+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36126 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1 (Local Refine, non-cross linked) | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | GPCR (Gタンパク質共役受容体) / Arrestin (アレスチン) / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / clathrin heavy chain binding / clathrin coat of coated pit ...MAP2K and MAPK activation / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / clathrin heavy chain binding / clathrin coat of coated pit / Ub-specific processing proteases / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / cholinergic synapse / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / inositol hexakisphosphate binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / acetylcholine receptor binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / regulation of heart contraction / G alpha (s) signalling events / clathrin binding / negative regulation of Notch signaling pathway / 仮足 / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / small molecule binding / positive regulation of receptor internalization / asymmetric synapse / axon terminus / 視覚 / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / G protein-coupled receptor binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / response to virus / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / receptor internalization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / protein transport / presynaptic membrane / Clathrin-mediated endocytosis / nervous system development / G alpha (i) signalling events / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / molecular adaptor activity / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / 樹状突起 / シナプス / glutamatergic synapse / シグナル伝達 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Maharana J / Sano FK / Shihoya W / Banerjee R / Nureki O / Shukla AK | |||||||||||||||
資金援助 | インド, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Molecular insights into atypical modes of β-arrestin interaction with seven transmembrane receptors. 著者: Jagannath Maharana / Fumiya K Sano / Parishmita Sarma / Manish K Yadav / Longhan Duan / Tomasz M Stepniewski / Madhu Chaturvedi / Ashutosh Ranjan / Vinay Singh / Sayantan Saha / Gargi Mahajan ...著者: Jagannath Maharana / Fumiya K Sano / Parishmita Sarma / Manish K Yadav / Longhan Duan / Tomasz M Stepniewski / Madhu Chaturvedi / Ashutosh Ranjan / Vinay Singh / Sayantan Saha / Gargi Mahajan / Mohamed Chami / Wataru Shihoya / Jana Selent / Ka Young Chung / Ramanuj Banerjee / Osamu Nureki / Arun K Shukla / 要旨: β-arrestins (βarrs) are multifunctional proteins involved in signaling and regulation of seven transmembrane receptors (7TMRs), and their interaction is driven primarily by agonist-induced receptor ...β-arrestins (βarrs) are multifunctional proteins involved in signaling and regulation of seven transmembrane receptors (7TMRs), and their interaction is driven primarily by agonist-induced receptor activation and phosphorylation. Here, we present seven cryo-electron microscopy structures of βarrs either in the basal state, activated by the muscarinic receptor subtype 2 (M2R) through its third intracellular loop, or activated by the βarr-biased decoy D6 receptor (D6R). Combined with biochemical, cellular, and biophysical experiments, these structural snapshots allow the visualization of atypical engagement of βarrs with 7TMRs and also reveal a structural transition in the carboxyl terminus of βarr2 from a β strand to an α helix upon activation by D6R. Our study provides previously unanticipated molecular insights into the structural and functional diversity encoded in 7TMR-βarr complexes with direct implications for exploring novel therapeutic avenues. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36126.map.gz | 229.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-36126-v30.xml emd-36126.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36126_fsc.xml | 13.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36126.png | 69 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36126.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_36126_half_map_1.map.gz emd_36126_half_map_2.map.gz | 254.5 MB 254.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36126 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36126 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jafMC 8go9C 8j8rC 8j8vC 8j8zC 8j97C 8j9kC 8ja3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36126.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36126_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36126_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1
全体 | 名称: Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1
超分子 | 名称: Muscarinic receptor (M2R) in complex with beta-arrestin1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|
-超分子 #2: beta-arrestin1
超分子 | 名称: beta-arrestin1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-超分子 #3: Fab30
超分子 | 名称: Fab30 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-超分子 #4: Muscarinic receptor M2R
超分子 | 名称: Muscarinic receptor M2R / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Beta-arrestin-1
分子 | 名称: Beta-arrestin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 40.24727 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GTRVFKKASP NGKLTVYLGK RDFVDHIDLV EPVDGVVLVD PEYLKERRVY VTLTCAFRYG REDLDVLGLT FRKDLFVANV QSFPPAPED KKPLTRLQER LIKKLGEHAY PFTFEIPPNL PCSVTLQPGP EDTGKACGVD YEVKAFCAEN LEEKIHKRNS V RLVIRKVQ ...文字列: GTRVFKKASP NGKLTVYLGK RDFVDHIDLV EPVDGVVLVD PEYLKERRVY VTLTCAFRYG REDLDVLGLT FRKDLFVANV QSFPPAPED KKPLTRLQER LIKKLGEHAY PFTFEIPPNL PCSVTLQPGP EDTGKACGVD YEVKAFCAEN LEEKIHKRNS V RLVIRKVQ YAPERPGPQP TAETTRQFLM SDKPLHLEAS LDKEIYYHGE PISVNVHVTN NTNKTVKKIK ISVRQYADIC LF NTAQYKC PVAMEEADDT VAPSSTFCKV YTLTPFLANN REKRGLALDG KLKHEDTNLA SSTLLREGAN REILGIIVSY KVK VKLVVS RGGLLGDLAS SDVAVELPFT LMHPKPKEEP PH UniProtKB: アレスチン |
-分子 #2: Fab30 heavy chain
分子 | 名称: Fab30 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 12.861245 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: VQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASGFNVYS SSIHWVRQAP GKGLEWVASI SSYYGYTYYA DSVKGRFTIS ADTSKNTAYL QMNSLRAED TAVYYCARSR QFWYSGLDYW GQGTLVTV |
-分子 #3: Fab30 light chain
分子 | 名称: Fab30 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 11.50082 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYKYVPVTFG QGTKVEI |
-分子 #4: Muscarinic acetylcholine receptor M2
分子 | 名称: Muscarinic acetylcholine receptor M2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 983.637 Da |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: (TPO)V(SEP)(TPO)(SEP)LG UniProtKB: Muscarinic acetylcholine receptor M2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 実像数: 32158 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |