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- EMDB-34552: Structure of dimeric mouse SCMC core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34552
タイトルStructure of dimeric mouse SCMC core complex
マップデータ
試料
  • 複合体: The mouse subcortical maternal complex
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Transducin-like enhancer protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Oocyte-expressed protein homolog
キーワードoocyte (卵母細胞) / subcortical / complex / CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質)
機能・相同性
機能・相同性情報


subcortical maternal complex / establishment of organelle localization / regulation of localization / endoplasmic reticulum localization / embryonic process involved in female pregnancy / cortical granule exocytosis / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / 卵細胞 / spermatogonial cell division / positive regulation of meiotic nuclear division ...subcortical maternal complex / establishment of organelle localization / regulation of localization / endoplasmic reticulum localization / embryonic process involved in female pregnancy / cortical granule exocytosis / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / 卵細胞 / spermatogonial cell division / positive regulation of meiotic nuclear division / cortical granule / positive regulation of embryonic development / regulation of establishment of protein localization / regulation of RNA stability / establishment of spindle localization / mitochondrion localization / apical cortex / embryonic pattern specification / 受精 / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / replication fork processing / regulation of cell division / エキソサイトーシス / 着床 / positive regulation of neuron differentiation / tubulin binding / actin filament organization / animal organ morphogenesis / regulation of protein stability / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein localization / transcription corepressor activity / regulation of protein localization / apical part of cell / 細胞皮質 / regulation of inflammatory response / protein-containing complex assembly / in utero embryonic development / transcription regulator complex / intracellular membrane-bounded organelle / 核小体 / ゴルジ体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ミトコンドリア / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
KH-like RNA-binding domain / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. ...KH-like RNA-binding domain / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / ロイシンリッチリピート / K Homology domain, type 1 superfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Oocyte-expressed protein homolog / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / Transducin-like enhancer protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Chi P / Ou G / Han Z / Li J / Deng D
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971132 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of the subcortical maternal complex and its implications in reproductive disorders.
著者: Pengliang Chi / Guojin Ou / Dandan Qin / Zhuo Han / Jialu Li / Qingjie Xiao / Zheng Gao / Chengpeng Xu / Qianqian Qi / Qingting Liu / Sibei Liu / Jinhong Li / Li Guo / Yuechao Lu / Jing Chen ...著者: Pengliang Chi / Guojin Ou / Dandan Qin / Zhuo Han / Jialu Li / Qingjie Xiao / Zheng Gao / Chengpeng Xu / Qianqian Qi / Qingting Liu / Sibei Liu / Jinhong Li / Li Guo / Yuechao Lu / Jing Chen / Xiang Wang / Hubing Shi / Lei Li / Dong Deng /
要旨: The subcortical maternal complex (SCMC) plays a crucial role in early embryonic development. Malfunction of SCMC leads to reproductive diseases in women. However, the molecular function and assembly ...The subcortical maternal complex (SCMC) plays a crucial role in early embryonic development. Malfunction of SCMC leads to reproductive diseases in women. However, the molecular function and assembly basis for SCMC remain elusive. Here we reconstituted mouse SCMC and solved the structure at atomic resolution using single-particle cryo-electron microscopy. The core complex of SCMC was formed by MATER, TLE6 and FLOPED, and MATER embraced TLE6 and FLOPED via its NACHT and LRR domains. Two core complexes further dimerize through interactions between two LRR domains of MATERs in vitro. FILIA integrates into SCMC by interacting with the carboxyl-terminal region of FLOPED. Zygotes from mice with Floped C-terminus truncation showed delayed development and resembled the phenotype of zygotes from Filia knockout mice. More importantly, the assembly of mouse SCMC was affected by corresponding clinical variants associated with female reproductive diseases and corresponded with a prediction based on the mouse SCMC structure. Our study paves the way for further investigations on SCMC functions during mammalian preimplantation embryonic development and reveals underlying causes of female reproductive diseases related to SCMC mutations, providing a new strategy for the diagnosis of female reproductive disorders.
履歴
登録2022年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月10日-
マップ公開2024年1月10日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34552.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34552.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.256
最小 - 最大-1.5000986 - 2.9744112
平均 (標準偏差)0.0003659482 (±0.045800574)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34552_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34552_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The mouse subcortical maternal complex

全体名称: The mouse subcortical maternal complex
要素
  • 複合体: The mouse subcortical maternal complex
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Transducin-like enhancer protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Oocyte-expressed protein homolog

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超分子 #1: The mouse subcortical maternal complex

