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- EMDB-34738: Structure of 2:2 PAPP-A.ProMBP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34738
タイトルStructure of 2:2 PAPP-A.ProMBP complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of 2:2 PAPP-A/ProMBP complex
    • タンパク質・ペプチド: Bone marrow proteoglycan
    • タンパク質・ペプチド: Pappalysin-1パパリシン-1
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular matrix structural constituent conferring compression resistance / defense response to nematode / パパリシン-1 / response to follicle-stimulating hormone / negative regulation of macrophage cytokine production / protein metabolic process / negative regulation of interleukin-10 production / response to dexamethasone / positive regulation of interleukin-4 production / 小胞 ...extracellular matrix structural constituent conferring compression resistance / defense response to nematode / パパリシン-1 / response to follicle-stimulating hormone / negative regulation of macrophage cytokine production / protein metabolic process / negative regulation of interleukin-10 production / response to dexamethasone / positive regulation of interleukin-4 production / 小胞 / female pregnancy / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / heparin binding / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / 免疫応答 / Neutrophil degranulation / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Eosinophil major basic protein / Eosinophil major basic protein, C-type lectin-like domain / Pappalysin-1/2 / Myxococcus cysteine-rich repeat / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Peptidase M43, pregnancy-associated plasma-A / パパリシン-1 / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Notch domain ...Eosinophil major basic protein / Eosinophil major basic protein, C-type lectin-like domain / Pappalysin-1/2 / Myxococcus cysteine-rich repeat / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Peptidase M43, pregnancy-associated plasma-A / パパリシン-1 / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone marrow proteoglycan / パパリシン-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Zhong QH / Chu HL / Wang GP / Zhang C / Wei Y / Qiao J / Hang J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82071658 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the covalent regulation of PAPP-A activity by proMBP and STC2.
著者: Qihang Zhong / Honglei Chu / Guopeng Wang / Cheng Zhang / Rong Li / Fusheng Guo / Xinlu Meng / Xiaoguang Lei / Youli Zhou / Ruobing Ren / Lin Tao / Ningning Li / Ning Gao / Yuan Wei / Jie Qiao / Jing Hang /
要旨: Originally discovered in the circulation of pregnant women as a protein secreted by placental trophoblasts, the metalloprotease pregnancy-associated plasma protein A (PAPP-A) is also widely expressed ...Originally discovered in the circulation of pregnant women as a protein secreted by placental trophoblasts, the metalloprotease pregnancy-associated plasma protein A (PAPP-A) is also widely expressed by many other tissues. It cleaves insulin-like growth factor-binding proteins (IGFBPs) to increase the bioavailability of IGFs and plays essential roles in multiple growth-promoting processes. While the vast majority of the circulatory PAPP-A in pregnancy is proteolytically inactive due to covalent inhibition by proform of eosinophil major basic protein (proMBP), the activity of PAPP-A can also be covalently inhibited by another less characterized modulator, stanniocalcin-2 (STC2). However, the structural basis of PAPP-A proteolysis and the mechanistic differences between these two modulators are poorly understood. Here we present two cryo-EM structures of endogenous purified PAPP-A in complex with either proMBP or STC2. Both modulators form 2:2 heterotetramer with PAPP-A and establish extensive interactions with multiple domains of PAPP-A that are distal to the catalytic cleft. This exosite-binding property results in a steric hindrance to prevent the binding and cleavage of IGFBPs, while the IGFBP linker region-derived peptides harboring the cleavage sites are no longer sensitive to the modulator treatment. Functional investigation into proMBP-mediated PAPP-A regulation in selective intrauterine growth restriction (sIUGR) pregnancy elucidates that PAPP-A and proMBP collaboratively regulate extravillous trophoblast invasion and the consequent fetal growth. Collectively, our work reveals a novel covalent exosite-competitive inhibition mechanism of PAPP-A and its regulatory effect on placental function.
履歴
登録2022年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年1月11日-
現状2023年1月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34738.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.052 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0262
最小 - 最大-0.12790571 - 0.207171
平均 (標準偏差)0.00051870424 (±0.005143774)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 269.312 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34738_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34738_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of 2:2 PAPP-A/ProMBP complex

全体名称: Structure of 2:2 PAPP-A/ProMBP complex
要素
  • 複合体: Structure of 2:2 PAPP-A/ProMBP complex
    • タンパク質・ペプチド: Bone marrow proteoglycan
    • タンパク質・ペプチド: Pappalysin-1パパリシン-1
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Structure of 2:2 PAPP-A/ProMBP complex

超分子名称: Structure of 2:2 PAPP-A/ProMBP complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Bone marrow proteoglycan

