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万見
- EMDB-43850: Structure of Circularly Permuted 50S Ribosomal Subunit Assembly I... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43850
タイトルStructure of Circularly Permuted 50S Ribosomal Subunit Assembly Intermediate - CP63 Class C
マップデータClass C CP63 50S Ribosomal Intermediate
試料
  • 複合体: CP63 iSAT 50S ribosomal subunit assembly intermediate
キーワード50S subunit / assembly intermediate / RNA-protein complex / ribosome (リボソーム)
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Dong X / Sheng K / Williamson JR
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136412 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM053757 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI170855 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Assembly of Bacterial Ribosome with Circularly Permuted rRNA
著者: Dong X / Sheng K / Williamson JR / Gebert L / Aiyer S / Lyumkis D
履歴
登録2024年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43850.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43850.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 187 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Class C CP63 50S Ribosomal Intermediate
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.18729332 - 0.94861054
平均 (標準偏差)-0.0010885401 (±0.05126614)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ366366366
Spacing366366366
セルA=B=C: 420.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Class C CP63 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 2

ファイルemd_43850_half_map_1.map
注釈Class C CP63 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Class C CP63 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 1

ファイルemd_43850_half_map_2.map
注釈Class C CP63 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CP63 iSAT 50S ribosomal subunit assembly intermediate

全体名称: CP63 iSAT 50S ribosomal subunit assembly intermediate
要素
  • 複合体: CP63 iSAT 50S ribosomal subunit assembly intermediate

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超分子 #1: CP63 iSAT 50S ribosomal subunit assembly intermediate

超分子名称: CP63 iSAT 50S ribosomal subunit assembly intermediate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris Hydrochloride
100.0 mMNH4ClAmmonium Chloride
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.5 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic Acidエチレンジアミン四酢酸
6.0 mMC2H6OSBeta-mercaptoethanol2-メルカプトエタノール

詳細: Most of the sucrose was removed by spin concentration.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 microliter of the sample was added..
詳細The in vitro assembled large ribosomal subunit was purified by sucrose gradient and was spin-concentrated in a 100 kDa MW-cutoff filter.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
詳細In order to account for highly preferred orientation of the specimen, data were acquired using tilts ranging at -20 degrees.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2277 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 686910 / 詳細: Particles were selected by cryoSPARC.
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction in CryoSPARC was used.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 6000 / 詳細: 3D classification of cryoSPARC was used.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Non-uniform Refinement of cryoSPARC was used.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 20795
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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