超分子名称: The mouse subcortical maternal complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 119.819859 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGPPEKDSKA ILKARGLEEE QKSESTMSPS ENVSRAILKD SGSEEVEQAS ERKMTSPEND SKSIQKDQGP EQEQTSETLQ SKEEDEVTE ADKDNGGDLQ DYKAHVIAKF DTSVDLHYDS PEMKLLSDAF KPYQKTFQPH TIILHGRPGV GKSALARSIV L GWAQGKLF ...文字列:
MGPPEKDSKA ILKARGLEEE QKSESTMSPS ENVSRAILKD SGSEEVEQAS ERKMTSPEND SKSIQKDQGP EQEQTSETLQ SKEEDEVTE ADKDNGGDLQ DYKAHVIAKF DTSVDLHYDS PEMKLLSDAF KPYQKTFQPH TIILHGRPGV GKSALARSIV L GWAQGKLF QKMSFVIFFS VREIKWTEKS SLAQLIAKEC PDSWDLVTKI MSQPERLLFV IDGLDDMDSV LQHDDMTLSR DW KDEQPIY ILMYSLLRKA LLPQSFLIIT TRNTGLEKLK SMVVSPLYIL VEGLSASRRS QLVLENISNE SDRIQVFHSL IEN HQLFDQ CQAPSVCSLV CEALQLQKKL GKRCTLPCQT LTGLYATLVF HQLTLKRPSQ SALSQEEQIT LVGLCMMAAE GVWT MRSVF YDDDLKNYSL KESEILALFH MNILLQVGHN SEQCYVFSHL SLQDFFAALY YVLEGLEEWN QHFCFIENQR SIMEV KRTD DTRLLGMKRF LFGLMNKDIL KTLEVLFEYP VIPTVEQKLQ HWVSLIAQQV NGTSPMDTLD AFYCLFESQD EEFVGG ALK RFQEVWLLIN QKMDLKVSSY CLKHCQNLKA IRVDIRDLLS VDNTLELCPV VTVQETQCKP LLMEWWGNFC SVLGSLR NL KELDLGDSIL SQRAMKILCL ELRNQSCRIQ KLTFKSAEVV SGLKHLWKLL FSNQNLKYLN LGNTPMKDDD MKLACEAL K HPKCSVETLR LDSCELTIIG YEMISTLLIS TTRLKCLSLA KNRVGVKSMI SLGNALSSSM CLLQKLILDN CGLTPASCH LLVSALFSNQ NLTHLCLSNN SLGTEGVQQL CQFLRNPECA LQRLILNHCN IVDDAYGFLA MRLANNTKLT HLSLTMNPVG DGAMKLLCE ALKEPTCYLQ ELELVDCQLT QNCCEDLACM ITTTKHLKSL DLGNNALGDK GVITLCEGLK QSSSSLRRLG L GACKLTSN CCEALSLAIS CNPHLNSLNL VKNDFSTSGM LKLCSAFQCP VSNLGIIGLW KQEYYARVRR QLEEVEFVKP HV VIDGDWY ASDEDDRNWW KN

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

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分子 #2: Transducin-like enhancer protein 6

分子名称: Transducin-like enhancer protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 65.187332 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTSHRQSSDT FGGILPSTLS SRYLSIVNQL PEEFSSVVSE MMVHLENIFS LAENFFQAIE RFSRTPDLLE RNKMSIGVGA EGDSWPCHV SHEAPMGSAQ TTENSAKEED KQVPESAALQ HPKFKSTPGP QLPTRRRFLS ESDELQDPQP VWDAEPQFCQ G FLIQGLWE ...文字列:
MTSHRQSSDT FGGILPSTLS SRYLSIVNQL PEEFSSVVSE MMVHLENIFS LAENFFQAIE RFSRTPDLLE RNKMSIGVGA EGDSWPCHV SHEAPMGSAQ TTENSAKEED KQVPESAALQ HPKFKSTPGP QLPTRRRFLS ESDELQDPQP VWDAEPQFCQ G FLIQGLWE LFMDSRQKNQ QEHGGEDSSQ ESKDSGLCDF KPEPQPRHRN SLSDSADPFL IKSPSALLDY YQEDVSRPQP ET QESSGRA DKFLKPLSWG SEVLESSCNQ PSTALWQLER FTVPQALQKV RVLKHQELLL VVAVSSFTRH VFTCSQSGIK VWN LVNQVA EDRDPESHLK CSVQDNKVYL RTCLLSSNSR TLFAGGYNLP GVIVWDLAAP SLYEKCQLPC EGLSCQALAN TKEN MALAG FTDGTVRIWD LRTQEIVRNL KGPTNSARNL VVKDDNIWTG GLDACLRCWD LRMAKVSLEH LFQSQIMSLA HSPTE DWLL LGLANGQHCL FNSRKRDQVL TVDTKDNTIL GLKFSPNGKW WASVGMGNFI TVHSMPTGAK LFQVPEVGPV RCFDMT ENG RLIITGSRDC ASVYHIKY

UniProtKB: Transducin-like enhancer protein 6

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分子 #3: Oocyte-expressed protein homolog

分子名称: Oocyte-expressed protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.481295 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASHTADADA KPDSDSQKLL NVLPVSLRLR TRPWWFPIQE VSNPLVLYME AWVAERVIGT DQAEISEIEW MCQALLTVDS VNSGNLAEI TIFGQPSAQT RMKNILLNMA AWHKENELQR AVKVKEVEEF LKIRASSILS KLSKKGLKLA GFPLPLEGRE T QMES

UniProtKB: Oocyte-expressed protein homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 197574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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