分子名称: Bone marrow proteoglycan / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human (ヒト)
分子量理論値: 25.236564 KDa
配列文字列: MKLPLLLALL FGAVSALHLR SETSTFETPL GAKTLPEDEE TPEQEMEETP CRELEEEEEW GSGSEDASKK DGAVESISVP DMVDKNLTC PEEEDTVKVV GIPGCQTCRY LLVRSLQTFS QAWFTCRRCY RGNLVSIHNF NINYRIQCSV SALNQGQVWI G GRITGSGR ...文字列:
MKLPLLLALL FGAVSALHLR SETSTFETPL GAKTLPEDEE TPEQEMEETP CRELEEEEEW GSGSEDASKK DGAVESISVP DMVDKNLTC PEEEDTVKVV GIPGCQTCRY LLVRSLQTFS QAWFTCRRCY RGNLVSIHNF NINYRIQCSV SALNQGQVWI G GRITGSGR CRRFQWVDGS RWNFAYWAAH QPWSRGGHCV ALCTRGGHWR RAHCLRRLPF ICSY

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分子 #2: Pappalysin-1

分子名称: Pappalysin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human (ヒト)
分子量理論値: 181.175609 KDa
配列文字列: MRLWSWVLHL GLLSAALGCG LAERPRRARR DPRAGRPPRP AAGPATCATR AARGRRASPP PPPPPGGAWE AVRVPRRRQQ REARGATEE PSPPSRALYF SGRGEQLRLR ADLELPRDAF TLQVWLRAEG GQRSPAVITG LYDKCSYISR DRGWVVGIHT I SDQDNKDP ...文字列:
MRLWSWVLHL GLLSAALGCG LAERPRRARR DPRAGRPPRP AAGPATCATR AARGRRASPP PPPPPGGAWE AVRVPRRRQQ REARGATEE PSPPSRALYF SGRGEQLRLR ADLELPRDAF TLQVWLRAEG GQRSPAVITG LYDKCSYISR DRGWVVGIHT I SDQDNKDP RYFFSLKTDR ARQVTTINAH RSYLPGQWVY LAATYDGQFM KLYVNGAQVA TSGEQVGGIF SPLTQKCKVL ML GGSALNH NYRGYIEHFS LWKVARTQRE ILSDMETHGA HTALPQLLLQ ENWDNVKHAW SPMKDGSSPK VEFSNAHGFL LDT SLEPPL CGQTLCDNTE VIASYNQLSS FRQPKVVRYR VVNLYEDDHK NPTVTREQVD FQHHQLAEAF KQYNISWELD VLEV SNSSL RRRLILANCD ISKIGDENCD PECNHTLTGH DGGDCRHLRH PAFVKKQHNG VCDMDCNYER FNFDGGECCD PEITN VTQT CFDPDSPHRA YLDVNELKNI LKLDGSTHLN IFFAKSSEEE LAGVATWPWD KEALMHLGGI VLNPSFYGMP GHTHTM IHE IGHSLGLYHV FRGISEIQSC SDPCMETEPS FETGDLCNDT NPAPKHKSCG DPGPGNDTCG FHSFFNTPYN NFMSYAD DD CTDSFTPNQV ARMHCYLDLV YQGWQPSRKP APVALAPQVL GHTTDSVTLE WFPPIDGHFF ERELGSACHL CLEGRILV Q YASNASSPMP CSPSGHWSPR EAEGHPDVEQ PCKSSVRTWS PNSAVNPHTV PPACPEPQGC YLELEFLYPL VPESLTIWV TFVSTDWDSS GAVNDIKLLA VSGKNISLGP QNVFCDVPLT IRLWDVGEEV YGIQIYTLDE HLEIDAAMLT STADTPLCLQ CKPLKYKVV RDPPLQMDVA SILHLNRKFV DMDLNLGSVY QYWVITISGT EESEPSPAVT YIHGSGYCGD GIIQKDQGEQ C DDMNKING DGCSLFCRQE VSFNCIDEPS RCYFHDGDGV CEEFEQKTSI KDCGVYTPQG FLDQWASNAS VSHQDQQCPG WV IIGQPAA SQVCRTKVID LSEGISQHAW YPCTISYPYS QLAQTTFWLR AYFSQPMVAA AVIVHLVTDG TYYGDQKQET ISV QLLDTK DQSHDLGLHV LSCRNNPLII PVVHDLSQPF YHSQAVRVSF SSPLVAISGV ALRSFDNFDP VTLSSCQRGE TYSP AEQSC VHFACEKTDC PELAVENASL NCSSSDRYHG AQCTVSCRTG YVLQIRRDDE LIKSQTGPSV TVTCTEGKWN KQVAC EPVD CSIPDHHQVY AASFSCPEGT TFGSQCSFQC RHPAQLKGNN SLLTCMEDGL WSFPEALCEL MCLAPPPVPN ADLQTA RCR ENKHKVGSFC KYKCKPGYHV PGSSRKSKKR AFKTQCTQDG SWQEGACVPV TCDPPPPKFH GLYQCTNGFQ FNSECRI KC EDSDASQGLG SNVIHCRKDG TWNGSFHVCQ EMQGQCSVPN ELNSNLKLQC PDGYAIGSEC ATSCLDHNSE SIILPMNV T VRDIPHWLNP TRVERVVCTA GLKWYPHPAL IHCVKGCEPF MGDNYCDAIN NRAFCNYDGG DCCTSTVKTK KVTPFPMSC DLQGDCACRD PQAQEHSRKD LRGYSHG

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.1 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 261371
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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