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万見
- EMDB-36741: Langya Henipavirus attachment protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36741
タイトルLangya Henipavirus attachment protein
マップデータThe LayV-G protein map file.
試料
  • 複合体: Homotetramer of Langya virus attachment protein G
    • タンパク質・ペプチド: langya virus attachment protein G
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
キーワードLangya Henipavirus attachment protein / G protein (Gタンパク質) / homotetramer / Viral surface glycoprotein. / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
生物種Henipavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Yan RH / Guo YY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A special homotetrameric architecture of langya virus glycoprotein
著者: Yan RH / Guo YY
履歴
登録2023年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The LayV-G protein map file.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.095 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.56306565 - 1.7283171
平均 (標準偏差)-0.0018629739 (±0.04579257)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 420.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: focused transmembrane map

ファイルemd_36741_additional_1.map
注釈focused transmembrane map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36741_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36741_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homotetramer of Langya virus attachment protein G

全体名称: Homotetramer of Langya virus attachment protein G
要素
  • 複合体: Homotetramer of Langya virus attachment protein G
    • タンパク質・ペプチド: langya virus attachment protein G
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム

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超分子 #1: Homotetramer of Langya virus attachment protein G

超分子名称: Homotetramer of Langya virus attachment protein G / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Henipavirus (ウイルス)
分子量理論値: 270 kDa/nm

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分子 #1: langya virus attachment protein G

分子名称: langya virus attachment protein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Henipavirus (ウイルス)
分子量理論値: 69.064383 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATNKRDVIK TTESTREDKV KKFYGVETAE KVADSISSNK VFILMNTLLI LTGAIITITL NVTNLTTIKN QQAMLKIIQD EVNSKLEMF VSLDQLVKGE IKPKVSLINT AVSVSIPGQI SNLQTKFLQK YVYLEESITK QCTCNPLSGI FPTTKPPPPP T DKPDDDTT ...文字列:
MATNKRDVIK TTESTREDKV KKFYGVETAE KVADSISSNK VFILMNTLLI LTGAIITITL NVTNLTTIKN QQAMLKIIQD EVNSKLEMF VSLDQLVKGE IKPKVSLINT AVSVSIPGQI SNLQTKFLQK YVYLEESITK QCTCNPLSGI FPTTKPPPPP T DKPDDDTT DDDKVDTTIK PVEYYKPDGC NKTNDHFTMQ PGVNFYTVPN LGPSSSSADE CYTNPSFSIG SSIYMFSQEI RK TDCTTGE ILSIQIVLGR IVDKGQQGPQ ASPLLVWSVP NPKIINSCAV AAGDETGWVL CSVTLTAASG EPIPHMFDGF WLY KFEPDT EVVAYRITGF AYLLDKVYDS VFIGKGGGIQ RGNDLYFQMF GLSRNRQSIK ALCEHGSCLG TGGGGYQVLC DRAV MSFGS EESLISNAYL KVNDVASGKP TIISQTFPPS DSYKGSNGRI YTIGERYGIY LAPSSWNRYL RFGLTPDISV RSTTW LKEK DPIMKVLTTC TNTDKDMCPE ICNTRGYQDI FPLSEDSSFY TYIGITPSNE GTKSFVAVKD DAGHVASITI LPNYYS ITS ATISCFMYKE EIWCIAVTEG RKQKENPQRI YAHSYRVQKM CFNIKPASVV TSLPSNVTIR S

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #4: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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