+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40209 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Chlorophyll-binding region of de novo-designed nanocage O32-15 | |||||||||
マップデータ | Chlorophyll-binding region of de novo-designed nanocage O32-15 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | nanocage / helical repeats / chlorophyll-binding / octahedral symmetry / DE NOVO PROTEIN (De novo) | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Redler RL / Ennist NM / Wang S / Baker D / Ekiert DC / Bhabha G | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: De novo design of energy transfer proteins housing excitonically coupled chlorophyll special pairs 著者: Ennist NM / Wang S / Kennedy MA / Curti M / Sutherland GA / Vasilev C / Redler RL / Maffeis V / Shareef S / Sica AV / Hua AS / Deshmukh AP / Moyer AP / Hicks DR / Swartz AZ / Cacho RA / Novy ...著者: Ennist NM / Wang S / Kennedy MA / Curti M / Sutherland GA / Vasilev C / Redler RL / Maffeis V / Shareef S / Sica AV / Hua AS / Deshmukh AP / Moyer AP / Hicks DR / Swartz AZ / Cacho RA / Novy N / Bera AK / Kang A / Sankaran B / Johnson MP / Reppert M / Ekiert DC / Bhabha G / Stewart L / Caram JR / Stoddard BL / Romero E / Hunter CN / Baker D | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40209.map.gz | 91.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-40209-v30.xml emd-40209.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40209.png | 47 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40209.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_40209_half_map_1.map.gz emd_40209_half_map_2.map.gz | 170.4 MB 170.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40209 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40209 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40209.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Chlorophyll-binding region of de novo-designed nanocage O32-15 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.076 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_40209_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_40209_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Chlorophyll-binding nanocage O32-15 loaded with ZnPPaM
全体 | 名称: Chlorophyll-binding nanocage O32-15 loaded with ZnPPaM |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Chlorophyll-binding nanocage O32-15 loaded with ZnPPaM
超分子 | 名称: Chlorophyll-binding nanocage O32-15 loaded with ZnPPaM タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: C3-comp_O32-15
分子 | 名称: C3-comp_O32-15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: STKEKARQLA EEAKETAEKV GDPELIKLAE QASQEGDSEK AKAILLAAEA ARVAKEVGAP DLIRLARIAA RVGASEAAKA ILLAAEAARV AKEVGDPELE RLALLAAVLG DSEKAKAILL AAEAARVAKE VGDPELIKLA LEAAERGDSE KAKAILLAAE AARVAKEVGD ...文字列: STKEKARQLA EEAKETAEKV GDPELIKLAE QASQEGDSEK AKAILLAAEA ARVAKEVGAP DLIRLARIAA RVGASEAAKA ILLAAEAARV AKEVGDPELE RLALLAAVLG DSEKAKAILL AAEAARVAKE VGDPELIKLA LEAAERGDSE KAKAILLAAE AARVAKEVGD PELIKLALEA ARRGDSEKAK AILLAAEAAR VAKEVGDPEL IKLALEAARR GDSRKAEAIL LAAEAARIAK EAGDPEARKK ALEAARRGDR ELATRILIEA LLRLLKKSTA ELKRATASLR AITEELKKNP SEDALVEHNR AIVEHNAIIV ENNRIIAMVL EAIVRAI |
-分子 #2: C2-chlorophyll-comp_O32-15_ctermHis
分子 | 名称: C2-chlorophyll-comp_O32-15_ctermHis / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: DEEFKFLATE AKMLITAAER LAGTDPRLQE MVALIKKELE QAERTFRNGD KSEAQRQLEF VLTAARAVMN VAAAANAAGT DPLLKAMVDA ILWRLKEAIR TFQNGDQEEA ETQLRFVLRA AIAVAVVAAA LVLAGTDPEL QEMVEQIKDL LISAFMAGAR GDKEKALTQL ...文字列: DEEFKFLATE AKMLITAAER LAGTDPRLQE MVALIKKELE QAERTFRNGD KSEAQRQLEF VLTAARAVMN VAAAANAAGT DPLLKAMVDA ILWRLKEAIR TFQNGDQEEA ETQLRFVLRA AIAVAVVAAA LVLAGTDPEL QEMVEQIKDL LISAFMAGAR GDKEKALTQL LFVAWAAHAV AMIAAAANLA GTDPRLQQQV KEILEKLKEA IETFQKGDEE QAFRQLAEVL AEAALVALRA ALTNLEHHHH HH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 64000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 49.99 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 359331 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) 詳細: Particles were symmetry-expanded and partial-signal-subtracted prior to final refinement (Local Refinement in Cryosparc). Resolution of 5.2A is median resolution from Local Resolution Estimation in Cryosparc. 使用した粒子像数: 2844504 |