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- EMDB-42571: Cryo-EM structure of the Listeria innocua 70S ribosome (head-swiv... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42571
タイトルCryo-EM structure of the Listeria innocua 70S ribosome (head-swiveled) in complex with HflXr and pe/E-tRNA (structure II-C)
マップデータComposite Cryo-EM map of Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA (structure II-C)
試料
  • 複合体: Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA
    • RNA: x 5種
    • タンパク質・ペプチド: x 49種
  • リガンド: x 4種
キーワードrecycling (リサイクル) / HflXr / time-resolved / RIBOSOME (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / cytoplasmic translation ...ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GTPase HflX / GTPase HflX, N-terminal / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTP-binding protein, middle domain / GTPase HflX, N-terminal domain superfamily / GTP-binding GTPase N-terminal / GTP-binding GTPase Middle Region / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. ...GTPase HflX / GTPase HflX, N-terminal / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTP-binding protein, middle domain / GTPase HflX, N-terminal domain superfamily / GTP-binding GTPase N-terminal / GTP-binding GTPase Middle Region / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 ...Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / : / : / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS6 / GTPase HflX
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia phage T4 (ファージ) / Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Seely SM / Basu RS / Gagnon MG
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Other governmentUniversity of Texas Medical Branch Startup Funds
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM136936 米国
Welch FoundationH-2032-20230405 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008280 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Mechanistic insights into the alternative ribosome recycling by HflXr.
著者: Savannah M Seely / Ritwika S Basu / Matthieu G Gagnon /
要旨: During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue ...During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue factors such as HflXr, a homolog of the conserved housekeeping GTPase HflX that catalyzes the dissociation of translationally inactive ribosomes into individual subunits. Here we use time-resolved cryo-electron microscopy to elucidate the mechanism of ribosome recycling by Listeria monocytogenes HflXr. Within the 70S ribosome, HflXr displaces helix H69 of the 50S subunit and induces long-range movements of the platform domain of the 30S subunit, disrupting inter-subunit bridges B2b, B2c, B4, B7a and B7b. Our findings unveil a unique ribosome recycling strategy by HflXr which is distinct from that mediated by RRF and EF-G. The resemblance between HflXr and housekeeping HflX suggests that the alternative ribosome recycling mechanism reported here is universal in the prokaryotic kingdom.
履歴
登録2023年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42571.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42571.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite Cryo-EM map of Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA (structure II-C)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.5
最小 - 最大-17.981587999999999 - 34.334316000000001
平均 (標準偏差)0.001937416 (±1.1239883)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA

全体名称: Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA
要素
  • 複合体: Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA
    • RNA: 16S Ribosomal RNA16SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS6
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS16
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS18
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS20
    • RNA: pe/E Hybrid State Phenylalanine tRNA
    • RNA: F-Stop mRNA
    • タンパク質・ペプチド: GTPase HflX
    • RNA: 23S Ribosomal RNA23SリボソームRNA
    • RNA: 5S Ribosomal RNA5SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL5
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL10
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL11
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL15
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL17
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL18
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL19
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL20
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL27
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL28
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL30
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL31B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL32
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL33
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL34
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL35
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL36
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA

超分子名称: Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#54
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア)
分子量理論値: 2.5 MDa

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分子 #1: 16S Ribosomal RNA

分子名称: 16S Ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 501.949188 KDa
配列文字列: UUUAAAGAGA GUUUGAUCCU GGCUCAGGAC GAACGCUGGC GGCGUGCCUA AUACAUGCAA GUCGAACGAA CGGAGGAAGA GCUUGCUCU UCCAAAGUUA GUGGCGGACG GGUGAGUAAC ACGUGGGCAA CCUGCCUGUA AGUUGGGGAU AACUCCGGGA A ACCGGGGC ...文字列:
UUUAAAGAGA GUUUGAUCCU GGCUCAGGAC GAACGCUGGC GGCGUGCCUA AUACAUGCAA GUCGAACGAA CGGAGGAAGA GCUUGCUCU UCCAAAGUUA GUGGCGGACG GGUGAGUAAC ACGUGGGCAA CCUGCCUGUA AGUUGGGGAU AACUCCGGGA A ACCGGGGC UAAUACCGAA UGAUAGAGUG UGGCGCAUGC CACGCUCUUG AAAGAUGGUU UCGGCUAUCG CUUACAGAUG GG CCCGCGG UGCAUUAGCU AGUUGGUAGG GUAAUGGCCU ACCAAGGCAA CGAUGCAUAG CCGACCUGAG AGGGUGAUCG GCC ACACUG GGACUGAGAC ACGGCCCAGA CUCCUACGGG AGGCAGCAGU AGGGAAUCUU CCGCAAUGGA CGAAAGUCUG ACGG AGCAA CGCCGCGUGU AUGAAGAAGG UUUUCGGAUC GUAAAGUACU GUUGUUAGAG AAGAACAAGG AUAAGAGUAA CUGCU UGUC CCUUGACGGU AUCUAACCAG AAAGCCACGG CUAACUACGU GCCAGCAGCC GCGGUAAUAC GUAGGUGGCA AGCGUU GUC CGGAUUUAUU GGGCGUAAAG CGCGCGCAGG CGGUCUUUUA AGUCUGAUGU GAAAGCCCCC GGCUUAACCG GGGAGGG UC AUUGGAAACU GGAAGACUGG AGUGCAGAAG AGGAGAGUGG AAUUCCACGU GUAGCGGUGA AAUGCGUAGA UAUGUGGA G GAACACCAGU GGCGAAGGCG ACUCUCUGGU CUGUAACUGA CGCUGAGGCG CGAAAGCGUG GGGAGCAAAC AGGAUUAGA UACCCUGGUA GUCCACGCCG UAAACGAUGA GUGCUAAGUG UUAGGGGGUU UCCGCCCCUU AGUGCUGCAG CUAACGCAUU AAGCACUCC GCCUGGGGAG UACGACCGCA AGGUUGAAAC UCAAAGGAAU UGACGGGGGC CCGCACAAGC GGUGGAGCAU G UGGUUUAA UUCGAAGCAA CGCGAAGAAC CUUACCAGGU CUUGACAUCC UUUGACCACU CUGGAGACAG AGCUUUCCCU UC GGGGACA AAGUGACAGG UGGUGCAUGG UUGUCGUCAG CUCGUGUCGU GAGAUGUUGG GUUAAGUCCC GCAACGAGCG CAA CCCUUG AUUUUAGUUG CCAGCAUUUA GUUGGGCACU CUAAAGUGAC UGCCGGUGCA AGCCGGAGGA AGGUGGGGAU GACG UCAAA UCAUCAUGCC CCUUAUGACC UGGGCUACAC ACGUGCUACA AUGGAUGGUA CAAAGGGUCG CGAAGCCGCG AGGUG GAGC CAAUCCCAUA AAACCAUUCU CAGUUCGGAU UGUAGGCUGC AACUCGCCUA CAUGAAGCCG GAAUCGCUAG UAAUCG UGG AUCAGCAUGC CACGGUGAAU ACGUUCCCGG GCCUUGUACA CACCGCCCGU CACACCACGA GAGUUUGUAA CACCCGA AG UCGGUAGGGU AACCUUUAUG GAGCCAGCCG CCGAAGGUGG GACAGAUAAU UGGGGUGAAG UCGUAACAAG GUAGCCGU A UCGGAAGGUG CGGCUGGAUC ACCUCCUUU

GENBANK: GENBANK: CP071157.1

+
分子 #21: pe/E Hybrid State Phenylalanine tRNA

分子名称: pe/E Hybrid State Phenylalanine tRNA / タイプ: rna / ID: 21 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.644873 KDa
配列文字列:
GCCCGGA(4SU)AG CUCAGUCGGU AGAGCAGGGG A(PSU)UGAA(MIA)A(PSU)C CCCGU(G7M)UCCU UGG(5MU) (PSU)CGAU UCCGAGUCCG GGCACCA

GENBANK: GENBANK: CP026929.2

+
分子 #22: F-Stop mRNA

分子名称: F-Stop mRNA / タイプ: rna / ID: 22 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 6.792157 KDa
配列文字列:
CAAGGAGGAA AAAUUCUAAU A

