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万見
- EMDB-38074: CryoEM structure of the histamine H1 receptor in apo-form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38074
タイトルCryoEM structure of the histamine H1 receptor in apo-form
マップデータ
試料
  • 複合体: CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex
    • タンパク質・ペプチド: Histamine H1 receptor,Soluble cytochrome b562
キーワードGPCR (Gタンパク質共役受容体) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


ヒスタミン受容体 / histamine receptor activity / regulation of vascular permeability / cellular response to histamine / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of vasoconstriction / 電子伝達系 / regulation of synaptic plasticity ...ヒスタミン受容体 / histamine receptor activity / regulation of vascular permeability / cellular response to histamine / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of vasoconstriction / 電子伝達系 / regulation of synaptic plasticity / visual learning / 記憶 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / electron transfer activity / ペリプラズム / 炎症 / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / シナプス / 樹状突起 / heme binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Histamine H1 receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Histamine H1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wang DD / Guo Q / Tao YY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of antihistamines recognition and regulation of the histamine H receptor.
著者: Dandan Wang / Qiong Guo / Zhangsong Wu / Ming Li / Binbin He / Yang Du / Kaiming Zhang / Yuyong Tao /
要旨: Histamine receptors are a group of G protein-coupled receptors (GPCRs) that play important roles in various physiological and pathophysiological conditions. Antihistamines that target the histamine H ...Histamine receptors are a group of G protein-coupled receptors (GPCRs) that play important roles in various physiological and pathophysiological conditions. Antihistamines that target the histamine H receptor (HR) have been widely used to relieve the symptoms of allergy and inflammation. Here, to uncover the details of the regulation of HR by the known second-generation antihistamines, thereby providing clues for the rational design of newer antihistamines, we determine the cryo-EM structure of HR in the apo form and bound to different antihistamines. In addition to the deep hydrophobic cavity, we identify a secondary ligand-binding site in HR, which potentially may support the introduction of new derivative groups to generate newer antihistamines. Furthermore, these structures show that antihistamines exert inverse regulation by utilizing a shared phenyl group that inserts into the deep cavity and block the movement of the toggle switch residue W428. Together, these results enrich our understanding of GPCR modulation and facilitate the structure-based design of novel antihistamines.
履歴
登録2023年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月17日-
マップ公開2024年1月17日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.42
最小 - 最大-2.117944 - 3.111413
平均 (標準偏差)-0.00039580127 (±0.05208801)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 299.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38074_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38074_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab ...

全体名称: CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex
要素
  • 複合体: CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex
    • タンパク質・ペプチド: Histamine H1 receptor,Soluble cytochrome b562

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超分子 #1: CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab ...

超分子名称: CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histamine H1 receptor,Soluble cytochrome b562

分子名称: Histamine H1 receptor,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.629363 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: DYKDDDDKTT MASPQLMPLV VVLSTICLVT VGLNLLVLYA VRSERKLHTV GNLYIVSLSV ADLIVGAVVM PMNILYLLMS KWSLGRPLC LFWLSMDYVA STASIFSVFI LCIDRYRSVQ QPLRYLKYRT KTRASATILG AWFLSFLWVI PILGWNHFMQ Q TSVRREDK ...文字列:
DYKDDDDKTT MASPQLMPLV VVLSTICLVT VGLNLLVLYA VRSERKLHTV GNLYIVSLSV ADLIVGAVVM PMNILYLLMS KWSLGRPLC LFWLSMDYVA STASIFSVFI LCIDRYRSVQ QPLRYLKYRT KTRASATILG AWFLSFLWVI PILGWNHFMQ Q TSVRREDK CETDFYDVTW FKVMTAIINF YLPTLLMLWF YAKIYKAVKR QLADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD AL TKMRAAA LDAQKASGSG SPEMKDFRHG FDILVGQIDD ALKLANEGKV KEAQAAAEQL KTTRNAYIQK YLKFCNRERK AAK QLGFIM AAFILCWIPY FIFFMVIAFC KNCCNEHLHM FTIWLGYINS TLNPLIYPLC NENFKKTFKR ILKIAALKEK IAAL KEKIA ALKEAEEKRA SRLEEELRRR LTEGSHHHHH HHH

UniProtKB: Histamine H1 receptor, Soluble cytochrome b562, Histamine H1 receptor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 327890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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