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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35239 | |||||||||
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タイトル | Prefusion spike of BA.1 with all-RBD-down conformation | |||||||||
マップデータ | Subtomgram-averaged density map of BA.1 prefusion spike with all-RBD-down conformation | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cryo-ET / Subtomogram averaging / Omicron (Ο) / prefusion spike / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao YZ / Ma XY / Liu Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Prefusion Spike Protein of SARS-CoV-2 sublineage BA.1.1 in RBD down conformation 著者: Gao YZ / Ma XY / Liu Z | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35239.map.gz | 3.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35239-v30.xml emd-35239.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35239_fsc.xml | 3.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35239.png | 29.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35239.cif.gz | 3.7 KB | ||
その他 | emd_35239_half_map_1.map.gz emd_35239_half_map_2.map.gz | 2.4 MB 2.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35239 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35239 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35239.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomgram-averaged density map of BA.1 prefusion spike with all-RBD-down conformation | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.66 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Subtomgram-averaged density map of BA.1 prefusion spike with...
ファイル | emd_35239_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Subtomgram-averaged density map of BA.1 prefusion spike with all-RBD-down conformation, half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Subtomgram-averaged density map of BA.1 prefusion spike with...
ファイル | emd_35239_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Subtomgram-averaged density map of BA.1 prefusion spike with all-RBD-down conformation, half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
全体 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
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要素 |
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-超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 株: BA.1.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 2.92 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |