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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42250 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Varicella-zoster virus glycoprotein B; H527P prefusion class I. | ||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-ET map of the VZV gB mutant H527P; class I | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Herpesvirus (ヘルペスウイルス科) / Fusogen / Glycoprotein B / Varicella Zoster-Virus / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhou M / Oliver SL / Muyuan C / Vollmer B | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, ドイツ, European Union, 9件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Targeted mutagenesis of the herpesvirus fusogen central helix captures transition states. 著者: Momei Zhou / Benjamin Vollmer / Emily Machala / Muyuan Chen / Kay Grünewald / Ann M Arvin / Wah Chiu / Stefan L Oliver / 要旨: Herpesviruses remain a burden for animal and human health, including the medically important varicella-zoster virus (VZV). Membrane fusion mediated by conserved core glycoproteins, the fusogen gB and ...Herpesviruses remain a burden for animal and human health, including the medically important varicella-zoster virus (VZV). Membrane fusion mediated by conserved core glycoproteins, the fusogen gB and the heterodimer gH-gL, enables herpesvirus cell entry. The ectodomain of gB orthologs has five domains and is proposed to transition from a prefusion to postfusion conformation but the functional relevance of the domains for this transition remains poorly defined. Here we describe structure-function studies of the VZV gB DIII central helix targeting residues EHV. Critically, a H527P mutation captures gB in a prefusion conformation as determined by cryo-EM, a loss of membrane fusion in a virus free assay, and failure of recombinant VZV to spread in cell monolayers. Importantly, two predominant cryo-EM structures of gB[H527P] are identified by 3D classification and focused refinement, suggesting they represented gB conformations in transition. These studies reveal gB DIII as a critical element for herpesvirus gB fusion function. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42250.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42250-v30.xml emd-42250.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_42250.png | 62.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42250.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_42250_half_map_1.map.gz emd_42250_half_map_2.map.gz | 16.8 MB 16.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42250 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42250 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42250.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-ET map of the VZV gB mutant H527P; class I | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.19 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map even
ファイル | emd_42250_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map even | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map odd
ファイル | emd_42250_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map odd | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human alphaherpesvirus 3
全体 | 名称: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human alphaherpesvirus 3
超分子 | 名称: Human alphaherpesvirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Extracellular vesicles produced by BHK-21 cells transfected with a plasmid expressing VZV glycoprotein B mutant H527P. NCBI-ID: 10335 / 生物種: Human alphaherpesvirus 3 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Varicella-zoster virus gB[H527P] mutant
分子 | 名称: Varicella-zoster virus gB[H527P] mutant / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Mesocricetus auratus (ゴールデンハムスター) |
配列 | 文字列: MSPCGYYSKW RNRDRPEYRR NLRFRRFFSS IHPNAAAGSG FNGPGVFITS VTGVWLCFLC IFSMFVTAVV SVSPSSFYES LQVEPTQSED ITRSAHLGDG DEIREAIHKS QDAETKPTFY VCPPPTGSTI VRLEPPRTCP DYHLGKNFTE GIAVVYKENI AAYKFKATVY ...文字列: MSPCGYYSKW RNRDRPEYRR NLRFRRFFSS IHPNAAAGSG FNGPGVFITS VTGVWLCFLC IFSMFVTAVV SVSPSSFYES LQVEPTQSED ITRSAHLGDG DEIREAIHKS QDAETKPTFY VCPPPTGSTI VRLEPPRTCP DYHLGKNFTE GIAVVYKENI AAYKFKATVY YKDVIVSTAW AGSSYTQITN RYADRVPIPV SEITDTIDKF GKCSSKATYV RNNHKVEAFN EDKNPQDMPL IASKYNSVGS KAWHTTNDTY MVAGTPGTYR TGTSVNCIIE EVEARSIFPY DSFGLSTGDI IYMSPFFGLR DGAYREHSNY AMDRFHQFEG YRQRDLDTRA LLEPAARNFL VTPHLTVGWN WKPKRTEVCS LVKWREVEDV VRDEYAHNFR FTMKTLSTTF ISETNEFNLN QIHLSQCVKE EARAIINRIY TTRYNSSHVR TGDIQTYLAR GGFVVVFQPL LSNSLARLYL QELVRENTNH SPQKHPTRNT RSRRSVPVEL RANRTITTTS SVEFAMLQFT YDHIQEPVNE MLARISSSWC QLQNRERALW SGLFPINPSA LASTILDQRV KARILGDVIS VSNCPELGSD TRIILQNSMR VSGSTTRCYS RPLISIVSLN GSGTVEGQLG TDNELIMSRD LLEPCVANHK RYFLFGHHYV YYEDYRYVRE IAVHDVGMIS TYVDLNLTLL KDREFMPLRV YTRDELRDTG LLDYSEIQRR NQMHSLRFYD IDKVVQYDSG TAIMQGMAQF FQGLGTAGQA VGHVVLGATG ALLSTVHGFT TFLSNPFGAL AVGLLVLAGL VAAFFAYRYV LKLKTSPMKA LYPLTTKGLK QLPEGMDPFA EKPNATDTPI EEIGDSQNTE PSVNSGFDPD KFREAQEMIK YMTLVSAAER QESKARKKNK TSALLTSRLT GLALRNRRGY SRVRTENVTG V |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.002 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.002 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 3.22 e/Å2 / 詳細: A total of 43 tilt series. |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 2074 |
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最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 43 |