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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5587 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of dengue virus at 37 C | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of bumpy dengue virus | |||||||||
試料 |
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キーワード | Dengue (デング熱) / bumpy structure / conformational change (コンフォメーション変化) / temperature dependent | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / endoplasmic reticulum membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Dengue virus (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang XZ / Sheng J / Plevka P / Kuhn RJ / Diamond MS / Rossmann MG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013 タイトル: Dengue structure differs at the temperatures of its human and mosquito hosts. 著者: Xinzheng Zhang / Ju Sheng / Pavel Plevka / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / Michael G Rossmann / 要旨: We report on a conformational transition of dengue virus when changing the temperature from that present in its mosquito vectors to that of its human host. Using cryoelectron microscopy, we show that ...We report on a conformational transition of dengue virus when changing the temperature from that present in its mosquito vectors to that of its human host. Using cryoelectron microscopy, we show that although the virus has a smooth surface, a diameter of ∼500 Å, and little exposed membrane at room temperature, the virions have a bumpy appearance with a diameter of ∼550 Å and some exposed membrane at 37 °C. The bumpy structure at 37 °C was found to be similar to the previously predicted structure of an intermediate between the smooth mature and fusogenic forms. As humans have a body temperature of 37 °C, the bumpy form of the virus would be the form present in humans. Thus, optimal dengue virus vaccines should induce antibodies that preferentially recognize epitopes exposed on the bumpy form of the virus. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5587.map.gz | 14.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5587-v30.xml emd-5587.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5587_1.jpg | 90.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5587 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 33.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of bumpy dengue virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dengue virus at 37 C
全体 | 名称: Dengue virus at 37 C |
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要素 |
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-超分子 #1000: Dengue virus at 37 C
超分子 | 名称: Dengue virus at 37 C / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Dengue virus
超分子 | 名称: Dengue virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 12637 / 生物種: Dengue virus / Sci species strain: DV2 16681 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: E / 直径: 550 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.3 / 詳細: NTE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 39190 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 38000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
日付 | 2012年1月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 168 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Film |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 515 |