant insight into the intricate mechanisms of proteasome assembly, outlining the substantial conformational rearrangements that occur during incorporation of the lid into the 26S holoenzyme, which ultimately activates the deubiquitinase for substrate degradation.
履歴
登録2015年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月11日-
マップ公開2016年1月20日-
更新2016年5月11日-
現状2016年5月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0442
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0442
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jck
  • 表面レベル: 0.0442
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6479.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6479.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the yeast proteasome lid sub-complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0642 / ムービー #1: 0.0442
最小 - 最大-0.13327062 - 0.24653329
平均 (標準偏差)0.00072095 (±0.01381083)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 209.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z209.600209.600209.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.1330.2470.001

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添付データ

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添付マップデータ: noMask.filt.final.map

ファイルnoMask.filt.final.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: polishCoreMask unsharpened.map

ファイルpolishCoreMask_unsharpened.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: polishCoreMaskhalf1.map

ファイルpolishCoreMaskhalf1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: polishCoreMaskhalf2.map

ファイルpolishCoreMaskhalf2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: polishNoMask 2.map

ファイルpolishNoMask_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant yeast 26S proteasome lid complex

全体名称: Recombinant yeast 26S proteasome lid complex
要素
  • 試料: Recombinant yeast 26S proteasome lid complex
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome lid sub-complex

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超分子 #1000: Recombinant yeast 26S proteasome lid complex

超分子名称: Recombinant yeast 26S proteasome lid complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: 9 subunits / Number unique components: 1
分子量実験値: 370 KDa / 理論値: 370 KDa / 手法: SDS protein gels and size exclusion chromatography

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分子 #1: 26S proteasome lid sub-complex

分子名称: 26S proteasome lid sub-complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: lid
詳細: Lid complex was recombinantly expressed in E. coli and purified by size exclusion chromatography.
コピー数: 1 / 集合状態: Heterononamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288C / 別称: Yeast / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 370 KDa / 理論値: 370 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pET, pCOLA, pACYC
配列GO: proteasome regulatory particle, lid subcomplex / InterPro: Proteasome/cyclosome repeat

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
グリッド詳細: Sample was applied directly to plasma-cleaned holey carbon C-flat grids (400 mesh, 1.2 micrometer holes).
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 88 % / チャンバー内温度: 85 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Manual plunging was performed in a cold room.
手法: 4 microliters of sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38168 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度最低: 85 K / 最高: 90 K / 平均: 87.5 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at a nominal magnification of 22,500.
詳細Micrographs were collected in super-resolution mode with a total frame count of 38 and total exposure time of 7.6 seconds.
日付2015年2月10日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 3432 / 平均電子線量: 43.8 e/Å2
詳細: Micrographs were collected as movies using super-resolution mode with the Gatan K2 Summit direct electron detector
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: whole micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア - 名称: Appion, CTFFIND3, FindEM, RELION
詳細: 3D classification was performed to identify the best 109,396 particles from an initial data set of 254,112.
使用した粒子像数: 109396
詳細Image pre-processing was performed using Appion. 3D classification and reconstruction was performed with RELION.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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