+
分子 #24: 23S Ribosomal RNA

分子名称: 23S Ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 24 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 951.06175 KDa
配列文字列: GGUUAAGUUA GAAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGGAGCCGAA GAAGGACGGG ACUAACACCG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU ACGUAAGCGU UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGGAACCC ACUAUCUUUA GUCGGAUAGU AUCCUUACGU G AAUACAUA ...文字列:
GGUUAAGUUA GAAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGGAGCCGAA GAAGGACGGG ACUAACACCG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU ACGUAAGCGU UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGGAACCC ACUAUCUUUA GUCGGAUAGU AUCCUUACGU G AAUACAUA GCGUGAGGAA GGCAGACCCA GGGAACUGAA ACAUCUAAGU ACCUGGAGGA AGAGAAAGAA AAAUCGAUUU CC UGAGUAG CGGCGAGCGA AACGGAAAGA GCCCAAACCA AGAAGCUUGC UUCUUGGGGU UGUAGGACAC UCUAUACGGA GUU ACAAAA GAAAGUUAUA AAUGAAGCGG UCUGGAAAGG CCCGCCAAAG ACGGUAACAG CCCGGUAGUU GAAAUGGCUU UCCC UCCAG AGUGGAUCCU GAGUACGACG GAACACGUGA AAUUCCGUCG GAAUCCGGGA GGACCAUCUC CCAAGGCUAA AUACU CCCU AGUGACCGAU AGUGAACCAG UACCGUGAGG GAAAGGUGAA AAGCACCCCG GAAGGGGAGU GAAACAGUUC CUGAAA CCG UGUGCCUACA AGUAGUUAGA GCCCGUUAAU GGGUGAUAGC GUGCCUUUUG UAGAAUGAAC CGGCGAGUUA CGAUUUG UU GCAAGGUUAA GCGGAAAAAG CGGAGCCGUA GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGCAUAAG UAACAGGUCG UAGACCCG A AACCAGGUGA UCUACCCAUG UCCAGGAUGA AGGUAAGGUA AUACUUACUG GAGGUCCGAA CCCACGCACG UUGAAAAGU GCGGGGAUGA GGUGUGGGUA GCGGAGAAAU UCCAAUCGAA CUUGGAGAUA GCUGGUUCUC UCCGAAAUAG CUUUAGGGCU AGCCUCGAG GUAAAGAGUC AUGGAGGUAG AGCACUGUUU GGACUAGGGG CCCUUCUCGG GUUACCGAAU UCAGAUAAAC U CCGAAUGC CAUGUACUUA UACUCGGGAG UCAGACUGCG AGUGAUAAGA UCCGUAGUCG AAAGGGAAAC AGCCCAGACC AC CAGUUAA GGUCCCCAAA UAUAUGUUAA GUGGAAAAGG AUGUGGGGUU GCUUAGACAA CCAGGAUGUU GGCUUAGAAG CAG CCACCA UUGAAAGAGU GCGUAAUAGC UCACUGGUCG AGUGACCCCG CGCCGAAAAU GUACCGGGGC UAAACAUAUU ACCG AAACU GUGGAUGAAC CUCUUCGGAG GUUCGUGGUA GGAGAGCGUU CUAAGGGCGG UGAAGUCAGA CCGGAAGGAC UGGUG GAGC GCUUAGAAGU GAGAAUGCCG GUAUGAGUAG CGAAAGAAGG GUGAGAAUCC CUUCCACCGA AUAUCUAAGG UUUCCU GAG GAAGGCUCGU CCGCUCAGGG UUAGUCGGGA CCUAAGCCGA GGCCGAUAGG CGUAGGCGAU GGACAACAGG UAGAGAU UC CUGUACCAGU GCUAAUUGUU UAACCGAUGG GGUGACACAG AAGGAUAGGG AAUCGCACGA AUGGAAAUGU GCGUCCAA G CAGUGAGUGU GAGAAGUAGG CAAAUCCGCU UCUUGCGAAG CAUGAGCUGU GAUGGGGAAG GAAAUUAAGU ACGGAAGUU CCUGAUUUCA CGCUGUCAAG AAAAGCCUCU AGGAAGAGUA GUACUGCCCG UACCGCAAAC CGACACAGGU AGAUGAGGAG AGAAUCCUA AGGUGAGCGA GAGAACUCUC GUUAAGGAAC UCGGCAAAAU GACCCCGUAA CUUCGGGAGA AGGGGUGCUC U AUUAGGGU GCAAGCCCGA GAGAGCCGCA GUGAAUAGGC CCAGGCGACU GUUUAGCAAA AACACAGGUC UCUGCAAAAC CG UAAGGUG ACGUAUAGGG GCUGACGCCU GCCCGGUGCU GGAAGGUUAA GAGGAGUGCU UAGCUUCGGC GAAGGUACGA AUU GAAGCC CCAGUAAACG GCGGCCGUAA CUAUAACGGU CCUAAGGUAG CGAAAUUCCU UGUCGGGUAA GUUCCGACCC GCAC GAAAG GCGCAACGAU CUGGGCACUG UCUCAACGAG AGACUCGGUG AAAUUAUAGU ACCUGUGAAG AUGCAGGUUA CCCGC GACA GGACGGAAAG ACCCCGUGGA GCUUUACUGC AACCUGAUAU GGAAUGUUUG UACCGCUUGU ACAGGAUAGG UAGGAG CCG AAGAGACGUG UGCGCUAGCA UACGAGGAGG CAAUGGUGGG AUACUACCCU GGCUGUAUGA CCAUUCUAAC CCGCCAC GC UAAGCGCGUG GGGAGACAGU GUCAGGUGGG CAGUUUGACU GGGGCGGUCG CCUCCUAAAG AGUAACGGAG GCGCCCAA A GGUUCCCUCA GAAUGGAUGG AAAUCAUUCG CAGAGUGUAA AGGCACAAGG GAGCUUGACU GCGAGACUGA CAAGUCGAG CAGGGACGAA AGUCGGGCUU AGUGAUCCGG UGGUUCCGCA UGGAAGGGCC AUCGCUCAAC GGAUAAAAGC UACCCCGGGG AUAACAGGC UUAUCUCCCC CAAGAGUCCA CAUCGACGGG GAGGUUUGGC ACCUCGAUGU CGGCUCGUCG CAUCCUGGGG C UGUAGUCG GUCCCAAGGG UUGGGCUGUU CGCCCAUUAA AGCGGCACGC GAGCUGGGUU CAGAACGUCG UGAGACAGUU CG GUCCCUA UCCGUCGCGG GCGCAGGAAA UUUGAGAGGA GCUGUCCUUA GUACGAGAGG ACCGGGAUGG ACACACCGCU GGU GUACCA GUUGUUCCGC CAGGAGCAUC GCUGGGUAGC UAUGUGUGGC AGGGAUAAAC GCUGAAAGCA UCUAAGCGUG AAGC CCCCC UCAAGAUGAG AUUUCCCAUU UCUUCGGAAA GUAAGAUCCC UGAAAGAUGA UCAGGUAGAU AGGUUUGGAG UGGAA GUGU AGCGAUACAU GGAGCGGACA AAUACUAAUC GAUCGAGGAC UUAACCAA

GENBANK: GENBANK: CP102627.1

+
分子 #25: 5S Ribosomal RNA

分子名称: 5S Ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 25 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 37.304059 KDa
配列文字列:
UCUGGUAGUU AUGGCGAGAA GGUCACACCC GUUCCCAUCC CGAACACGGU AGUUAAGCUU CUCUGCGCCA AUGGUAGUUG GGGGCUUCC CCCUGCGAGA GUAGGUCGCU GCCGGGC

GENBANK: GENBANK: CP045743.1

+
分子 #2: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 28.359734 KDa
配列文字列: MPVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAFNFMREV ASDNGTILFV GTKKQAQESV RDEAIRSGQ YFVNHRWLGG TLTNFETIQK RIQHLKKIEK MEADGTFEVL PKKEVVLLKK EQEKLERFLG GIKDMKGLPD A LFIVDPRK ...文字列:
MPVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAFNFMREV ASDNGTILFV GTKKQAQESV RDEAIRSGQ YFVNHRWLGG TLTNFETIQK RIQHLKKIEK MEADGTFEVL PKKEVVLLKK EQEKLERFLG GIKDMKGLPD A LFIVDPRK ERIAVAEARK LHIPIIGIVD TNCDPDEIDY VIPANDDAIR AVKLLTAKMA DAIIEVNQGE ELTEAEVAPV EE KAAEETT EA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6B0JGP5

+
分子 #3: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 24.587158 KDa
配列文字列: MGQKVHPIGM RIGVIRDWDS KWYAEKDYAD FLHEDLRIRD YVAKRLSDAS VSRVEIERAA NRVNITIHTA KPGMVIGKGG SEVEALRKN LNELTQKRVH INIVEIKRAD LDAKLVAENI ARQLEGRVSF RRAQKQAIQR TMRAGAKGIK TQVSGRLGGA D IARAEHYS ...文字列:
MGQKVHPIGM RIGVIRDWDS KWYAEKDYAD FLHEDLRIRD YVAKRLSDAS VSRVEIERAA NRVNITIHTA KPGMVIGKGG SEVEALRKN LNELTQKRVH INIVEIKRAD LDAKLVAENI ARQLEGRVSF RRAQKQAIQR TMRAGAKGIK TQVSGRLGGA D IARAEHYS EGTVPLHTLR ADIDYAWEEA DTTYGKLGVK VWIYRGEVLP TKKNNVEGGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #4: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 22.716852 KDa
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MARYTGPSWK VSRRLGISLS GTGKELERRP YAPGQHGPTQ RKKISEYGLQ QAEKQKLRHM YGLTERQFKN TFNKAGKLQG KHGENFMIL LEQRLDNIVY RLGLARTRRA ARQLVNHGHI TVDGKRVDIP SYQVSVGQVI SVREKSAKNS AIAESLEVSS F VPEYVTFD AETLTGSLNR LPERSELAAE INEAFIVEFY SR

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6B0JGH8

+
分子 #5: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 17.516182 KDa
配列文字列:
MPEQIDGNKL DLEERVVTIN RVAKVVKGGR RFRFTALVVV GDKNGHVGFG TGKAQEVPDA IRKAVEDAKK NMVFVPTVDT TIPHTVVGH FGGGEILLKP ASAGSGVTAG GPVRAVLELA GVADVSSKSL GSNTPINMVR ATIDGIKQLK NAEDVAKLRG K TVEELLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #6: Small ribosomal subunit protein bS6

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 11.512063 KDa
配列文字列:
MARKYEIMYI IRPNIEEDEK KAVVERFDGI LTENGAEIIE SKEWGKRRLA YEINDYRDGF YHIVKLNADK ADSINEFDRL AKISDDIVR HMVIKEEA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 17.848816 KDa
配列文字列:
MPRKGPVAKR DVLPDPIYNS KLVTRLINKM MVDGKRGKSQ AILYSAFDII AQETGKDPME VFEQAMKNIM PLLEVKARRV GGANYQVPI EVRADRRSTL GLRWLVNYAR LRGEKTMEVR VAREIMDAAN NTGASVKKRE DTHKMADANR AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 14.667118 KDa
配列文字列:
MVMTDPIADF LTRIRNANMV KHDKLELPAS KIKKEIAEIL KREGFIRDVE YIEDDNAGTI RVFLKYGATG ERVITGLKRI SKPGLRVYA KSTEVPKVLN GLGIAIVSTS QGVLTDKEAR AKQVGGEVLA YVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 14.473736 KDa
配列文字列:
MAQVQYYGTG RRKSSVARVR LVPGDGKIVI NNRDWEDYIP FAALREVIKQ PLVATETLGN YDVLVNVHGG GYTGQAGAIR HGVARALLQ VAPEYRPALK SAGLLTRDPR MKERKKYGLK GARRAPQFSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 11.703661 KDa
配列文字列:
MAKQKIRIRL KAYDHRILDQ SAEKIVETAK RSGASVSGPI PLPTEKSIYT VLRAVHKYKD SREQFEMRTH KRLIDIVNPT PQTVDSLMR LDLPSGVDIE IKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 13.812904 KDa
配列文字列:
MARKTNTRKR RVKKNIESGI AHIRSTFNNT IVMITDTHGN ALAWSSAGSL GFKGSRKSTP FAAQMAAESA AKSAQEHGLK TLEVTVKGP GSGREAAIRA LQAAGLEVTA IKDVTPVPHN GCRPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 15.216778 KDa
配列文字列:
MPTINQLVRK PRQSKIKKST SPALNKGLNS FKRELTDVNS PQKRGVCTRV GTMTPKKPNS ALRKYARVRL SNGIEVTAYI PGIGHNLQE HSVVLIRGGR VKDLPGVRYH IVRGALDTAG VENRGQSRSK YGTKKPKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 13.738979 KDa
配列文字列:
MARIAGVDVP REKRIVISLT YIYGIGKQTA KEVLAEAGVS EDTRTRDLTE EELGKIREIL DRIKVEGDLR REVNLNIKRL IEIGSYRGM RHRRGLPVRG QNTKNNARTR KGPSKTVAGK KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #14: Small ribosomal subunit protein uS14

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 7.164716 KDa
配列文字列:
MAKKSMIAKQ KRTPKYAVQA YTRCERCGRP HSVIRKFKLC RICFRELAYK GQIPGVKKAS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 10.656375 KDa
配列文字列:
MALTQERKNE IIAEYRVHDT DTGSPEVQIA VLTAEINSLN EHVRVHKKDH HSYRGLMKMV GHRRNLLTYL RKKDVQRYRE LIKRLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #16: Small ribosomal subunit protein bS16

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 10.404196 KDa
配列文字列:
MAVKIRLKRM GSKKKPFYRI VVADSRFPRD GRSIETIGTY NPLLDPVEVK IDEEATLKWM HNGAKPSDTV RNLLSREGIM EKFHNQKLG K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 10.057699 KDa
配列文字列:
MADRNQRKVY TGRVVSDKMD KTITVVVETY KKHGLYGKRV KYSKKFKAHD ENNIAKTGDV VRISETRPLS ATKHFRLLEV VEEAVII

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #18: Small ribosomal subunit protein bS18

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 9.119831 KDa
配列文字列:
MAGGRRGGRR RKKVCYFTSN GITHIDYKDV ELLKKFVSER GKILPRRVTG TSAKYQRKLT VAIKRSRQMA LLPFVAEEK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #19: Small ribosomal subunit protein uS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 10.498116 KDa
配列文字列:
MGRSLKKGPF VDDHLMKKVE AAAESEKKQV IKTWSRRSTI FPTFVGQTIA VYDGRKHVPV YVQEDMVGHK LGEFAPTRTY RGHAGDDKK TKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #20: Small ribosomal subunit protein bS20

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 9.189573 KDa
配列文字列:
MPNIKSAIKR VKTAETRNSR NASQRSAMRT AIKKFDEAAA NNADNAKDLY VEASKKLDSA VSKGLIHKNN AARNKSRLAA KLAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #23: GTPase HflX

分子名称: GTPase HflX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
株: ATCCBAA-679
分子量理論値: 47.61093 KDa
配列文字列: MEKKVLIVGI SQKQKDFDYS MEELANLAAA NNMEVVGEIR QNIDRENRAT YVGKGKVDEI KGLAEMQDAR LIIFNDELSP SQIRNLEEA LELDVMDRTG LILAIFANRA KTKEAQLQVQ IAKLQYELPR IFGQGEDMDQ QSGKGGLSNR GSGEKKIETD R RTIKHQIR ...文字列:
MEKKVLIVGI SQKQKDFDYS MEELANLAAA NNMEVVGEIR QNIDRENRAT YVGKGKVDEI KGLAEMQDAR LIIFNDELSP SQIRNLEEA LELDVMDRTG LILAIFANRA KTKEAQLQVQ IAKLQYELPR IFGQGEDMDQ QSGKGGLSNR GSGEKKIETD R RTIKHQIR HLQKELDMLV DDREVRRRKR KKNEIPVVSL VGYTNAGKST TMNGLVRAYS ETADKQVFEK DMLFATLETS VR EIVLPDN KQFLLTDTVG FVSKLPHQLV KAFRSTLEEA RDADLLIHVV DYSDPHYKTM MKTTEETLKV VGVEDVPVIY AYN KADLLE DEMYPKQTGN TIIFSAREEE SLEFLTEVIR KELFASYEKA TFLIPFEAGQ VVAYLNEHAD ILETEYLENG TQIV AEVSP ADLQKLAEYQ VAE

UniProtKB: GTPase HflX

+
分子 #26: Large ribosomal subunit protein uL2

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 30.568367 KDa
配列文字列: MAIKKYKPTT NGRRHMTSSD FAEITTSTPE KSLLRPLKKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGIPGRVAT IEYDPNRSA NIALINYADG EKRYIIAAKG LEVGQTIYSG AEADIKVGNA LELKDIPVGT VIHNIEMKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE ...文字列:
MAIKKYKPTT NGRRHMTSSD FAEITTSTPE KSLLRPLKKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGIPGRVAT IEYDPNRSA NIALINYADG EKRYIIAAKG LEVGQTIYSG AEADIKVGNA LELKDIPVGT VIHNIEMKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE GKYVLIRLNS GEVRMILATC RATIGQVGNE QHELINIGKA GRSRWMGKRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGK AP IGRKSPM SPWGKPTLGY KTRKKNNNSD KFIVRRRKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #27: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 22.880467 KDa
配列文字列: MTKGILGRKV GMTQVFTENG ELIPVTVIEA AQNVVLQKKT VETDGYEAVQ IGFEDKRAKL SNKPEQGHVA KADTTPKRFI REFRDVNLD EYEIGAEVKV DVFAEGDIID ATGVSKGKGF QGVIKRHGQS RGPMAHGSRY HRRPGSMGPV APNRVFKNKL L PGRMGGEQ ...文字列:
MTKGILGRKV GMTQVFTENG ELIPVTVIEA AQNVVLQKKT VETDGYEAVQ IGFEDKRAKL SNKPEQGHVA KADTTPKRFI REFRDVNLD EYEIGAEVKV DVFAEGDIID ATGVSKGKGF QGVIKRHGQS RGPMAHGSRY HRRPGSMGPV APNRVFKNKL L PGRMGGEQ ITIQNLEIVK VDVEKNVLLV KGNVPGAKKA LVQIKTATKA K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #28: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 22.640262 KDa
配列文字列: MPKLSLLKQD GTNAGEITLN DTVFGIEPNE KVVVDVILSQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYAY KLPKKVRRLA IKSILSSKVN EEKLVVLEGL TFDAPKTKEF AAFLKNISVD TKALIVVAGE S ENVELSAR ...文字列:
MPKLSLLKQD GTNAGEITLN DTVFGIEPNE KVVVDVILSQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYAY KLPKKVRRLA IKSILSSKVN EEKLVVLEGL TFDAPKTKEF AAFLKNISVD TKALIVVAGE S ENVELSAR NLQGITVIPA ESISVLEVAK HDKLIITKAA VEKVEEVLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #29: Large ribosomal subunit protein uL5

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 20.023248 KDa
配列文字列:
MNRLKDQYLK EIVPALMSKF NYDSVMEVPK IDKIVINTGV GDATANAKVL DSAVEELALI TGQKPVITKA KNSIAGFRLR EGMPIGAKV TLRGERMYDF LDKLVTVSLP RVRDFRGVSK KAFDGRGNYT LGVREQLIFP EIDYDQVSKV RGMDVVIVTT A KSDEESHE LLTQLGMPFQ K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #30: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 19.433316 KDa
配列文字列:
MSRIGKKTIV IPAGVTVTLN GSTATVKGPK GELVKEFNPE ITINIEGNEI NVSRPTDNKN HRALHGTTRA ILNNMVVGVS EGYEKKLEL IGVGYRAQKQ GDKLVLNVGY SHPVEFVAPK GVEIEVPANT QVIVKGYNKE HVGELAANIR AVRPPEPYKG K GIRYEGEH VRRKEGKTGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #31: Large ribosomal subunit protein uL10

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 17.71524 KDa
配列文字列:
MSKVLEAKQS AVEEIKTKLS ASASTVIVDY RGLNVGEITD LRKQLRDAGI EFKVYKNSLT RRAVEANGYE GLEGALTGPN AIAFSNEDV VAPAKILNDF AKDHEALEIK AGVIEGKVAS LEEIKALATL PSREGLLSML CNVLQAPVRG LAIATKAVAD Q KEGQEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10

+
分子 #32: Large ribosomal subunit protein uL11

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 14.878425 KDa
配列文字列:
MAKKVIKEVK LQIPAGKANP APPVGPALGQ AGVNIMGFCK EFNARTADQA GLIIPVVITV FEDRSFTFIT KTPPAAVLLK KAAKVEKGS GEPNKTKVAS VTRAQVQEIA ETKMPDLNAA NVESAMLMVE GTARSMGITI QD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL11

+
分子 #33: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 16.228722 KDa
配列文字列:
MRTTYMAKPG EVERKWYVID ATGVSLGRLS SEVASILRGK NKPQFTPHID TGDFVIIINA GKIGLTGKKA TDKIYYRHSQ YPGGLKSRT AGEMRTNNPE KLLELSIKGM LPKNSLGRQL FKKLHVYGGS EHEHAAQKPE VYELRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #34: Large ribosomal subunit protein uL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 13.248427 KDa
配列文字列:
MIQQESRMKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVVV CTVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RQDGSYIKFD ENACVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #35: Large ribosomal subunit protein uL15

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 15.827128 KDa
配列文字列:
MKLHELKPSE GSRKERNRVG RGTGSGNGKT SGRGHKGQKA RSGGGVRLGF EGGQLPLFRR IPKRGFTNIN RKEFAIVNLD VLNRFEDGT EVTPELLIET GIIRNEKSGI KILSDGNIEK KLTVKANKFS AAAKEAIEAA GGKTEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #36: Large ribosomal subunit protein uL16

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 16.171043 KDa
配列文字列:
MLVPKRVKYR REFRGNMRGR AKGGTEVAFG EYGLQAVEAS WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP HKSYTSKPIG VRMGKGKGA PEGWVSPVKR GKIMFEIAGV PEDVAREALR LAAHKLPVKT KIVKREEIGG EANES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #37: Large ribosomal subunit protein bL17

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 15.237766 KDa
配列文字列:
MGYRKLGRTS SQRKALLRDL ATDLIVHERI ETTEARAKEI RKVVEKLITS GKKGDLHARR QAAAFIRHEV VEVVQVDAKG KDGSTVKKN RPVYALQKLF DDVAPRYAER QGGYTRILKK GPRRGDGAPM VIIELV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #38: Large ribosomal subunit protein uL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 13.107909 KDa
配列文字列:
MITKIDKNKV RKKRHARVRS KISGTESRPR LNVFRSNKNI YAQVIDDVNG VTLASASNLD KDFGSAESKV DAASKVGELV AKRASEKGI TSVTFDRGGY LYHGRVKALA EAARENGLEF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #39: Large ribosomal subunit protein bL19

