[日本語] English
万見
- EMDB-36594: Cryo-EM structure of a designed AAV8-based vector -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36594
タイトルCryo-EM structure of a designed AAV8-based vector
マップデータ
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
キーワードAAV8 / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / カプシド
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Ke X / Luo S / Zheng Q / Jiang H / Liu F / Sun X
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: An adeno-associated virus variant enabling efficient ocular-directed gene delivery across species.
著者: Shuang Luo / Hao Jiang / Qingwei Li / Yingfei Qin / Shiping Yang / Jing Li / Lingli Xu / Yan Gou / Yafei Zhang / Fengjiang Liu / Xiao Ke / Qiang Zheng / Xun Sun /
要旨: Recombinant adeno-associated viruses (rAAVs) have emerged as promising gene therapy vectors due to their proven efficacy and safety in clinical applications. In non-human primates (NHPs), rAAVs are ...Recombinant adeno-associated viruses (rAAVs) have emerged as promising gene therapy vectors due to their proven efficacy and safety in clinical applications. In non-human primates (NHPs), rAAVs are administered via suprachoroidal injection at a higher dose. However, high doses of rAAVs tend to increase additional safety risks. Here, we present a novel AAV capsid (AAVv128), which exhibits significantly enhanced transduction efficiency for photoreceptors and retinal pigment epithelial (RPE) cells, along with a broader distribution across the layers of retinal tissues in different animal models (mice, rabbits, and NHPs) following intraocular injection. Notably, the suprachoroidal delivery of AAVv128-anti-VEGF vector completely suppresses the Grade IV lesions in a laser-induced choroidal neovascularization (CNV) NHP model for neovascular age-related macular degeneration (nAMD). Furthermore, cryo-EM analysis at 2.1 Å resolution reveals that the critical residues of AAVv128 exhibit a more robust advantage in AAV binding, the nuclear uptake and endosome escaping. Collectively, our findings highlight the potential of AAVv128 as a next generation ocular gene therapy vector, particularly using the suprachoroidal delivery route.
履歴
登録2023年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_36594.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36594.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.3326438 - 0.759319
平均 (標準偏差)0.0016344875 (±0.06158229)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 327.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_36594_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36594_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Adeno-associated virus - 8

全体名称: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド

-
超分子 #1: Adeno-associated virus - 8

超分子名称: Adeno-associated virus - 8 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 202813 / 生物種: Adeno-associated virus - 8 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

-
分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 59.270191 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GADGVGSSSG NWHCDSTWLG DRVITTSTRT WALPTYNNHL YKQISNGTSG GATNDNTYFG YSTPWGYFDF NRFHCHFSPR DWQRLINNN WGFRPKRLSF KLFNIQVKEV TQNEGTKTIA NNLTSTIQVF TDSEYQLPYV LGSAHQGCLP PFPADVFMIP Q YGYLTLNN ...文字列:
GADGVGSSSG NWHCDSTWLG DRVITTSTRT WALPTYNNHL YKQISNGTSG GATNDNTYFG YSTPWGYFDF NRFHCHFSPR DWQRLINNN WGFRPKRLSF KLFNIQVKEV TQNEGTKTIA NNLTSTIQVF TDSEYQLPYV LGSAHQGCLP PFPADVFMIP Q YGYLTLNN GSQAVGRSSF YCLEYFPSQM LRTGNNFQFT YTFEDVPFHS SYAHSQSLDR LMNPLIDQYL YYLSRTQTTG GT ANTQTLG FSQGGPNTMA NQAKNWLPGP CYRQQRVSTT TGQNNNSNFA WTAGTKYHLN GRNSLANPGI AMATHKDDEE RFF PSNGIL IFGKQNAARD NADYSDVMLT SEEEIKTTNP VATEEYGIVA DNLQRGNQQN TARQPQIGTV NSQGALPGMV WQNR DVYLQ GPIWAKIPHT DGNFHPSPLM GGFGLKHPPP QILIKNTPVP ADPPTTFNQS KLNSFITQYS TGQVSVEIEW ELQKE NSKR WNPEIQYTSN YYKSTSVDFA VNTEGVYSEP RPIGTRYLTR NL

UniProtKB: カプシド

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90744

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る