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 13.089413 KDa
配列文字列:
MNKLIDEITK SQLNPDVPSF RPGDTVRVHA KVVEGTRERI QLFEGVVIKR RGAGISETFT VRKISNGVGV ERTFPVHTPR IAKLEVIRR GKVRRAKLYY LRNLRGKAAR IKEIR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #40: Large ribosomal subunit protein bL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 13.71935 KDa
配列文字列:
MPRVKGGTVT RKRRKKIVKL AKGYYGSKHL LFKVANQAVM KSYQYAYRDR RQKKRDFRRL WIARINAAAR MQDLSYSKLM HGLKLAGID INRKMLADLA VNDIASFNTL ADSAKKALAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #41: Large ribosomal subunit protein bL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 11.220003 KDa
配列文字列:
MYAIIETGGK QIKVEAGQEI YVEKLAGEVG DVVTFDKVLF VGGDSAKVGV PFVDGATVTA KVEKQGRAKK LTVYKYKPKK NYHKKQGHR QPYTKLTIDA INA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #42: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 12.895945 KDa
配列文字列:
MASEVTSAKA VAKTVRIAPR KARIVIDLIR GKQVGEAIAI LKYTPRSASP IIEKVLKSAI ANAEHNYDLD INNLVVEEAF VDEGPTLKR FRPRAQGRAS AINKRTSHIT VVVSEVKEG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #43: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 10.949682 KDa
配列文字列:
MDARDIIKRP VVTEESTSIL DDKKYTFEVD TRATKTQVKY AIEEIFDVKV AKVNVMNYKG KLKRMGRYAG YTNKRRKAIV TVTADSKEI QFFEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #44: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 11.21933 KDa
配列文字列:
MHVKKGDKVK VITGKDKGKS GKVLAAFPKK DRVLIEGINM VKKHTKPSNI NPQGGILNVE APIHVSNVML IDPKTGEPTR VGYEVKGDK KVRVAKKSGE VIDK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #45: Large ribosomal subunit protein bL27

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 10.57193 KDa
配列文字列:
MLKFDIQHFA HKKGGGSTSN GRDSESKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGTNVG RGGDDTLFAK TDGVVRFERM GRDKKKVSV YPEVQEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #46: Large ribosomal subunit protein bL28

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 7.010383 KDa
配列文字列:
MAKECVITGR KSRSGNKRSH AMNSSKRTWK ANLQKVRILV NGKPKKVWVS ARALKSGKVE RV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #47: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 7.414548 KDa
配列文字列:
MKANDIRDLS TTEIQDQEKA LKEELFNLRF QLATGQLENT ARIREVRKAI ARMKTIVRER ELA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #48: Large ribosomal subunit protein uL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 6.504753 KDa
配列文字列:
MAKLEITLKR SLIGRPQPQR KTVQALGLGK TNSVVVKEDN PAIRGMITKV SHLVDVKEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #49: Large ribosomal subunit protein bL31B

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL31B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 9.27436 KDa
配列文字列:
MKTGIHPEYR PVVFVDTSTD FKFLSGSTKS SSETIKWEDG NEYPLLRVEI SSDSHPFYTG KQKHATADGR VDRFNKKYGL K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31B

+
分子 #50: Large ribosomal subunit protein bL32

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 6.534564 KDa
配列文字列:
MAVPFRRTSK AKKRKRRTHV KLQLPGMNEC SNCGEYRLSH HVCPECGQYD GKDVANS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #51: Large ribosomal subunit protein bL33

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 6.021034 KDa
配列文字列:
MRVNITLECT ECGDRNYITT KNKRENPERI ELKKYCPRLR RVTLHRETK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #52: Large ribosomal subunit protein bL34

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 5.319457 KDa
配列文字列:
MKRTYQPSKR KRKKVHGFRT RMSTKNGRRV LASRRRKGRK VLSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #53: Large ribosomal subunit protein bL35

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 7.746438 KDa
配列文字列:
MPKMKTHRGS AKRFKRTGSG KLKRRHGFTS HMFANKSQKQ KRKLRKSAMV SAGDFKRIRQ MVAKMK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #54: Large ribosomal subunit protein bL36

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090
分子量理論値: 4.33646 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPM CEKCKVIRRK GKVMVICENP KHKQKQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #55: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 423 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #56: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #57: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 1 / 式: GCP
分子量理論値: 521.208 Da
Chemical component information

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #58: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 364 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10151 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / 使用した粒子像数: 55099

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7nhn


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8uu8:
Cryo-EM structure of the Listeria innocua 70S ribosome (head-swiveled) in complex with HflXr and pe/E-tRNA (structure II-C)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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